分子动力学

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活性-被动杂化胶体超长程相互作用的格子玻尔兹曼-分子动力学多尺度模拟关键词：格子玻尔兹曼方法；分子动力学；多尺度耦合；活性胶体；超长程相互作用；被动介质弹性一、文章简要介绍

课前准备--3D-QSAR与药物结构优化3D-QSAR（Three-Dimensional Quantitative Structure–Activity Relationship，三维定量构效关系）的核心思想，是把一系列具有相似作用机制的活性化合物放到统一的三维空间中，分析分子不同空间位置的立体场、静电场等性质与生物活性之间的定量关系，再利用模型预测新化合物活性，从而指导药物结构优化。

课前准备--分子动力学Gromacs参数的详细介绍与选择（一）对于 GROMACS 分子动力学（MD），真正难的不是记住命令，而是理解 .mdp 参数为什么这么选、不同参数之间有什么关系，以及什么情况下应该改参数。

课前准备--蛋白建模AlphaFold 2与AlphaFold 3可以把 AlphaFold 2（AF2）理解成蛋白质结构预测领域一个非常重要的分水岭。它真正厉害的地方并不是简单地“输入氨基酸序列 → 输出三维结构”，而是把进化信息（MSA）+ 残基对关系（pair representation）+ 深度注意力网络（Evoformer）+ 几何约束（Invariant Point Attention）+ 迭代优化（recycling）整合成了一个端到端结构预测系统。

CM15抗菌肽与细菌模型膜GROMACS-MD模拟Zaeifi D. et al. | Iran. J. Biotechnol. 2023, 21(2): e3344 | GROMACS + CHARMM36

课前准备--蛋白质PDB文件与PDBQT文件的格式与区别

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意大利米兰大学结构生物信息学教程-02 生物分子动力学的统计力学视角从这一节课开始，我们迅速从实验理论部分转向生物分子动力学的统计力学视角，纵观课件全文，我们只需要知道一点：

分子对接--3维构象定量关系（3D-QSAR）

分子动力学--非标残基的处理一（配体）

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分子动力学模拟——蛋白质立场构建第一部分：纯蛋白质的力场构建本步骤主要涉及的网站为charmm-gui(https://charmm-gui.org/)

分子动力学番外--力场分子动力学中的力场，本质上是一套用于计算原子间相互作用力和势能的经验数学模型。在分子动力学模拟中，力场直接决定了模拟的准确性。它把原子看作由“弹簧”（化学键）连接的球体，通过一系列数学公式来描述体系的能量，原子受力则源于能量对位置的梯度。

Paddle for MD 飞桨分子动力学模拟科学计算源码：https://gitcode.com/skywalk163/PaddleMDPaddle for MD 飞桨分子动力学模拟科学计算

lammps 教程：npt 控温估计 FCC Cu 熔点LAMMPS 全称为 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是一种经典的分子动力学仿真代码，专注于材料建模。它旨在在并行计算机上高效运行，并且易于扩展和修改。LAMMPS 最初由美国能源部机构桑迪亚国家实验室开发，现在包括来自许多机构的许多研究小组和个人的贡献。LAMMPS 的大部分资金来自美国能源部 (DOE)。LAMMPS 是根据 GNU 公共许可证版本 2 (GPLv2) 的条款分发的开源软件。本教程使用 lammps

VASP 教程：使用 VASP 进行机器学习力场训练Vienna Ab initio Simulation Package（VASP，The VASP Manual - VASP Wiki）是一个计算机程序，用于从第一性原理进行原子尺度材料建模，例如电子结构计算和量子力学分子动力学。

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「日拱一码」116 共价有机框架COFs目录共价有机框架（COFs）介绍COFs的核心特征常见的连接化学（Linkage）COFs的计算模拟能做什么？

基于LAMMPS实现页岩纳米孔多组分气体和页岩油的竞争吸附关键词：分子动力学，吸附，竞争吸附，CH4/CO2/H2，页岩油，LAMMPS,GROMACS摘要：MS软件可视化程度高，操作简便，但是速度慢，效率低。为此，我们使用LAMMPS/GROMACS软件进行气体和页岩油吸附，竞争吸附的研究。我们基于LAMMPS/GROMACS研究不同页岩孔隙（石英，蒙脱石，伊利石，高岭石，方解石，石墨烯，真实干酪根）中气体（CO2，CH4，H2，N2等）和页岩油（NC6,NC8,NC12等）的吸附和竞争吸附行为，涉及到不同壁面类型，不同宽度，不同油气类型，不同摩尔比例，不同

机器学习赋能多尺度材料模拟：前沿技术会议邀您共探在新能源与先进制造技术飞速发展的今天，材料科学的创新成为推动行业进步的关键力量。本次前沿技术会议聚焦“机器学习赋能的多尺度材料模拟与催化设计”，旨在为科研人员与工程师搭建一个深度交流与学习的平台。

因为gromacs必须安装cuda（系统自带的NVIDIA驱动不行），这里介绍下如何安装cuda1. 安装步骤查看是否安装了cuda# 法1 cat /usr/local/cuda/version.txt # 法2 nvcc --version 若没有安装，则查看是否有N卡驱动，若无N卡驱动，则到软件与更新 -> 附加驱动中安装驱动

【文献分享】J. Phys. Chem. C：机器学习模型的结构嵌入方法加速堆叠二维材料的研究================================分享一篇 J. Phys. Chem. C：机器学习模型的结构嵌入方法加速堆叠二维材料的研究的文章。

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lammps聚合物断键拉伸模拟本文介绍聚合物的断键拉伸。在lammps模拟中，所有的键默认是永久存在的，非正常情况下，不能断开，否则会产生"bond atoms missing”错误。聚合物的拉伸模拟过程中，聚合物链并没有被拉断，而只是把不同的聚合物链分离。如果要模拟拉伸过程中键的断裂，就需要加一个额外的命令：fix bond/break。