生物信息学

Biomamba生信基地

AI虚拟细胞干扰工具大测评Perturb-seq将单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）与基于 CRISPR 的扰动相结合，可实现大规模单细胞检测，研究单个细胞的基因功能和细胞反应。例如我们此前分享的风靡一时的scTenifoldKnk单细胞虚拟基因敲除,准不准?，便是其中的一种。本次推送分享发表在预印刊上题为"Benchmarking AI Models for In Silico Gene Perturbation of Cells"的文章，全方位得测评了主流AI虚拟细胞干扰工具。

Biomamba生信基地

fastXXX、rapidXXX系列加速你的单细胞数据分析最近发现很多带有FastXXX、RapidXXX字符的单细胞分析工具上架，顾名思义，这类工具能够以不同数量级的速度完成原有的单细胞分析。例如FastCCC，利用包含1600万个细胞、450种细胞类型的数据作为参考模板快速获取细胞通讯的计算结果。

Scanpy vs Seurat 深度对比：Python 与 R 的单细胞分析框架谁更强？做单细胞转录组分析，两大主流框架你必须知道：Scanpy（Python）和 Seurat（R）。到底选哪个？这篇帮你做一份全面的深度对比。

Biomamba生信基地

单细胞文献复现理论自测题2026.6.3、6.5为期两天，主讲R语言scRNA-seq全程班中的文献复现。本篇推送整理了单细胞文献复现分析理论自测题，建议大家先预习配套教程，再通过题目检验学习效果。还没有上车的同学，请联系客服Biomamba_zhushou报名参加！来不及看直播的同学们可以看回放哦~当然也可以按照专题报名参加！

Biomamba生信基地

保姆级教空间转录组分析| 01. 绪论B站（已更新10集）：https://www.bilibili.com/video/BV181wezqEgK/

Biomamba生信基地

《Advanced Science》前沿工具发布：STAID，空间反卷积自优化深度学习框架文章《STAID: A Self-Refining Deep Learning Framework forSpatial Cell-Type Deconvolution with Biologically InformedModeling》（IF=14.1）发布于《Advanced Science》。

Biomamba生信基地

biomart同源基因转换的“HTTP 404 Not found“解决方案biomart 同源基因转换在单细胞分析的过程中，常规的分析物种是人或者小鼠。那么有的分析软件可能只支持其中一个分析物种。这时候我们可能会面对需要进行同源基因转化的问题。我们之前也对这个问题做了技术贴以解决大家的问题：答读者问（五）如何实现各物种基因的ID/symbol的转换。其中一个常用的软件就是biomart。曾经我在使用这个软件的时候就遇到过一个问题：

Biomamba生信基地

NC: 单细胞图谱揭示过敏性哮喘Th2细胞机制文章Single-cell and chromatin accessibility profiling reveals regulatory programs of pathogenic Th2 cells in allergic asthma（IF=15.7）发布于《Nature Communications》。

Biomamba生信基地

视频回放：《Frontiers In Immunology》生信文章一作专访2026年4月27日 18:00，南方医科大学广东省人民医院Echo博士在Biomamba生信基地B站、视频号直播间，分享其以第一作者身份发表于《Frontiers In Immunology》（中科院2区，IF=5.9）的研究论文：《Identification of PANoptosis hub genes driving immune activation and tubulointerstitial injury in diabetic kidney disease by integrative

Biomamba生信基地

单细胞转录组跨物种比对在跨物种单细胞研究中，如何消除物种间的进化差异并实现细胞类型的精确比对，是单细胞转录组（scRNA-seq）分析中的难点。针对南极鱼（Trematomus bernacchii, TB）与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus, ON）的脑组织数据，本教程展示了从 Cell Ranger 原始流程启动，到利用Diamond进行跨物种同源基因预测，并最终通过CCA (Canonical Correlation Analysis) 算法实现多物种数据集整合的完整管线。

Biomamba生信基地

拷贝数变异分析的python实现及R语言对比拷贝数变异（Copy number alterations，以下简称CNA）是一种重要的基因组变异，在癌症的发生和发展过程中起着至关重要的作用。确定肿瘤细胞中CNA的特征对早期肿瘤检测、划分肿瘤异质性、了解肿瘤进展模式和揭示耐药机制具有重要意义。随着单细胞RNA测序（scRNA-seq）的蓬勃发展，研究人员开发出了多种计算方法来从scRNA-seq研究中推断CNA。目前从scRNA-seq数据中推断CNA的计算方法大致可分为两类。一类是基于表达的，即直接从基因表达推断CNA。这类工具包括 inferCNV

Biomamba生信基地

转录组整合分析流程手册（RankProd + WGCNA)加权基因共表达网络分析（WGCNA）是一类从整体层面解析转录组结构的系统生物学方法。该方法基于基因间的共表达关联构建基因网络，可将海量基因自动聚类为若干具有相似表达模式的模块，并进一步与实验分组、性状表型等变量进行关联分析，从而精准识别驱动特定生物学过程的关键模块与核心基因。

Biomamba生信基地

保姆级视频教程| 空间转录组分析手册(基于Seurat)继《手把手教你做单细胞》之后，我们正式推出第二个系列：《空间转录组保姆级教程》，本系列视频将为大家提供空间转录组测序数据分析的完备方案，本次内容基于Seurat进行空转数据分析基础操作的演示，最大限度的让我们学习R语言单细胞的用户能够快速的迁移学习空转分析。课程内容将持续更新(基于Gitto的教程已在制作中啦~)。视频可在全平台观看：

Biomamba生信基地

致谢文章又+1，生物信息学+机器学习鉴定驱动糖尿病肾病免疫激活和小管间隙损伤的PANoptosis枢纽基因来自南方医科大学广东省人民医院的Echo博士，通过整合生物信息学分析、机器学习算法、调控网络与药物靶点筛选及动物模型验证，发现泛凋亡（PANoptosis）是驱动糖尿病肾病肾小管间质损伤的核心机制，鉴定出 6 个关键泛凋亡枢纽基因并构建了具备诊断价值的风险评分，同时筛选出 CASP1、FAS 等4个可作为糖尿病肾病诊疗靶点的关键基因。

Biomamba生信基地

单细胞基础分析和进阶可视化理论自测题题目110x Genomics生成的单细胞表达矩阵通常由以下哪几个文件组成？A.barcodes.tsv细胞身份文件

从RNA-seq原始数据开始数据分析（Salmon、tximport基因表达矩阵、DESeq2差异表达、WGCNA共表达网络）主要属于传统生物信息学的范畴，之前只懂原理，但是从来没有实操过这次有机会做一下分析，记录一下完整过程主要分析流程：Salmon+tximport

Biomamba生信基地

视频回放：《PHYTOMEDICINE》一作专访2026 年3月29日 16:00，中国药科大学博士后张帆在Biomamba生信基地B站、视频号直播间，分享其以第一作者身份发表于《Phytomedicine》（中科院1区，IF=8.3）的研究论文：《Complementary roles and synergy of the Ephedra-Glycyrrhiza herb pair across murine models of respiratory symptoms and poly (I:C)-induced pneumonia》，详细介绍见：

Biomamba生信基地

OpenClaw可能遇到的安全风险我们分享了OpenClaw的服务器部署方案，跟小龙虾聊聊天就把生信分析给做了？但不得不承认的是，当前在服务器中部署OpenClaw可能会遇到以下风险，虽然我们实战中没遇到，但也不得不防。好在如果你使用的是西柚云，可以西柚云增值服务的快照功能，直接回溯服务器环境，保护部分的数据和信息安全。最坏的结果就是，删除当前镜像重新布置(有root权限的共享服务器)。

北京高端信息科技

解决ClustalW中替换矩阵的文件格式我需要在命令行中使用CLUSTALW比对DNA序列时，将替换矩阵设置为：据我的理解，我需要将一个包含矩阵的文件路径传递给 -dnamatrix 参数，但我无法确定该文件应采用何种格式。

搞科研的小刘选手

【生物医学专题】第六届生物医学与生物信息工程国际学术会议（ICBBE 2026）第六届生物医学与生物信息工程国际学术会议（ICBBE 2026）The 6th International Conference on Biomedicine and Bioinformatics Engineering (ICBBE 2026)