R语言图形绘制 | 桑基图绘制教程

原文链接:R语言绘制桑基图教程

写在前面

在昨天3月10日,我们在知乎B站等分享了功能富集桑基气泡图的绘制教程。相关链接:NC|高颜值功能富集桑基气泡图桑基气泡组合图

确实,目前这个图在文章中出现的频率相对比较少,但是可能随着的代码的开放,此图会别大家玩出新花样,功能富集图可能会有不同的可视化方式,若你有好的想法,也可以在自己想到后进行实现,你可能成为此图的开山鼻祖

做生物信息的,对图形的要求是比较高的,因此,需要不断的创新,不断的调整,不断的失败,更重要的是需要不断的思考

因此,我们每天学习一点点,也就是一种进步;每天整理一下笔记,也算是一种总结

本期教程图形

绘制

  1. 导入所需的R包

    library(tidyverse)

    devtools::install_github("davidsjoberg/ggsankey")

    library(ggsankey)
    library(ggplot2)
    #install.packages("cols4all")
    library(cols4all)
    #BiocManager::install("dittoSeq")
    library(dittoSeq)

  2. 导入数据

    setwd("E:\小杜的生信筆記\2024\20240311_桑基图绘制教程")

    df <- read.csv("01_inputdata.csv",header = T)
    head(df)

    head(df)
    Pathway geneID Freq
    Flavonoid biosynthesis pmb0751 1
    Flavonoid biosynthesis pmp000571 1
    Flavonoid biosynthesis mws0914 1
    Flavonoid biosynthesis pme2960 1
    Flavonoid biosynthesis pme1201 1
    Flavonoid biosynthesis mws1068 1

  3. 转化格式

    df2 <- df %>% make_long(Pathway, geneID)

    ##'@指定绘图显示顺序
    df2node <- factor(df2node, levels = c(rev(unique(dfgeneID)), rev(unique(dfPathway))))

    head(df2)

    A tibble: 6 × 4

    x node next_x next_node
    <fct> <fct> <fct> <chr>
    1 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID pmb0751
    2 geneID pmb0751 NA NA
    3 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID pmp000571
    4 geneID pmp000571 NA NA
    5 Pathway Flavonoid biosynthesis geneID mws0914
    6 geneID mws0914 NA NA

绘制基础图形

代码一

mycol3 <- sample(mycol3, length(mycol3)) 

##'@代码一
ggplot(df2, aes(x = x, next_x = next_x, node = node, next_node = next_node,
               fill = node, label = node)) +
  scale_fill_manual(values = mycol3)+
  
  geom_sankey(flow.alpha = 0.5, #条带不透明度
                  smooth = 7, #条带弯曲度
                  width = 0.18) + #节点宽度
  geom_sankey_text(size = 3.2, color = 'black') +
  theme_void() +
  theme(legend.position = 'none') #隐藏图例

ggsave("桑基图.jpg",width = 6, height = 4)

代码二

ggplot(df2, aes(x = x, next_x = next_x, node = node, next_node = next_node,
                fill = node, label = node)) +
  #设置
  geom_sankey(flow.fill="#DFDFDF",#连线颜色
              flow.alpha = 0.5, ## 条带透明度
              flow.color="grey60",#连线边框颜色
              #node.fill=dittoColors()[1:36],#节点颜色,[1:36]数值需要根据自己的数据进行修改
              width=0.2) + #node的宽度
  #设置桑葚图文字
  geom_sankey_text(size = 3,#文字大小
                   color= "black",#文字颜色
                   hjust=1) + #文字位置,右对齐
  theme_void()+
  #隐藏图例
  theme(legend.position = 'none') 

ggsave("桑基图02.jpg",width = 6, height = 4)

注意: #node.fill=dittoColors()[1:36],#节点颜色,[1:36]数值需要根据自己的数据进行修改,如下图所示。

参考:

https://mp.weixin.qq.com/s/Wv90W3In7vzhnRjCYZXs7A


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往期文章:

1. 复现SCI文章系列专栏

2. 《生信知识库订阅须知》,同步更新,易于搜索与管理。

3. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)


4. 精美图形绘制教程

5. 转录组分析教程

转录组上游分析教程[零基础]

一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie

小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!

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