R语言【taxlist】——subset()：取taxlist对象的子集

ALittleHigh2024-01-31 18:37

Package taxlist version 0.2.4

Description

taxlist对象的子集将通过逻辑操作或模式匹配来完成。子集可以引用包含在插槽taxonNames、taxonRelations或taxonTraits中的信息。

Usage

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## S4 method for signature 'taxlist'
subset(
  x,
  subset,
  slot = "names",
  keep_children = FALSE,
  keep_parents = FALSE,
  ...
)

Arguments

参数【x】：taxlist 对象。

参数【subset】：以逻辑向量或逻辑操作来实现子集。

参数【slot】：字符值，指示应用于子集的slot。

参数【keep_children】：逻辑值，是否保留子类群。

参数【keep_parents】：逻辑值，是否保留父类群。

参数【...】：传递给其他方法或从其他方法传递的进一步参数。

Details

参数【subset】将应用于参数slot中指定的slot。这个参数也允许部分匹配。

参数keep_children和keep_parents应用于对象，包括父子关系。当这些参数设置为FALSE(默认值)时，所选分类单元概念的子概念或父概念将不包括在子集中。

请注意，在函数定义内部，subset()不能正常工作。

Example

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sp_list <- subset(x = Easplist, subset = life_form == "reed_plant",
    slot = "taxonTraits", keep_parents = TRUE)

sp_list

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object size: 22.3 Kb 
validation of 'taxlist' object: TRUE 

number of taxon usage names: 100 
number of taxon concepts: 27 
trait entries: 14 
number of trait variables: 1 
taxon views: 3 

concepts with parents: 24 
concepts with children: 13 

hierarchical levels: form < variety < subspecies < species < complex < genus < family 
number of concepts in level form: 0
number of concepts in level variety: 0
number of concepts in level subspecies: 0
number of concepts in level species: 14
number of concepts in level complex: 0
number of concepts in level genus: 10
number of concepts in level family: 3

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summary(as.factor(sp_list$life_form))

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reed_plant       NA's 
        14         13