R语言图形绘制 | 桑基图绘制教程

原文链接：R语言绘制桑基图教程

写在前面

在昨天3月10日，我们在知乎、B站等分享了功能富集桑基气泡图的绘制教程。相关链接：NC|高颜值功能富集桑基气泡图，桑基气泡组合图。

确实，目前这个图在文章中出现的频率相对比较少，但是可能随着的代码的开放，此图会别大家玩出新花样，功能富集图可能会有不同的可视化方式，若你有好的想法，也可以在自己想到后进行实现，你可能成为此图的开山鼻祖。

做生物信息的，对图形的要求是比较高的，因此，需要不断的创新，不断的调整，不断的失败，更重要的是需要不断的思考。

因此，我们每天学习一点点，也就是一种进步；每天整理一下笔记，也算是一种总结。

本期教程图形

绘制

导入所需的R包

library(tidyverse)

devtools::install_github("davidsjoberg/ggsankey")

library(ggsankey)
library(ggplot2)
#install.packages("cols4all")
library(cols4all)
#BiocManager::install("dittoSeq")
library(dittoSeq)
导入数据

setwd("E:\小杜的生信筆記\2024\20240311_桑基图绘制教程")

df <- read.csv("01_inputdata.csv",header = T)
head(df)

head(df)
Pathway geneID Freq
Flavonoid biosynthesis pmb0751 1
Flavonoid biosynthesis pmp000571 1
Flavonoid biosynthesis mws0914 1
Flavonoid biosynthesis pme2960 1
Flavonoid biosynthesis pme1201 1
Flavonoid biosynthesis mws1068 1
转化格式

df2 <- df %>% make_long(Pathway, geneID)

##'@指定绘图显示顺序
df2 $node <- factor(df2$ node, levels = c(rev(unique(df $geneID)), rev(unique(df$ Pathway))))

head(df2)

A tibble: 6 × 4

x node next_x next_node
<fct> <fct> <fct> <chr>
1 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID pmb0751
2 geneID pmb0751 NA NA
3 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID pmp000571
4 geneID pmp000571 NA NA
5 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID mws0914
6 geneID mws0914 NA NA

绘制基础图形

代码一

复制代码

mycol3 <- sample(mycol3, length(mycol3)) 

##'@代码一
ggplot(df2, aes(x = x, next_x = next_x, node = node, next_node = next_node,
               fill = node, label = node)) +
  scale_fill_manual(values = mycol3)+
  
  geom_sankey(flow.alpha = 0.5, #条带不透明度
                  smooth = 7, #条带弯曲度
                  width = 0.18) + #节点宽度
  geom_sankey_text(size = 3.2, color = 'black') +
  theme_void() +
  theme(legend.position = 'none') #隐藏图例

ggsave("桑基图.jpg",width = 6, height = 4)

代码二

复制代码

ggplot(df2, aes(x = x, next_x = next_x, node = node, next_node = next_node,
                fill = node, label = node)) +
  #设置
  geom_sankey(flow.fill="#DFDFDF",#连线颜色
              flow.alpha = 0.5, ## 条带透明度
              flow.color="grey60",#连线边框颜色
              #node.fill=dittoColors()[1:36],#节点颜色，[1:36]数值需要根据自己的数据进行修改
              width=0.2) + #node的宽度
  #设置桑葚图文字
  geom_sankey_text(size = 3,#文字大小
                   color= "black",#文字颜色
                   hjust=1) + #文字位置，右对齐
  theme_void()+
  #隐藏图例
  theme(legend.position = 'none') 

ggsave("桑基图02.jpg",width = 6, height = 4)