R语言【taxlist】——taxon_traits()，updat_trait()：操作 taxlist 对象中的 taxon 特征

Package taxlist version 0.2.4

Description

分类列表对象中的slot taxonTraits包含分类单元概念的属性(例如功能特征)。这些函数适用于分类表中性状信息的替换、检索和追加。

Usage

R 复制代码

taxon_traits(taxlist, ...)

## S3 method for class 'taxlist'
taxon_traits(taxlist, ...)

taxon_traits(taxlist, ...) <- value

## S3 replacement method for class 'taxlist'
taxon_traits(taxlist, ...) <- value

update_trait(taxlist, ...)

## S3 method for class 'taxlist'
update_trait(taxlist, taxonTraits, ...)

Arguments

参数【taxlist】：一个 taxlist 对象。

参数【...】：在方法之间传递的进一步参数。

参数【value】：要设置为槽taxonTraits的数据帧。

参数【taxonTraits】：包含要插入到"taxlist"中的分类单元特征的数据框架。列'TaxonConceptID'在这个表中是必填的。如果某些分类单元概念id没有出现在'taxlist'中，则update_trait()将检索错误消息。

Details

分类单元特征包含在分类列表对象的槽taxonTraits处的数据框架中。为了优化空间，此数据框架只包含包含信息的概念的条目，而不包含信息的分类组将从该表中跳过。因此，附加新变量可能还必须在该槽中包含新行，这是由该函数自动执行的。

替换方法 taxon_traits<- 应该只在从一个空的分类列表对象构造分类列表对象时使用。

Example

R 复制代码

head(taxon_traits(Easplist))

复制代码

  TaxonConceptID          life_form
1              7       phanerophyte
2              9       phanerophyte
3             18 facultative_annual
4             20 facultative_annual
5             21    obligate_annual
6             22        chamaephyte

R 复制代码

summary(Easplist, "Launaea cornuta")

复制代码

------------------------------ 
concept ID: 355 
view ID: 1 
level: species 
parent: 54923 Launaea Cass. 

# accepted name: 
355 Launaea cornuta (Hochst. ex Oliv. & Hiern) C. Jeffrey 

# synonyms (2): 
53821 Sonchus exauriculatus (Oliv. & Hiern) O. Hoffm. 
53843 Sonchus bipontini var. pinnatifidus Oliv. & Hiern 
------------------------------

R 复制代码

accepted_name(taxlist = Easplist, ConceptID = 355, show_traits = TRUE)

复制代码

  TaxonConceptID TaxonUsageID       TaxonName                            AuthorName ViewID
1            355          355 Launaea cornuta (Hochst. ex Oliv. & Hiern) C. Jeffrey      1
    Level     life_form
1 species tussock_plant

R 复制代码

sp_list <- update_trait(taxlist = Easplist, taxonTraits = data.frame(
        TaxonConceptID = 355,
        life_form = "annual"))
accepted_name(taxlist = sp_list, ConceptID = 355, show_traits = TRUE)

复制代码

  TaxonConceptID TaxonUsageID       TaxonName                            AuthorName ViewID
1            355          355 Launaea cornuta (Hochst. ex Oliv. & Hiern) C. Jeffrey      1
    Level life_form
1 species    annual