biomart同源基因转换的“HTTP 404 Not found“解决方案

Biomamba生信基地2026-05-22 11:58

遇到问题解决问题

biomart 同源基因转换

在单细胞分析的过程中，常规的分析物种是人或者小鼠。那么有的分析软件可能只支持其中一个分析物种。这时候我们可能会面对需要进行同源基因转化的问题。我们之前也对这个问题做了技术贴以解决大家的问题：答读者问（五）如何实现各物种基因的ID/symbol的转换。其中一个常用的软件就是biomart。曾经我在使用这个软件的时候就遇到过一个问题：

复制代码

# 注意这部分命令是在R中运行哦

# if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

#      install.packages("BiocManager")

# 

# BiocManager::install("biomaRt")


# 如果已经安装好了可以直接加载R包

library(biomaRt)


mart =useMart('ensembl')

#查看可供使用的数据集

data4use <-listDatasets(mart)


mouse.data <-read.delim('data/random_mouse_expression_matrix_real_genes.txt', sep="\t")

g <- mouse.data$Gene


human <-useMart("ensembl", dataset ="hsapiens_gene_ensembl")

mouse <-useMart("ensembl", dataset ="mmusculus_gene_ensembl")


mouse2human <-getLDS(

attributes =c("mgi_symbol"),  # 输入：小鼠基因属性（MGI 符号）

filters ="mgi_symbol",        # 过滤条件：根据 MGI 符号筛选

values = g,          # 要转换的小鼠基因列表

mart = mouse,                  # 输入物种数据集（小鼠）

attributesL =c("hgnc_symbol"),# 输出：人类基因属性（HGNC 符号）

martL = human                  # 输出物种数据集（人类）

)

1. 报错界面

2. 原因

可能由于网络原因导致分析失败。不得不再吐槽一句，网络封锁的是什么

3. 解决方法

复制代码

# 注意这部分命令是在R中运行哦

human <-useMart("ensembl", dataset ="hsapiens_gene_ensembl", host ="https://dec2021.archive.ensembl.org/")


mouse <-useMart("ensembl", dataset ="mmusculus_gene_ensembl", host ="https://dec2021.archive.ensembl.org/")