jbrowse基因组浏览器部署

一、jbrowse部署

1.1 jbrowse部署

复制代码
sudo mkdir /var/www/jbrowse;
sudo chown `whoami` /var/www/jbrowse;
# cd into it
cd /var/www/jbrowse;

1.2 nginx配置

复制代码
  server {
        listen       80 default_server;
        listen       [::]:80 default_server;
        server_name  _;
        #root         /var/www/html/jbrowse;

        # Load configuration files for the default server block.
        include /etc/nginx/default.d/*.conf;

        location / {
        root  /var/www/html/jbrowse;
        autoindex on;
        index  index.html index.htm  index.jsp;
        }

        error_page 404 /404.html;
            location = /40x.html {
        }

fetch a JBrowse release zip file

复制代码
curl -O http://jbrowse.org/releases/JBrowse-1.8.0.zip

# unzip it and cd into it
unzip JBrowse-1.8.0.zip
cd JBrowse-1.8.0

二 数据导入

1、 ca文件处理

samtools工具安装

复制代码
 wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
  tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2 
  cd samtools-1.9/
  ./configure --prefix=/usr/local/samtools #编译
  make 
  make install

samtools faidx zdd0006.genome.v1.fa #生成ca文件的索引
执行命令后会自动生成文件zdd0006.genome.v1.fa.fai

2、vcf格式文件处理

确保你的 VCF 文件是经过 BGZF 压缩的(以 .vcf.gz 结尾),并且已经创建了相应的索引文件(.tbi 文件)。如果没有,你可以使用 bgzip 和 tabix 工具来进行压缩和索引。

tabix命令安装

复制代码
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
 git submodule update --init --recursive

然后进入项目make 和make install

数据处理

复制代码
 bgzip -c 680_sample_filter_ID.vcf > 680_sample_filter_ID.vcf.gz
 tabix -p vcf 680_sample_filter_ID.vcf.gz

track.conf文件配置

复制代码
[root@VM-4-17-opencloudos data]# cat tracks.conf 
[GENERAL]
refSeqs=Gmax_275_v2.0.fa.fai
[tracks.Gmax_275_v2.0]
urlTemplate=Gmax_275_v2.0.fa
storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/IndexedFasta
type=Sequence

refSeqs=SN14.genome.fa.fai
[tracks.SN14_genome]
urlTemplate=SN14.genome.fa
storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/IndexedFasta
type=Sequence

refSeqs=zdd0006.genome.v1.fa.fai
[tracks.zdd0006_genome]
urlTemplate=zdd0006.genome.v1.fa
storeClass=JBrowse/Store/SeqFeature/IndexedFasta
type=Sequence


[tracks.680_sample_filter]
# settings for what data is shown in the track
storeClass     = JBrowse/Store/SeqFeature/VCFTabix
urlTemplate    = 680_sample_filter_ID.vcf.gz

 
# settings for how the track looks
category = VCF
type = JBrowse/View/Track/CanvasVariants
key  = 680_sample
#GFF格式
[tracks.Gmax_275_Wm82]
urlTemplate = Gmax_275_Wm82.a2.v1.gene.gff3
storeClass = JBrowse/Store/SeqFeature/GFF3
type = CanvasFeatures
key = Gmax_275_Wm82
相关推荐
碳基学AI39 分钟前
哈尔滨工业大学DeepSeek公开课:探索大模型原理、技术与应用从GPT到DeepSeek|附视频与讲义免费下载方法
大数据·人工智能·python·gpt·算法·语言模型·集成学习
unhurried人生——冕临1 小时前
Ubuntu安装Elasticsearch
elasticsearch
一个天蝎座 白勺 程序猿2 小时前
大数据(4.6)Hive执行引擎选型终极指南:MapReduce/Tez/Spark性能实测×万亿级数据资源配置公式
大数据·hive·mapreduce
三天不学习2 小时前
JiebaAnalyzer 分词模式详解【搜索引擎系列教程】
前端·搜索引擎·jiebaanalyzer
三天不学习2 小时前
Lucene.Net FSDirectory 和 RAMDirectory 的区别和用法 【搜索引擎系列教程】
搜索引擎·.net·lucene
HelpHelp同学2 小时前
信息混乱难查找?三步搭建高效帮助中心解决难题
大数据·人工智能·知识库管理系统
TDengine (老段)8 小时前
TDengine 中的关联查询
大数据·javascript·网络·物联网·时序数据库·tdengine·iotdb
这个懒人10 小时前
深入解析Translog机制:Elasticsearch的数据守护者
数据库·elasticsearch·nosql·translog
直裾13 小时前
Mapreduce的使用
大数据·数据库·mapreduce
愿你天黑有灯下雨有伞14 小时前
Docker 安装 Elasticsearch 教程
运维·elasticsearch·docker