原文链接:R语言绘制桑基图教程
写在前面
在昨天3月10日,我们在知乎
、B站
等分享了功能富集桑基气泡图的绘制教程
。相关链接:NC|高颜值功能富集桑基气泡图,桑基气泡组合图。
确实,目前这个图在文章中出现的频率相对比较少,但是可能随着的代码的开放,此图会别大家玩出新花样
,功能富集图可能会有不同的可视化方式,若你有好的想法,也可以在自己想到后进行实现,你可能成为此图的开山鼻祖。
做生物信息的,对图形的要求是比较高的,因此,需要不断的创新
,不断的调整
,不断的失败
,更重要的是需要不断的思考
。
因此,我们每天学习一点点,也就是一种进步
;每天整理一下笔记,也算是一种总结
。
本期教程图形
绘制
-
导入所需的R包
library(tidyverse)
devtools::install_github("davidsjoberg/ggsankey")
library(ggsankey)
library(ggplot2)
#install.packages("cols4all")
library(cols4all)
#BiocManager::install("dittoSeq")
library(dittoSeq) -
导入数据
setwd("E:\小杜的生信筆記\2024\20240311_桑基图绘制教程")
df <- read.csv("01_inputdata.csv",header = T)
head(df)head(df)
Pathway geneID Freq
Flavonoid biosynthesis pmb0751 1
Flavonoid biosynthesis pmp000571 1
Flavonoid biosynthesis mws0914 1
Flavonoid biosynthesis pme2960 1
Flavonoid biosynthesis pme1201 1
Flavonoid biosynthesis mws1068 1 -
转化格式
df2 <- df %>% make_long(Pathway, geneID)
##'@指定绘图显示顺序
df2node <- factor(df2node, levels = c(rev(unique(dfgeneID)), rev(unique(dfPathway))))head(df2)
A tibble: 6 × 4
x node next_x next_node
<fct> <fct> <fct> <chr>
1 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID pmb0751
2 geneID pmb0751 NA NA
3 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID pmp000571
4 geneID pmp000571 NA NA
5 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID mws0914
6 geneID mws0914 NA NA
绘制基础图形
代码一
mycol3 <- sample(mycol3, length(mycol3))
##'@代码一
ggplot(df2, aes(x = x, next_x = next_x, node = node, next_node = next_node,
fill = node, label = node)) +
scale_fill_manual(values = mycol3)+
geom_sankey(flow.alpha = 0.5, #条带不透明度
smooth = 7, #条带弯曲度
width = 0.18) + #节点宽度
geom_sankey_text(size = 3.2, color = 'black') +
theme_void() +
theme(legend.position = 'none') #隐藏图例
ggsave("桑基图.jpg",width = 6, height = 4)
代码二
ggplot(df2, aes(x = x, next_x = next_x, node = node, next_node = next_node,
fill = node, label = node)) +
#设置
geom_sankey(flow.fill="#DFDFDF",#连线颜色
flow.alpha = 0.5, ## 条带透明度
flow.color="grey60",#连线边框颜色
#node.fill=dittoColors()[1:36],#节点颜色,[1:36]数值需要根据自己的数据进行修改
width=0.2) + #node的宽度
#设置桑葚图文字
geom_sankey_text(size = 3,#文字大小
color= "black",#文字颜色
hjust=1) + #文字位置,右对齐
theme_void()+
#隐藏图例
theme(legend.position = 'none')
ggsave("桑基图02.jpg",width = 6, height = 4)
注意: #node.fill=dittoColors()[1:36],#节点颜色,[1:36]数值需要根据自己的数据进行修改
,如下图所示。
参考:
https://mp.weixin.qq.com/s/Wv90W3In7vzhnRjCYZXs7A
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