R语言——taxize（第四部分）

taxize（第四部分）

- - [3.39. get_wiki（获取维基分类群的页面名称）](#3.39. get_wiki（获取维基分类群的页面名称）)
  - [3.40. get_wormsid（获取分类群名称的Worms ID）](#3.40. get_wormsid（获取分类群名称的Worms ID）)
  - [3.41. gni_details（使用Global Names Index搜索分类学名称详情）](#3.41. gni_details（使用Global Names Index搜索分类学名称详情）)
  - [3.42. gni_parse（使用 EOL 的名称解析器解析科学名称）](#3.42. gni_parse（使用 EOL 的名称解析器解析科学名称）)
  - [3.43. gni_search（使用Global Names Index搜索分类学名称）](#3.43. gni_search（使用Global Names Index搜索分类学名称）)
  - [3.44. gnr_datasources（全球名称解析器数据源）](#3.44. gnr_datasources（全球名称解析器数据源）)
  - [3.45. gnr_resolve（使用 Global Names Resolver 解析名称）](#3.45. gnr_resolve（使用 Global Names Resolver 解析名称）)
  - [3.46. gn_parse（使用全球名称解析器解析科学名称）](#3.46. gn_parse（使用全球名称解析器解析科学名称）)
  - [3.47. id2name（将分类标识转换为分类名称）](#3.47. id2name（将分类标识转换为分类名称）)
  - [3.48. ion（生物名称索引）](#3.48. ion（生物名称索引）)
  - [3.49. iplant_resolve（iPlant 名称解析）](#3.49. iplant_resolve（iPlant 名称解析）)
  - [3.50. ipni_search（在国际植物名称索引 (IPNI) 中搜索名称）](#3.50. ipni_search（在国际植物名称索引 (IPNI) 中搜索名称）)
  - [3.51. itis_acceptname（检索已接受的 TSN 和名称）](#3.51. itis_acceptname（检索已接受的 TSN 和名称）)
  - [3.52. itis_downstream（检索给定 TSN 层次结构下游的所有类群名称或 TSN）](#3.52. itis_downstream（检索给定 TSN 层次结构下游的所有类群名称或 TSN）)
  - [3.53. itis_getrecord（获取一个或多个 ITIS TSN 或 lsid 的完整 ITIS 记录）](#3.53. itis_getrecord（获取一个或多个 ITIS TSN 或 lsid 的完整 ITIS 记录）)
  - [3.54. itis_hierarchy（ITIS 层级结构）](#3.54. itis_hierarchy（ITIS 层级结构）)
  - [3.55. itis_kingdomnames（获取界名）](#3.55. itis_kingdomnames（获取界名）)
  - [3.56. itis_lsid（通过 LSID 获取 TSN（](#3.56. itis_lsid（通过 LSID 获取 TSN（)
  - [3.57. itis_name（根据给定的分类名称查询获取分类名称）](#3.57. itis_name（根据给定的分类名称查询获取分类名称）)
  - [3.58. itis_native（获取辖区数据，即在某个地区原生或非原生）](#3.58. itis_native（获取辖区数据，即在某个地区原生或非原生）)
  - [3.59. itis_refs（获取与 ITIS TSN 相关的参考文献）](#3.59. itis_refs（获取与 ITIS TSN 相关的参考文献）)
  - [3.60. itis_taxrank（从给定的 TSN 中检索分类等级名称）](#3.60. itis_taxrank（从给定的 TSN 中检索分类等级名称）)
  - [3.61. itis_terms（获取 ITIS 术语，即 tsn、作者、俗名和学名）](#3.61. itis_terms（获取 ITIS 术语，即 tsn、作者、俗名和学名）)
  - [3.62. iucn_getname（获取任何匹配的 IUCN 物种名称）](#3.62. iucn_getname（获取任何匹配的 IUCN 物种名称）)
  - [3.63. iucn_id（为世界自然保护联盟（IUCN）列出的分类群获取 ID）](#3.63. iucn_id（为世界自然保护联盟（IUCN）列出的分类群获取 ID）)
  - [3.64. iucn_status（iucn-class 的提取函数）](#3.64. iucn_status（iucn-class 的提取函数）)
  - [3.65. iucn_summary（从世界自然保护联盟红色名录中获取摘要）](#3.65. iucn_summary（从世界自然保护联盟红色名录中获取摘要）)
  - [3.66. key_helpers（为不同数据源设置身份验证的助手）](#3.66. key_helpers（为不同数据源设置身份验证的助手）)
  - [3.67. lowest_common（检索给定分类群名称或 ID 的最低常见分类群和等级）](#3.67. lowest_common（检索给定分类群名称或 ID 的最低常见分类群和等级）)
  - [3.68. names_list（随机获取物种名称向量）](#3.68. names_list（随机获取物种名称向量）)
  - [3.69. nbn_classification（搜索英国国家生物多样性网络数据库中的生物分类）](#3.69. nbn_classification（搜索英国国家生物多样性网络数据库中的生物分类）)
  - [3.70. nbn_search（搜索英国国家生物多样性网络）](#3.70. nbn_search（搜索英国国家生物多样性网络）)

3.39. get_wiki（获取维基分类群的页面名称）

用法：

r 复制代码

get_wiki(sci_com, wiki_site = "species", wiki = "en", ask = TRUE, messages = TRUE, limit = 100, rows = NA, x = NULL, ...)

as.wiki(x, check = TRUE, wiki_site = "species", wiki = "en")

## S3 method for class 'wiki'
as.wiki(x, check = TRUE, wiki_site = "species", wiki = "en")

## S3 method for class 'character'
as.wiki(x, check = TRUE, wiki_site = "species", wiki = "en")

## S3 method for class 'list'
as.wiki(x, check = TRUE, wiki_site = "species", wiki = "en")

## S3 method for class 'numeric'
as.wiki(x, check = TRUE, wiki_site = "species", wiki = "en")

## S3 method for class 'data.frame'
as.wiki(x, check = TRUE, wiki_site = "species", wiki = "en")

## S3 method for class 'wiki'
as.data.frame(x, ...)

get_wiki_(x, messages = TRUE, wiki_site = "species", wiki = "en", limit = 100, rows = NA, ...)

参数：

sci_com：（字符型）一个或多个学名或俗名。或taxon_state对象。
wiki_site：（字符型）维基站点。species（默认）、pedia、commons其中之一。
wiki：（字符型）语言。默认：英语（en）。
ask：（逻辑型）get_wiki 是否应在交互模式下运行？如果 "true"（"正确"），且发现该物种有一个以上的 wiki，则会要求用户输入。如果为 FALSE，多个匹配项将返回 NA。
messages：（逻辑型）是否应该输出进展情况？
limit：（整数型）返回的结果数量。
rows：（数值型）从 1 到无穷大的任意数字。如果默认值为 NaN，则考虑所有行。需要注意的是，这个函数仍然只能返回一个包含一到多个标识符的 wiki类对象。请参阅 get_wiki_()，获取问询过程中显示的全部或部分原始数据。
x：对get_wiki()而言已废弃，请使用sci_com。对于as.wiki而言可使用。
...：请忽略。
check：（逻辑型）检查 ID 是否与数据库中的任何现有 ID 匹配，仅在 as.wiki() 中使用。

说明：对于 wiki_site = "pedia"，我们默认使用英语网站。wiki 参数设置不同的语言。

返回值：作为 S3 类的分类标识符向量。如果未找到分类群，则给出 NA。如果找到一个以上的标识符，如果 ask = TRUE，函数会要求用户输入，否则返回 NA。如果 ask=FALSE 且行不等于 NA，则返回一个 data.frame，但不是 uid 类，不能像通常那样传递给其他函数。有关属性和例外情况的更多详情，请参阅 get_id_details。

示例：get_wiki(sci_com = "Quercus douglasii")

3.40. get_wormsid（获取分类群名称的Worms ID）

用法：

r 复制代码

get_wormsid(sci_com, searchtype = "scientific", marine_only = TRUE, fuzzy = NULL, accepted = FALSE, ask = TRUE, messages = TRUE, rows = NA, query = NULL, ...)

as.wormsid(x, check = TRUE)

## S3 method for class 'wormsid'
as.wormsid(x, check = TRUE)

## S3 method for class 'character'
as.wormsid(x, check = TRUE)

## S3 method for class 'list'
as.wormsid(x, check = TRUE)

## S3 method for class 'numeric'
as.wormsid(x, check = TRUE)

## S3 method for class 'data.frame'
as.wormsid(x, check = TRUE)

## S3 method for class 'wormsid'
as.data.frame(x, ...)

get_wormsid_(sci_com, messages = TRUE, searchtype = "scientific", marine_only = TRUE, fuzzy = NULL, accepted = TRUE, rows = NA, query = NULL, ...)

参数：

sci_com：（字符型）一个学名或俗名向量。或taxon_state对象。
searchtype：（字符型）"scientific"（默认）或 "common"或任意标准的缩写。
marine_only：（逻辑型）仅用于海洋？TRUE（仅在 searchtype="scientific" 时使用）；传递给 worrms::wm_records_name()。
fuzzy：（逻辑型）模糊搜索： NULL（searchtype="scientific "时为 TRUE，searchtype="common "时为 FALSE，以匹配 worrms 软件包中这些参数的默认值）；传递给 worrms::wm_records_name() 或 worrms::wm_records_common()。
accepted：（逻辑型）如果设置为 TRUE，则删除 WORMS 不接受的有效名称。设为 FALSE（默认值），则同时返回已接受和未接受的名称。
ask：（逻辑型）是否应在交互模式下运行 get_tsn？如果为 "true"，并且为该物种找到了一个以上的 wormsid，则会要求用户输入。如果为 FALSE，多个匹配结果将返回 NA。
messages：（逻辑型）是否应打印进度？
rows：（数值型）从 1 到无穷大的任意数字。如果默认值为 NA，则考虑所有行。需要注意的是，该函数仍然只能返回一个 wormsid类对象，其中包含一到多个标识符。请参阅 get_wormsid_()，获取问询过程中显示的全部或部分原始数据。
query：已废弃，请使用sci_com。
...：请忽略。
x：传递给as.wormsid的参数。
check：（逻辑型）检查 ID 是否与数据库中已有的 ID 匹配，仅用于 as.wormsid()。

返回值：作为 S3 类的分类标识符向量。如果未找到分类群，则给出 NA。如果找到一个以上的标识符，如果 ask = TRUE，函数会要求用户输入，否则返回 NA。如果 ask=FALSE 且 rows 不等于 NA，则会返回一个 data.frame，但不是 uid 类，不能像通常那样传递给其他函数。请参阅 get_id_details，了解更多详细信息，包括属性和异常。

示例：get_wormsid('Pomatomus saltatrix')

3.41. gni_details（使用Global Names Index搜索分类学名称详情）

说明：使用《全球名称索引》，请参见 http://gni.globalnames.org/

用法：gni_details(id, all_records = 1, ...)

参数：

id：名称id。必需参数。
all_records：如果 all_records 为 1，GNI 会从所有资源库中返回名称为
字符串（取 0 或 1 [默认值]）的所有记录。
...：传递给crul::verb-GET的可选参数。

返回值：数据框。

示例：gni_details(id = 17802847)

3.42. gni_parse（使用 EOL 的名称解析器解析科学名称）

用法：gni_parse(names, ...)

参数：

names：一个或多个科学名的向量。
...：传递给crul::verb-GET的可选参数。

返回值：包含结果、提交的名称和解析后的名称及其附加信息的 data.frame 文件。

示例：gni_parse("Cyanistes caeruleus")

3.43. gni_search（使用Global Names Index搜索分类学名称）

用法：

r 复制代码

gni_search(sci, per_page = NULL, page = NULL, justtotal = FALSE, parse_names = FALSE, search_term = NULL, ...)

参数：

sci：（字符型）必填。要搜索的名称模式。警告：不适用于普通名称。搜索词可包括以下选项（注意：can、uni、gen、sp、ssp、au、yr 仅对解析后的名称有效）。
- *通配符 - 按单词的一部分搜索。
- exact - 搜索完全匹配的字符串。
- ns - 从字面字符串开始搜索（其他修饰符将被忽略）。
- can - 搜索不含作者的名称（其他修饰词将被忽略）。
- uni - 搜索高等分类群。
- gen - 按物种名称的属名搜索。
- sp - 按物种名称搜索。
- ssp - 按种下特征词搜索。
- au - 按作者搜索。
- yr - 按年份搜索。
per_page：每页的条目数（大于 1000 的数字将减至 1000）（默认为 30）。
page：要查看的页码（默认为 1）。
justtotal：只返回找到的全部结果。
parse_names：如果为 TRUE，则使用 gni_parse()解析名称。默认值 FALSE。
search_term：已废弃，请使用sci。
...：传递给crul::verb-GET的可选参数。

说明：请注意，您可以使用模糊搜索，例如在搜索词末尾添加星号。

返回值：数据框。

示例：gni_search(sci = "ani*")

3.44. gnr_datasources（全球名称解析器数据源）

用法：gnr_datasources(..., todf)

参数：

...：传递给crul::HttpClient的可选参数。
todf：已失效，现在总能返回一个 data.frame。

返回值：数据框/堆。

示例：gnr_datasources()

3.45. gnr_resolve（使用 Global Names Resolver 解析名称）

用法：

r 复制代码

gnr_resolve(sci, data_source_ids = NULL, resolve_once = FALSE, with_context = FALSE, canonical = FALSE, highestscore = TRUE, best_match_only = FALSE, preferred_data_sources = NULL, with_canonical_ranks = FALSE, http = "get", cap_first = TRUE, fields = "minimal", names = NULL, ...)

参数：

sci：（字符型）要解决的分类名称。不适用于俗名/普通名称。
data_source_ids：（字符型）ID 用于指定搜索的数据源。请参阅 gnr_datasources()。
resolve_once：（逻辑型）查找第一个可用的匹配项，而不是在所有数据源中查找名称所有可能呈现的匹配项。TRUE 时，响应迅速但不完整。
with_context：（逻辑型）降低与分类学同形异义词匹配的可能性。当 "true "时，将为所有提供的名称计算共同的分类背景，这些名称来自具有分类树路径的数据源中的匹配结果。在计算分数时，未确定上下文的名称将受到。
canonical：（逻辑型）如果为 FALSE（默认值），将返回带有分类学权威的名称。如果为 "true"，则返回社会名称（不含分类机关和缩写）。
highestscore：（逻辑型）返回每个搜索名称得分最高的那些名称？失效。
best_match_only：（逻辑型）如果为 TRUE，则只返回最佳匹配结果。默认值 FALSE。
preferred_data_sources：（字符型）一个或多个数据源 ID 的向量。
with_canonical_ranks：（逻辑型）如果存在，返回带有种下等级的名称。如果为 TRUE，则强制执行 canonical=TRUE，否则该参数将不起作用。默认值 FALSE。
http：要使用的 HTTP 方法，可选 "get "或 "post"。默认值："get"。对于大型查询，请使用 http="post"。大于 300 条记录的查询会自动使用 "post"，因为 "get "会失败。
cap_first：（逻辑型）对每个名字进行修正，使名字的第一个部分大写，而其他部分不大写。该网络服务对大写字母很敏感，因此不同的大写字母会得到不同的结果。名字大写可能是你想要的，也是默认设置。如果为 FALSE，则不修改姓名。默认值： TRUE。
fields：（字符型）minimal（默认）或all。最小化只返回四个字段，而全部返回所有字段。
names：已弃用，请使用sci。
...：传递给crul::HttpClient的可选参数。

返回值：带有一个属性 not_known 的 data.frame：全球名称索引未知类群的字符向量。访问方式如 attr(output, "not_known") 或 attributes(output)$not_known。输出 data.frame 的列：

user_supplied_name：你传入 names 参数的名称，保持不变。
submitted_name：提交到 GNR 服务的实际名称。
data_source_id：数据源 ID。
data_source_title：数据源名称。
gni_uuid：全球名称索引 UUID（又称标识符）。
matched_name：在 GNR 服务中匹配的名称。
matched_name2：如果 canonical=TRUE 则返回，否则不返回 matched_name。
classification_path：分类树的名称，名称之间用管道 (|) 分隔。
classification_path_ranks：分类树的等级，名称之间用管道 (|) 分隔。
classification_path_ids：分类树的标识符，名称之间用管道 (|) 分隔。
taxon_id：分类标识符。
edit_distance：编辑距离。
imported_at：输入日期。
match_type：匹配模式。
match_value：匹配模式的描述。
prescore：预评分。
score：评分。
local_id：本地识别码。
url：类群的链接。
global_id：全球标识符。
current_taxon_id：当前分类群 ID。
current_name_string：当前名称字符串。

请注意，如果名称（即行）为 NA、长度为零的字符串、非字符矢量或应用程序接口未找到，则将被删除。

全球名称解析器中数据集的年代：全局名称解析器中使用的数据集的更新时间各不相同。请参阅 gnr_datasources() 输出中的 updated_at 字段，了解每个数据集的最后更新日期。

首选数据源：如果使用首选数据源，则只返回首选数据（如果有结果的话）。

示例：gnr_resolve(sci = c("Helianthus annuus", "Homo sapiens"))

3.46. gn_parse（使用全球名称解析器解析科学名称）

用法：gn_parse(names, ...)

参数：

names：一个或多个科学名的向量。
...：传递给crul::verb-GET的可选参数。

返回值：包含结果、提交的名称和解析后的名称及其附加信息的 data.frame 文件。

示例：gn_parse("Cyanistes caeruleus")

3.47. id2name（将分类标识转换为分类名称）

用法：

r 复制代码

id2name(id, db = NULL, x = NULL, ...)

## Default S3 method:
id2name(id, db = NULL, x = NULL, ...)

## S3 method for class 'tolid'
id2name(id, ...)

## S3 method for class 'tsn'
id2name(id, ...)

## S3 method for class 'uid'
id2name(id, ...)

## S3 method for class 'wormsid'
id2name(id, ...)

## S3 method for class 'gbifid'
id2name(id, ...)

## S3 method for class 'boldid'
id2name(id, ...)

参数：

id：分类标识向量（字符型或数值型）。
db：（字符型）要查询的数据库。TOL、ITS、NCBI、WORMS、GBIF 或bold中的一个或多个。请注意，每个分类数据源都有自己的标识符，因此因此，如果您为标识符提供了错误的 db 值，您可能会得到一个结果、但很可能是错误的（不是您所期望的）。如果使用 ncbi，我们建议您获取 API 密钥；请参阅 taxize-authentication。
x：已弃用，请使用id。
...：传递给l_id2name 或 itis_getrecord 或其他内部函数的其他参数。关于可以传递哪些参数，请参阅这些函数。

返回值：以输入的分类id命名的data.frame列表。

NCBI请求的HTTP版本 ：本方法硬编码了http_version=2L 以便让HTTP请求使用HTTP/1.1访问Entrez API。详见curl::curl_symbols("CURL_HTTP_VERSION")。

示例：id2name(19322, db = "itis")

3.48. ion（生物名称索引）

用法：ion(x, ...)

参数：

x：LSID 编号。必须填写。
...：传递给crul::verb-GET的可选参数。

返回值：数据框。

示例：ion(155166)

3.49. iplant_resolve（iPlant 名称解析）

用法：iplant_resolve(sci, retrieve = "all", query = NULL, ...)

参数：

sci：一个或多个分类名称向量（非俗名）。
retrieve：指定是否检索所提交名称的所有匹配项。best (只检索提交的每个名字的单个最佳匹配项）或 all（检索所有匹配项）中的一个。
query：已废弃，请使用sci。
...：传递给crul::verb-GET的可选参数。

返回值：数据框。

示例：iplant_resolve(sci=c("Helianthus annuus", "Homo sapiens"))

3.50. ipni_search（在国际植物名称索引 (IPNI) 中搜索名称）

说明：全球地名索引（GNI）（http://gni.globalnames.org/data_sources）也提供了这一数据源。不过，这两种服务的数据接口有所不同。

用法：

r 复制代码

ipni_search(family = NULL, infrafamily = NULL, genus = NULL, infragenus = NULL, species = NULL, infraspecies = NULL, publicationtitle = NULL, authorabbrev = NULL, includepublicationauthors = NULL, includebasionymauthors = NULL, geounit = NULL, addedsince = NULL, modifiedsince = NULL, isapnirecord = NULL, isgcirecord = NULL, isikrecord = NULL, ranktoreturn = NULL, output = "minimal", ...)

参数：

family：科名。
infrafamily：科下名。
genus：属名。
infragenus：属下名。
species：种名。
infraspecies：种下名。
publicationtitle：要搜索的出版物名称或缩写。同样，用 "+"代替空格（例如 "J.+Bot."）。
authorabbrev：要搜索的作者标准格式（出版作者、词源作者或两者）。
·includepublicationauthors：TRUE（默认）表示在搜索中包含分类群作者，FALSE 表示不包含分类群作者。
includebasionymauthors：TRUE（默认）表示在搜索中包含basionum作者，FALSE 表示不包含basionum作者。
geounit：要搜索的国家名称或其他地理单元。
addedsince：要搜索的日期，格式为 "yyyy-mm-dd"，例如，2005-08-01 表示自 2005 年 8 月 1 日以来添加的所有记录。如果提供，格式必须是 YYYY-MM-DD，且必须大于或等于 1984-01-01。
modifiedsince：要搜索的日期，格式为 "yyyy-mm-dd"，例如，2005-08-01 表示自 2005 年 8 月 1 日以来编辑的所有记录。如果提供，格式必须为 YYYYMM-DD，且必须大于或等于 1993-01-01。
isaprirecord：FALSE（默认）排除澳大利亚植物名称索引中的记录。
isgcirecord：FALSE（默认）排除灰卡索引中的记录。
isikrecord：FALSE（默认）排除《邱园索引》中的记录。
ranktoreturn：选择返回的等级的几个选项之一。
output：minimal (default), classic, short, or extended选项之一。
...：传递给crul::verb-GET的可选参数。

说明：ranktoreturn的可选项有：

all：所有记录。
fam：科级记录。
infrafam：科下记录。
gen：属级记录。
infragen：属下记录。
spec：种级记录。
infaspec：种下记录。

返回值：数据框/堆。

示例：ipni_search(genus='Brintonia', isapnirecord=TRUE, isgcirecord=TRUE, isikrecord=TRUE)

3.51. itis_acceptname（检索已接受的 TSN 和名称）

用法：itis_acceptname(searchtsn, ...)

参数：

searchtsn：一个分类群的一个或多个 TSN。
...：传递给crul::verb-GET的可选参数。

返回值：data.frame 的行数等于输入矢量长度，有三列：

submittedtsn：提交的 TSN。
acceptedname：接受的名称 - 如果提交的 TSN 是接受的 TSN，则为 NA_character_，因为如果 TSN 是接受的名称，ITIS 不会随 TSN 返回名称。我们可以向 ITIS 提出额外的 HTTP 请求，但这意味着需要额外的时间。
acceptedtsn：接受的 TSN。
author：命名人。

示例：itis_acceptname(searchtsn = 208527)

3.52. itis_downstream（检索给定 TSN 层次结构下游的所有类群名称或 TSN）

用法：itis_downstream(id, downto, intermediate = FALSE, tsns = NULL, ...)

参数：

id：分类序列号。
downto：您希望深入到的分类级别。分类级别区分大小写，必须拼写正确。拼写请参见 data(rank_ref)。
intermediate：（逻辑型）如果为 "true"，则返回包含目标分类群等级名称的长度为 2 的列表，以及中间分类群的附加 data.frame 列表。默认值： FALSE。
tsns：已弃用，请使用id。
...：传递给 ritis::rank_name() 和 ritis:hierarchy_down() 的其他参数。

返回值：从目、类等到科的下游分类信息的 Data.frame，或者，如果 intermediated=TRUE，长度为 2 的列表，包含目标分类群等级名称和中间名称。

示例：itis_downstream(id = 846509, downto="genus")

3.53. itis_getrecord（获取一个或多个 ITIS TSN 或 lsid 的完整 ITIS 记录）

用法：itis_getrecord(values, by = "tsn", ...)

参数：

values：（字符型）一个或多个分类群的 TSN（分类序号）或 lsid。
by：（字符型）按 "tsn"（默认）或 "lsid"。
...：传递给 ritis::full_record 的其他参数。

注意：只能在 tsn 参数或 lsid 中输入值，不能同时输入。

示例：itis_getrecord("urn:lsid:itis.gov:itis_tsn:202385", "lsid")

3.54. itis_hierarchy（ITIS 层级结构）

描述：从 TSN 值中获取层次结构，全层次结构、仅上游层次结构或仅直接下游层次结构。

用法：itis_hierarchy(tsn, what = "full", ...)

参数：

tsn：一个或多个 TSN（分类序号）。必填。
what：all（完整层次结构）、up（紧靠上游）或down（紧靠下游）之一。
...：传递给 ritis::hierarchy_full() ritis::hierarchy_up() 或 ritis::hierarchy_down() 的其他参数。

说明：需要注意的是，itis_downstream() 获取的是下游某一等级的分类群，而该函数只获取下游的直接名称。

示例：itis_hierarchy(tsn=180543, "up")

3.55. itis_kingdomnames（获取界名）

用法：itis_kingdomnames(tsn = NULL, ...)

参数：

tsn：一个或多个 TSN（分类序号）。
...：传递给 getkingdomnamefromtsn 的其他参数。

示例：itis_kingdomnames(202385)

3.56. itis_lsid（通过 LSID 获取 TSN（

用法：itis_lsid(lsid = NULL, what = "tsn", ...)

参数：

tsn：一个或多个 lsid。
...：传递给 ritis::lsid2tsn()、ritis::record() 或 ritis::full_record() 的其他参数。

示例：itis_lsid("urn:lsid:itis.gov:itis_tsn:180543")

3.57. itis_name（根据给定的分类名称查询获取分类名称）

用法：itis_name(query = NULL, get = NULL)

参数：

query：TSN 编号（分类序号）。
get：要获取的分类名称的等级。

返回值：搜索到的分类群的分类学名称。

示例：itis_name(query="Helianthus annuus", get="family")

3.58. itis_native（获取辖区数据，即在某个地区原生或非原生）

用法：itis_native(tsn = NULL, what = "bytsn", ...)

参数：

tsn：一个或多个 lsid。
what：bytsn、values 或 originvalues 之一。
...：传递给 ritis::jurisdiction_origin()、ritis::jurisdiction_values() 或 ritis:::jurisdiction_origin_values() 的其他参数。

示例：itis_native(what="values")

3.59. itis_refs（获取与 ITIS TSN 相关的参考文献）

用法：itis_refs(tsn, ...)

参数：

tsn：一个或多个分类组的 TSN（分类序号）。
...：传递给 getpublicationsfromtsn 的其他参数。

示例：itis_refs(202385)

3.60. itis_taxrank（从给定的 TSN 中检索分类等级名称）

用法：itis_taxrank(query = NULL, ...)

参数：

query：分类群的 TSN（数值）。如果将查询设为默认值（NULL），则会得到所有可能的等级名称及其 TSN（使用函数 ritis::rank_names()）。Monera vs. Plantae vs. Fungi vs. Animalia vs. Chromista的术语略有不同，因此每个类群都有单独的术语。

说明：您可以通过设置 verbose=FALSE来打印信息。

返回值：分类等级名称或所有等级的数据框。

示例：itis_taxrank(query=202385)

3.61. itis_terms（获取 ITIS 术语，即 tsn、作者、俗名和学名）

用法：itis_terms(query, what = "both", ...)

参数：

query：一个或多个常用名、学名或部分名称。
what：both（搜索常用名和学名）、common（只搜索常用名）或scientific（只搜索学名）。

示例；itis_terms(query='bear')

3.62. iucn_getname（获取任何匹配的 IUCN 物种名称）

用法：iucn_getname(name, verbose = TRUE, ...)

参数：

name：类群名称。
verbose：（逻辑型）是否应该打印信息？
...：传递给 iucn_summary() 的其他参数，请注意您需要一个 API 密钥。

返回值：与《世界自然保护联盟》中的名称相匹配的字符向量。

示例：iucn_getname(name = "Cyanistes caeruleus")

3.63. iucn_id（为世界自然保护联盟（IUCN）列出的分类群获取 ID）

用法：iucn_id(sciname, key = NULL, ...)

参数：

sciname：学名。应清晰明了，格式为 <属> <种>。一个或多个。
key：您的 IUCN Redlist API 密钥。请参阅 rredlist::rredlist-package 以获取与世界自然保护联盟红名单进行身份验证的帮助。
...：传递给crul::HttpClient的可选参数。

返回值：一个或多个世界自然保护联盟 ID 的命名列表（名称为输入分类群名称）。未找到的分类群将被静默删除。

示例：iucn_id("Branta canadensis")

3.64. iucn_status（iucn-class 的提取函数）

用法：iucn_status(x, ...)

参数：

x：一个由iucn_summary 返回的iucn 对象。
...：目前未使用

返回值：表示状态的字符向量。

示例：

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ia <- iucn_summary(c("Panthera uncia", "Lynx lynx"))
iucn_status(ia)

3.65. iucn_summary（从世界自然保护联盟红色名录中获取摘要）

用法：iucn_summary(x, distr_detail = FALSE, key = NULL, ...)

参数：

x：学名。应清晰明了，格式为 <属> <种>。
distr_detail：如果为 "true"，则地理分布将作为一个向量列表返回，该向量列表对应于不同的分布类型：原生、引进等。
key：Redlist API 密钥，从 https://apiv3.iucnredlist.org/api/v3/token 获取 iucn_summary 所需的密钥。默认为空，以防已存储密钥（请参阅下面的 Redlist Authentication）。
...：传递给crul::verb-GET的可选参数。

说明：iucn_summary 有一个默认方法，当传入非字符或 iucn 类对象时会出错--iucn_summary.character 方法用于传入分类群名称--iucn_summary.iucn 方法用于传入 iucn 类对象作为 get_iucn() 或 as.iucn() 的输出。如果您已经有了 IUCN ID，则可通过 as.iucn(..., check = FALSE) 将其强制转换为 iucn 类。

返回值：列表（每个物种一个条目），包含以下项目：

status：红色名录类别。
history：历史状况（如果有）。
distr：地理分布情况（如果有）。
trend：种群数量趋势（如果有）。

红色名录认证：iucn_summary 使用新的 Redlist API 搜索世界自然保护联盟 ID，因此我们在内部使用了 rl_search()函数。该函数需要一个 API 密钥。请在 https://apiv3.iucnredlist.org/api/v3/token 获取密钥，并将其传递给 key 参数，或存储在 .Renviron 文件中，如 IUCN_REDLIST_KEY=yourkey 或存储在 .Rprofile 文件中，如 options(iucn_redlist_key="yourkey")。我们强烈建议你不要在函数调用中传递密钥，而是将其存储在这两个文件中的一个中。该密钥还将帮助您使用 rredlist 软件包。

注意：iucn_status() 是一个提取函数，可以轻松地将状态提取到矢量中。

示例：iucn_summary("Lutra lutra")

3.66. key_helpers（为不同数据源设置身份验证的助手）

用法：

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use_tropicos()
use_entrez()
use_iucn()

详情：

use_tropicos()
浏览 Tropicos API 密钥请求 URL，并提供如何存储密钥的说明。填写表格后，您将很快收到密钥，但不是立即收到。
use_entrez()
浏览 NCBI Entrez 可帮助提出 API 密钥请求，并提供如何存储密钥的说明。没有直接请求密钥的 URL，首先需要登录或注册，然后从自己的账户生成密钥。请注意，NCBI Entrez 并不要求您使用 API 密钥，但有了密钥，您应该能获得更高的速率限制，因此请务必获得一个。
use_iucn()
浏览世界自然保护同盟红色名录 API 密钥请求 URL，并提供如何存储密钥的说明。该函数封装了 rredlist 软件包中的 rredlist::rl_use_iucn()。填写表格后，你将很快获得密钥，但不是立即。

3.67. lowest_common（检索给定分类群名称或 ID 的最低常见分类群和等级）

用法：

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lowest_common(...)

## Default S3 method:
lowest_common(sci_id, db = NULL, rows = NA, class_list = NULL, low_rank = NULL, x = NULL, ...)

## S3 method for class 'uid'
lowest_common(sci_id, class_list = NULL, low_rank = NULL, ...)

## S3 method for class 'tsn'
lowest_common(sci_id, class_list = NULL, low_rank = NULL, ...)

## S3 method for class 'gbifid'
lowest_common(sci_id, class_list = NULL, low_rank = NULL, ...)

## S3 method for class 'tolid'
lowest_common(sci_id, class_list = NULL, low_rank = NULL, ...)

参数：

...：传递给 get_tsn()、get_uid()、get_gbifid()、get_tolid() 的其他参数。
sci_id：要查询的分类群名称（字符）或 ID（字符或数字）向量。
db：要查询的数据库：ncbi、itis、gbif 或 tol。如果使用 ncbi，建议获取一个 API 密钥；请参阅 taxize-authentication。
rows：从 1 到无穷大的任意数字。如果默认为 NA，则所有行都会被考虑。请注意，如果您输入的分类id属于可接受的类别：tsn、gbifid 和 tolid，则该参数将被忽略。NCBI 有一个用于此函数的方法，但rows不起作用。
class_list：由 classification() 返回的分类列表。
low_rank：要返回的分类等级，长度为 1。
x：已弃用，请使用sci_id。

返回值：如果没有匹配项，则为 NA；如果有匹配项，则为带列的 data.frame。列有name，rank和id。

示例：

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id <- c("9031", "9823", "9606", "9470")
lowest_common(id[2:4], db = "ncbi")

3.68. names_list（随机获取物种名称向量）

描述：科名和目名来自 APG 植物名称表。属和种名来自 Theplantlist.org。

用法：names_list(rank = "genus", size = 10)

参数：

rank：分类等级，种、属（默认）、科、目之一。
size：要获取的名称数量。最大值取决于等级。

返回值：分类名称的字符向量。

示例：names_list('species')

3.69. nbn_classification（搜索英国国家生物多样性网络数据库中的生物分类）

用法：nbn_classification(id, ...)

参数：

id：一个NBN标识符。
...：传递给 crul::verb-GET 的其他参数。

返回值：数据框。

示例：nbn_classification(id="NHMSYS0000376773")

3.70. nbn_search（搜索英国国家生物多样性网络）

用法：nbn_search( sci_com, fq = NULL, order = NULL, sort = NULL, start = 0, rows = 25, facets = NULL, q = NULL, ... )

参数：

sci_com：查询术语、学名或俗名。
fq：应用于原始查询的过滤器。这些是额外的参数，例如 fq=rank:kingdom。参见 https://species-ws.nbnatlas.org/indexFields 可查询的所有字段。
order：支持 "asc "或 "desc"。
sort：按索引字段排序。
start：记录偏移量，以启用分页功能。
rows：返回的记录数。
facets：用逗号分隔的字段列表，例如：facets=basis_of_record。
q：已弃用，请使用sci。
...：传递给 crul::HttpClient 的其他参数。

返回值：一个列表，其中的元数据 (meta) 插槽包含响应属性列表，数据 (data) 插槽包含结果的 data.frame。

示例：nbn_search(sci_com = "Vulpes")