GWAS：plink进行meta分析

橙子牛奶糖2023-11-26 23:44

之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。

命令如下所示：

复制代码

plink --meta-analysis gwas1.plink  gwas2.plink gwas3.plink + logscale qt --meta-analysis-snp-field SNP --meta-analysis-chr-field CHR --meta-analysis-bp-field BP --meta-analysis-a1-field A1 --meta-analysis-a2-field A2  --meta-analysis-se-field SE --out allqt
# logscale，指的是输入文件（比如gwas1.plink）的效应值是beta，而非OR；
# qt 指的是输出结果的效应值用beta展示（默认输出效应值用OR表示）；
# --meta-analysis-snp-field 指的是输入文件SNP列用SNP表示；

输入文件gwas1.plink文件如下所示：

输出结果如下所示：

其中，不同列所代表的意思如下：

CHR Chromosome code.

BP Base-pair coordinate.

SNP Variant identifier

A1 Allele 1.

A2 Allele 2.

N Number of valid studies for variant

P Fixed-effects meta-analysis p-value

P® Random-effects meta-analysis p-value

BETA'/'OR' Fixed-effects BETA/OR estimate

BETA®'/'OR®' Random-effects BETA/OR estimate (DerSimonian and Laird)

Q p-value for Cochran's Q statistic

I2 heterogeneity index (0-100 scale)

致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感谢小可爱们多年来的陪伴，我与你们一起成长~