分子动力学模拟

纪伊路上盛名在

MISATO：基于结构的药物发现的蛋白-配体复合物机器学习数据集仓库参考：https://github.com/t7morgen/misato-dataset 文献参考：https://www.nature.com/articles/s43588-024-00627-2

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Gen-COMPAS 蛋白质稀有构象转变路径采样工具参考：https://github.com/Tangcyu/Gen-COMPAS 核心：扩散模型 + 迭代增强采样（committor 引导）找 A↔B 过渡态 / 反应路径

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Amber分子动力学模拟10: 蛋白-核酸复合物模拟操作摘要：本文系统梳理 Amber 分子动力学模拟蛋白-核酸复合物（蛋白质-DNA / 蛋白质-RNA）的完整流程：从 PDB 结构与 pdb4amber 预处理入手，重点说明 ff19SB + OL15/OL21/OL3 + OPC + JC 离子的力场组合；随后演示 tleap 两段式 combine 构建体系的完整命令；接着给出强约束最小化、分段升温、弱约束平衡与生产模拟的可复用输入文件，并总结 pmemd 运行时的常见坑；最后以 cpptraj 实战为验收核心，介绍 nastruct 螺旋参数、糖环

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Amber分子动力学模拟5.3: 冷冻电镜结构评估与选用随着冷冻电子显微镜（Cryo-EM）技术的飞速发展，“分辨率革命”使得近原子乃至原子级分辨率的生物大分子结构成为常态。如今，大量高价值靶点（如膜蛋白、大型复合物、柔性机器）的结构首次通过Cryo-EM解析，并迅速被用于药物设计、功能机制研究和分子动力学（MD）模拟。截止2025年12月，RCSB PDB数据库中记录了3.2万条通过Cryo-EM获得的晶体结构，仅次于X-ray结构的数量，最优分辨率已接近1 Å。

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Amber分子动力学模拟5.2: X-ray晶体结构的评估与选用截止2025年12月，RCSB PDB数据库中记录了超过20万条通过X-ray获得的晶体结构，最优分辨率为0.48 Å。

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Amber分子动力学模拟5.1: 蛋白结构准备的一般流程和关键注意事项在使用 Amber（特别是 AMBER force field + sander/pmemd/ambertools）进行分子动力学（MD）模拟前，蛋白结构的准备是关键的第一步。Amber 本身不直接提供图形化建模工具，但通过其配套软件包 AmberTools（尤其是 tleap、pdb4amber、antechamber 等）可系统化完成蛋白结构的清洗、补全、质子化、拓扑与坐标文件生成。

码农不会写诗

23. Lammps命令学习-8之read_dump来源： “码农不会写诗”公众号链接：Lammps命令学习-8之read_dumpread_dump file …

我是有底线的