单细胞测序

成功案例 | 单细胞+空间转录组+虚拟敲除揭示PAEs通过调控ARF6介导铁死亡与EMT驱动子宫内膜异位症文章标题：Mechanism study of phthalate exposure promoting endometriosis: Based on the ferroptosis perspective

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单细胞文献复现理论自测题2026.6.3、6.5为期两天，主讲R语言scRNA-seq全程班中的文献复现。本篇推送整理了单细胞文献复现分析理论自测题，建议大家先预习配套教程，再通过题目检验学习效果。还没有上车的同学，请联系客服Biomamba_zhushou报名参加！来不及看直播的同学们可以看回放哦~当然也可以按照专题报名参加！

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biomart同源基因转换的“HTTP 404 Not found“解决方案biomart 同源基因转换在单细胞分析的过程中，常规的分析物种是人或者小鼠。那么有的分析软件可能只支持其中一个分析物种。这时候我们可能会面对需要进行同源基因转化的问题。我们之前也对这个问题做了技术贴以解决大家的问题：答读者问（五）如何实现各物种基因的ID/symbol的转换。其中一个常用的软件就是biomart。曾经我在使用这个软件的时候就遇到过一个问题：

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R语言scRNA-seq去RNA污染手册基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-seq）已能够在单次实验中对数十万个细胞的转录组进行定量分析。这项技术为理解正常和病理性细胞行为的最新进展提供了支撑。此外，构建“人类细胞图谱”的大规模研究工作，关键依赖于基于液滴的scRNA-seq所产生的转录组读数的准确性和细胞特异性。基于液滴的scRNA-seq的核心假设是：每个进行分子标记和逆转录的液滴仅包含来自单个细胞的信使RNA（mRNA）。但在实际应用中，这一假设常被违背，可能导致scRNA-seq数据的解释出现偏差。典型例子包括含有多个细胞的液滴（双

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NC: 单细胞图谱揭示过敏性哮喘Th2细胞机制文章Single-cell and chromatin accessibility profiling reveals regulatory programs of pathogenic Th2 cells in allergic asthma（IF=15.7）发布于《Nature Communications》。

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单细胞转录组跨物种比对在跨物种单细胞研究中，如何消除物种间的进化差异并实现细胞类型的精确比对，是单细胞转录组（scRNA-seq）分析中的难点。针对南极鱼（Trematomus bernacchii, TB）与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus, ON）的脑组织数据，本教程展示了从 Cell Ranger 原始流程启动，到利用Diamond进行跨物种同源基因预测，并最终通过CCA (Canonical Correlation Analysis) 算法实现多物种数据集整合的完整管线。

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拷贝数变异分析的python实现及R语言对比拷贝数变异（Copy number alterations，以下简称CNA）是一种重要的基因组变异，在癌症的发生和发展过程中起着至关重要的作用。确定肿瘤细胞中CNA的特征对早期肿瘤检测、划分肿瘤异质性、了解肿瘤进展模式和揭示耐药机制具有重要意义。随着单细胞RNA测序（scRNA-seq）的蓬勃发展，研究人员开发出了多种计算方法来从scRNA-seq研究中推断CNA。目前从scRNA-seq数据中推断CNA的计算方法大致可分为两类。一类是基于表达的，即直接从基因表达推断CNA。这类工具包括 inferCNV

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保姆级视频教程| 空间转录组分析手册(基于Seurat)继《手把手教你做单细胞》之后，我们正式推出第二个系列：《空间转录组保姆级教程》，本系列视频将为大家提供空间转录组测序数据分析的完备方案，本次内容基于Seurat进行空转数据分析基础操作的演示，最大限度的让我们学习R语言单细胞的用户能够快速的迁移学习空转分析。课程内容将持续更新(基于Gitto的教程已在制作中啦~)。视频可在全平台观看：

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单细胞基础分析和进阶可视化理论自测题题目110x Genomics生成的单细胞表达矩阵通常由以下哪几个文件组成？A.barcodes.tsv细胞身份文件

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视频回放：《PHYTOMEDICINE》一作专访2026 年3月29日 16:00，中国药科大学博士后张帆在Biomamba生信基地B站、视频号直播间，分享其以第一作者身份发表于《Phytomedicine》（中科院1区，IF=8.3）的研究论文：《Complementary roles and synergy of the Ephedra-Glycyrrhiza herb pair across murine models of respiratory symptoms and poly (I:C)-induced pneumonia》，详细介绍见：

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2月《Science》也开始用单细胞核空转平台了文章《Mucosal vaccination in mice provides protection from diverse respiratory threats》（小鼠黏膜疫苗接种可提供针对多种呼吸道威胁的保护），该文献发表于杂志《Science》，2026 年，影响因子为 45.8。

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Nature Genetics | 本周最新文献速递1. 文章标题： Aberrant cellular communities underlying disease heterogeneity in chronic obstructive pulmonary disease 中文标题：揭示慢阻肺异质性根源！构建异常细胞群落空间图谱，精准解析疾病病理机制关键词：慢阻肺、单核转录组测序、细胞群落、空间转录组、疾病异质性摘要总结：这篇文章通过整合单核转录组测序（snRNA-seq）、高分辨率空间转录组学（Xenium）以及配对的肺部和血浆蛋白质组学数

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单细胞蛋白质测序技术：原理、应用与解决方案综述一、技术原理：单细胞多组学整合分析在单细胞研究领域，整合蛋白质组学与转录组学的检测策略，可实现多维度、互补性的生物学信息解读。该方法不仅能够更系统性地揭示细胞群体内的异质性，而且有助于精确鉴定特定细胞亚群及其功能状态。以BD Rhapsody高通量单细胞捕获系统与BD Abseq技术相结合为例，该整合方案能够实现对成千上万个单细胞中RNA与蛋白质表达量的平行测定，从而为解析复杂的多细胞体系及动态生物学过程提供强有力的工具。

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ErbB信号通路视角下的神经退行性病变研究ErbB家族，又称表皮生长因子受体家族，是一类重要的受体酪氨酸激酶，包含四个成员：ErbB1、ErbB2、ErbB3 和 ErbB4（分别对应Her1/EGFR、Her2/Neu、Her3与Her4）。这些受体通常通过形成同源或异源二聚体与配体结合，激活其胞内酪氨酸激酶结构域。激活后的受体可募集多种下游转接蛋白（如Grb2, Shc），进而启动MAPK/ERK、PI3K/Akt、JAK/STAT等核心信号通路，最终调控细胞的增殖、分化、迁移与存活等关键生命活动，成为横跨神经系统功能维持与肿瘤发生发展的核心

空间转录组主流技术对比与华大Stereo-seq深度解析👋 如果本文对你有帮助，欢迎点赞、收藏这段时间在处理/对接空间转录组（ST）数据，也顺手把相关技术路线做了一次系统梳理。空间转录组看似“一个赛道”，实际包含两条完全不同的技术范式：测序型与成像型。而不同平台在“分辨率—通量—样本类型—成本—下游分析复杂度”之间的取舍差异，往往决定了你最后能回答什么问题。本文以“笔记型”的方式，把主流技术做一个全景对照学习，并重点对 Stereo-seq 的数据结构做拆解学习。

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单细胞测序助力胆管癌免疫治疗进展一、文章背景该研究于 2025 年发表在国际知名期刊《Gut》（doi: 10.1136/gutjnl-2025-335291），由华中科技大学同济医学院附属同济医院肝脏外科中心、湖北省肝胆胰疾病重点实验室及器官移植教育部重点实验室等单位联合完成，研究题目为 “Targeting Aurora kinase B regulates cholesterol metabolism and enhances chemo-immunotherapy in cholangiocarcinoma”（靶向 Aurora

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单细胞转录组数据的聚类分群：方法、挑战与进展单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术已彻底改变了我们研究细胞异质性的能力，其核心价值在于揭示组织或生物样本中不同类型的细胞状态、发育轨迹和功能亚群。聚类分析作为scRNA-seq数据处理流程中的关键环节，旨在将成千上万个具有相似转录谱的细胞归并为具有生物学意义的群体，是后续进行细胞类型注释、差异表达分析、轨迹推断等高级分析的基础。因此，聚类算法的准确性、稳健性和可解释性直接决定了研究结论的可靠性。