技术栈
分子动力学模拟
Blockbuater_drug
5 天前
流程图
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分子动力学模拟
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cryo-em结构
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蛋白结构评估
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冷冻电镜结构
Amber分子动力学模拟5.3: 冷冻电镜结构评估与选用
随着冷冻电子显微镜（Cryo-EM）技术的飞速发展，“分辨率革命”使得近原子乃至原子级分辨率的生物大分子结构成为常态。如今，大量高价值靶点（如膜蛋白、大型复合物、柔性机器）的结构首次通过Cryo-EM解析，并迅速被用于药物设计、功能机制研究和分子动力学（MD）模拟。截止2025年12月，RCSB PDB数据库中记录了3.2万条通过Cryo-EM获得的晶体结构，仅次于X-ray结构的数量，最优分辨率已接近1 Å。
Blockbuater_drug
6 天前
分子动力学模拟
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分子模拟
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amber
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tleap
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pdb4amber
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蛋白结构准备
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molprobity
Amber分子动力学模拟5.2: X-ray晶体结构的评估与选用
截止2025年12月，RCSB PDB数据库中记录了超过20万条通过X-ray获得的晶体结构，最优分辨率为0.48 Å。
Blockbuater_drug
6 天前
分子动力学模拟
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amber
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tleap
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体系准备
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pdb4amber
Amber分子动力学模拟5.1: 蛋白结构准备的一般流程和关键注意事项
在使用 Amber（特别是 AMBER force field + sander/pmemd/ambertools）进行分子动力学（MD）模拟前，蛋白结构的准备是关键的第一步。Amber 本身不直接提供图形化建模工具，但通过其配套软件包 AmberTools（尤其是 tleap、pdb4amber、antechamber 等）可系统化完成蛋白结构的清洗、补全、质子化、拓扑与坐标文件生成。
码农不会写诗
1 年前
md
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reaxff
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分子动力学模拟
23. Lammps命令学习-8之read_dump
来源： “码农不会写诗”公众号 链接：Lammps命令学习-8之read_dumpread_dump file …
我是有底线的