R语言【taxlist】——taxon_traits(),updat_trait():操作 taxlist 对象中的 taxon 特征

Package taxlist version 0.2.4


Description

分类列表对象中的slot taxonTraits包含分类单元概念的属性(例如功能特征)。这些函数适用于分类表中性状信息的替换、检索和追加。


Usage

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taxon_traits(taxlist, ...)

## S3 method for class 'taxlist'
taxon_traits(taxlist, ...)

taxon_traits(taxlist, ...) <- value

## S3 replacement method for class 'taxlist'
taxon_traits(taxlist, ...) <- value

update_trait(taxlist, ...)

## S3 method for class 'taxlist'
update_trait(taxlist, taxonTraits, ...)

Arguments

参数【taxlist】:一个 taxlist 对象。

参数【...】:在方法之间传递的进一步参数。

参数【value】:要设置为槽taxonTraits的数据帧。

参数【taxonTraits】:包含要插入到"taxlist"中的分类单元特征的数据框架。列'TaxonConceptID'在这个表中是必填的。如果某些分类单元概念id没有出现在'taxlist'中,则update_trait()将检索错误消息。


Details

分类单元特征包含在分类列表对象的槽taxonTraits处的数据框架中。为了优化空间,此数据框架只包含包含信息的概念的条目,而不包含信息的分类组将从该表中跳过。因此,附加新变量可能还必须在该槽中包含新行,这是由该函数自动执行的。

替换方法 taxon_traits<- 应该只在从一个空的分类列表对象构造分类列表对象时使用。


Example

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head(taxon_traits(Easplist))
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  TaxonConceptID          life_form
1              7       phanerophyte
2              9       phanerophyte
3             18 facultative_annual
4             20 facultative_annual
5             21    obligate_annual
6             22        chamaephyte
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summary(Easplist, "Launaea cornuta")
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------------------------------ 
concept ID: 355 
view ID: 1 
level: species 
parent: 54923 Launaea Cass. 

# accepted name: 
355 Launaea cornuta (Hochst. ex Oliv. & Hiern) C. Jeffrey 

# synonyms (2): 
53821 Sonchus exauriculatus (Oliv. & Hiern) O. Hoffm. 
53843 Sonchus bipontini var. pinnatifidus Oliv. & Hiern 
------------------------------
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accepted_name(taxlist = Easplist, ConceptID = 355, show_traits = TRUE)
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  TaxonConceptID TaxonUsageID       TaxonName                            AuthorName ViewID
1            355          355 Launaea cornuta (Hochst. ex Oliv. & Hiern) C. Jeffrey      1
    Level     life_form
1 species tussock_plant
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sp_list <- update_trait(taxlist = Easplist, taxonTraits = data.frame(
        TaxonConceptID = 355,
        life_form = "annual"))
accepted_name(taxlist = sp_list, ConceptID = 355, show_traits = TRUE)
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  TaxonConceptID TaxonUsageID       TaxonName                            AuthorName ViewID
1            355          355 Launaea cornuta (Hochst. ex Oliv. & Hiern) C. Jeffrey      1
    Level life_form
1 species    annual
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