转录组

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转录组整合分析流程手册（RankProd + WGCNA)加权基因共表达网络分析（WGCNA）是一类从整体层面解析转录组结构的系统生物学方法。该方法基于基因间的共表达关联构建基因网络，可将海量基因自动聚类为若干具有相似表达模式的模块，并进一步与实验分组、性状表型等变量进行关联分析，从而精准识别驱动特定生物学过程的关键模块与核心基因。

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单细胞转录组数据可视化在查看单细胞数据的时候可以直接用cellxgene打开h5ad文件交互的查看，应该vs code就可以做端口转发。

单细胞转录组联合线粒体突变追踪识别白血病干细胞的研究人体内细胞更新率较高的组织，如造血系统或消化道系统，依赖于各自的成体干细胞维持持续的再生能力。然而，这些细胞可能发生突变，进而驱动癌症的发生与发展。肿瘤干细胞（Cancer stem cells, CSCs）在其中发挥关键作用，并且是导致疾病复发的重要驱动因素。由于肿瘤干细胞通常具有较低的分裂频率，使其成为临床治疗中难以有效靶向的细胞群体。因此，亟需开发能够可靠识别肿瘤干细胞的工具与方法。

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转录组分析实战：GO与KEGG富集分析原理及R语言实现1. 富集分析基础知识1.1 什么是富集分析？为什么要做富集分析？富集分析（Enrichment Analysis）是生物信息学中一种重要的分析方法，主要用于识别在特定生物样本（如基因集、代谢物集或其他分子集合）中是否存在某种功能类别或通路的显著性聚集现象。该方法广泛应用于基因表达分析、蛋白质组学、代谢组学等领域，有助于解析复杂的生物学过程、疾病发生机制以及基因功能注释等问题。

BMC Genomics | 综合代谢组学和转录组学分析揭示了菊花黄酮和咖啡酰奎宁酸的生物合成机制杭白菊是一种流行的药用和食用植物，主要通过黄酮类和咖啡酰奎宁酸(CQAs)的存在发挥其生物活性。然而，菊花头状花序中黄酮和CQA生物合成的调控机制尚不清楚。

Nature子刊 | ATAC-seq、RNA-seq和蛋白组联合分析揭示脂质激活转录因子PPARα在肾脏代偿性肥大的作用机制2023年6月，美国国立心肺血液研究所的研究团队在Nature Communications上发表题为“Signaling mechanisms in renal compensatory hypertrophy revealed by multi-omics”的文章，该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法（蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等）识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程，证明脂质激活转录因子 PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素，对肾脏代偿性肥大的机制

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R语言，数据类型转换今天是4月份的第一天，再过2天后再一次迎来清明小假期。木鸡大家是否正常放假呢？我们在使用R语言做数据分析时，会一直对数据进行不同类型的转换，有时候会被自己弄晕掉，那么就只能一次一次的去解决，去寻找，去学习相关的知识点。

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R语言技能 | 不同数据类型的转换今天是4月份的第一天，再过2天后再一次迎来清明小假期。木鸡大家是否正常放假呢？我们在使用R语言做数据分析时，会一直对数据进行不同类型的转换，有时候会被自己弄晕掉，那么就只能一次一次的去解决，去寻找，去学习相关的知识点。

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