生物信息学

npj Digit. Med. | 从牙周炎到脑内炎症：单核转录组与机器学习揭示黄连解毒汤的cGAS–STING调节作用这篇发到了npj，哈哈哈有意思的文章，该学习一下～发表于 npj Digital Medicine 的研究，把目光放在了小胶质细胞与cGAS–STING通路上。

J. Nanobiotechnol. | 三七NotoEV跨界递送植物miRNA，重塑缺血后神经元应激反应缺血性脑卒中治疗里，一个绕不开的问题是：很多分子在细胞实验里有效，但很难真正穿过血脑屏障，更难稳定进入缺血脑区并作用于受损神经元。

【期刊投稿指南】Frontiers in Genetics：肿瘤多组学从计算发现走向验证多组学、单细胞和计算模型，正在把肿瘤遗传学问题拆解到不同层次。本期从公开论文出发，看看 Frontiers in Genetics 如何呈现肿瘤计算发现、队列验证与功能实验之间的不同组合。

Adv. Sci. | 2602例验证：H&E病理AI能否给胃肠癌前病变分层？常规 H&E 切片不仅能帮助病理医师判断“现在是什么”，也可能包含肿瘤微环境与未来进展风险的形态信息。这项研究从结直肠癌全切片图像中发现一组细胞形态学生物标志物，再迁移到胃癌、食管癌和癌前病变中验证。

Nat. Commun. | TDP-43病理并非随机扩散：ALS/ALS-FTD运动皮层中最受影响的是特定兴奋性神经元ALS/ALS-FTD研究里，TDP-43几乎是绕不开的病理核心。真正难的问题并不是“它重不重要”，而是：TDP-43病理到底落在哪些细胞类型上？

Mol. Cancer | 胃癌化疗耐药新轴：YAP1/TEAD4-MCM10把DNA复制、干性和Wnt信号串起来胃癌化疗耐药常被归因于DNA损伤修复增强、肿瘤干性增加和YAP1异常激活。这篇文章的重点，是把这些线索集中到一个复制起始因子上：MCM10。

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《Nature methods》：基于单细胞多组学检测DNA甲基化和组蛋白修饰重构表观基因组维持的动态过程**文章DNA methylome profiling of circulating tumor cells in lung cancer at single base-pair resolution（IF=32.1）发布于2021年《**Nature methods》。

Nature | 跨物种转录组时钟揭示衰老与死亡的模块化网络衰老时钟不应只回答“样本看起来几岁”，还应进一步追问：它是否携带与死亡风险、慢病状态及干预响应有关的分子信息？ Nature 最新研究整合四种哺乳动物、25种以上组织的超过11,000份转录组，构建跨物种可解释的转录组年龄与预期死亡风险时钟，并将衰老拆解为炎症、线粒体代谢、染色质、细胞外基质等不同生物学模块。

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安全访问：FutureTerminal之Jupyter配置及Linux终端、Python与R环境访问FutureTerminal：云服务器已进入黑暗森林时代，教你一招通过FutureTerminal安全连接。FutureTerminal非常适合通过 SSH 访问远程 Linux 服务器，并利用 SSH 隧道把远程 Jupyter 安全地转发到本地浏览器。

Cell | CANVAS：从H&E重建肺癌空间生态位并预测免疫治疗获益作者从CANVAS推断结果中提取262项空间特征，包括邻域组成、多样性、离散度、细胞互作、空间距离和转变熵，最终构建了包含13项特征的免疫治疗PFS预测签名。在Stanford ICB发现队列中，模型对6、12和24个月PFS的时间依赖AUC分别为0.75、0.73和0.71，而PD-L1单独预测24个月结局的AUC为0.54。模型在Cancer Moonshot Biobank外部队列中仍保持一定分层能力。高风险模式主要与CN01肿瘤核心、CN04纤维化基质及CN06中性粒细胞富集有关；相对有利的空

Mol. Biomed. | cfDNA片段组学整合三类信号识别良恶性肾占位肾占位的难点不在于“看见病灶”，而在于术前判断它究竟是恶性肿瘤，还是影像上高度相似的良性病变。对脂肪少AML、嗜酸细胞瘤等病例，CT/MRI与穿刺都可能留下不确定性。

高分Panel复现系列｜转录因子网络太乱？用模块框把重点圈出来这张图有一个很适合复用的表达方式：中间展示转录因子调控网络，两侧单独圈出重点通路基因。它不是常规的富集气泡图，而是把“谁调控谁”和“这些基因属于什么功能模块”放在同一张 panel 里。

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易基因：Cell Commun Signal/IF11.6：中国多家科研单位联合开发MEE表观遗传编辑器实现线粒体DNA甲基化精准调控助力衰老机制研究大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2026年6月27日，湘湖实验室(农业浙江省实验室)李果研究员/顾志敏研究员、重庆妇幼医院江雯研究员、浙江大学姚远研究员团队合作在《Cell Communication and Signaling》期刊发表题为“Programmable aging function-related mitochondrial DNA 5-methylcytosine (m5C) modification with a TALE-directed methylt

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在线教程｜ProteinGym 第一名！VenusREM 用「检索增强」预测蛋白突变影响，加速蛋白质设计蛋白质工程正在从「试错筛选」走向「计算预筛选」——在湿实验前用计算方法评估突变对蛋白质功能的影响，从而缩小候选范围、降低实验成本。但蛋白质突变空间巨大、结构与功能关系复杂，如何兼顾预测效率与准确性，一直是该领域的核心挑战。

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《NG》作者采访视频：我们要学会“用”AI，而不是“学”AI参会人员：刘畅、Biomamba会议内容：刘畅作为浙江大学良渚实验室沈宁课题组成员在《Nature Genetics》（IF=25.5）发表综述论文为“Advances and challenges of splicing prediction with AI”，本次他围绕AI预测RNA可变剪切的进展与挑战展开详细讲解，并在分享结束后与现场观众开展问答交流。

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CellChat之no slot of name “images” for this object of class “CellChat”（1）报错界面（2）原因这是因为cellchat版本不同导致的，可以先使用updateCellChat函数将之前对象更新后再执行mergeCellChat合并的操作

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《NC》|单细胞与空间转录组分析揭示鼻咽癌中与肿瘤进展、免疫治疗响应相关的三级淋巴结构文章Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal tertiary lymphoid structures linked to tumour progression and immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma**（IF=16.6）发布于《Nature Communications》。**