生物信息学

Nat. Genet. | 癌基因还在，为何失去优势？ecDNA困入微核，削弱肿瘤细胞适应度癌基因扩增，通常意味着更强的生长优势。但如果这些扩增的癌基因仍然存在，只是换了一个位置，癌细胞的命运会怎样？

NPJ Precis. Oncol. | 新抗原疫苗不只看肿瘤缩小：用PKPD模型拆解抗原暴露、T细胞扩增和疗效癌症新抗原疫苗的难点，不只是“能不能诱导T细胞”，还包括抗原在体内停留多久、能否到达引流淋巴结、APC摄取后何时呈递、T细胞扩增是否足以转化为肿瘤控制。

npj Digit. Med. | 2026年还发机器学习+SHAP：多特征异常检测重估阴性MII-pH并筛出潜在GERD漏诊一次 24 h MII-pH 检查中，AET＜4% 往往意味着“酸暴露正常”；但对间歇性或低频反流患者而言，24 小时窗口也可能恰好错过关键事件。本文将传统指标与波形特征结合，用可解释异常检测从“阴性”结果中筛出值得重新评估的人群。

Nat. Commun. | condensin如何把DNA扣进安全带？多尺度模拟解析latch-buckle门控机制染色体如何被压缩、折叠和有序分离，一个核心机制是SMC复合体介导的DNA loop extrusion。condensin在这个过程中像一个分子马达，但DNA究竟如何进入并稳定在Ycg1-Brn1形成的“safety belt”里，仍然不是一个简单的结构问题。

【期刊投稿指南】7.3分BIB可接纯生信！AI药敏、耐药与联合用药的6类选题同一模型，换一套药敏数据就可能掉分；同一对药，换一种细胞背景也未必仍然协同。本期打开 Briefings in Bioinformatics（BIB），看看公开数据如何支撑药物反应、耐药与联合用药的计算选题。

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基于SpliceAI的TCGA-LIHC体细胞突变剪接效应预测运行说明：本文档为教学型实操流程文档。第 3–5 节的代码需在具备数据与运行环境的服务器终端或 RStudio 中按序执行，大家可参考给出代码，将数据路径修改为自己的实际路径，其中标注“(终端执行)”的命令不参与 Knit；其余 R 代码块在数据就绪后可执行复现。第 6 节结果表为既往一次运行的真实输出，可作为复现结果的对照。

【期刊投稿指南】可接纯生信！npj Genomic Medicine的选题与专题征稿未确诊病例的下一步，既可能是重读原有数据，也可能是补上 RNA 或蛋白层面的信息。本期并排阅读 npj Genomic Medicine 的6篇公开论文，比较不同路径究竟补上了哪一类诊断缺口。

Cell Discov. | 1型糖尿病如何扰乱雌性生殖内分泌轴？女性1型糖尿病相关生育力下降，过去更多停留在激素水平、月经异常和卵巢功能受损的描述。这篇文章换了一个角度：直接在非人灵长类动物中，把下丘脑-垂体-卵巢-子宫轴拆到单细胞分辨率，看高血糖状态下免疫细胞、内分泌细胞和生殖组织如何一起改变。

npj Digit. Med. | 从牙周炎到脑内炎症：单核转录组与机器学习揭示黄连解毒汤的cGAS–STING调节作用这篇发到了npj，哈哈哈有意思的文章，该学习一下～发表于 npj Digital Medicine 的研究，把目光放在了小胶质细胞与cGAS–STING通路上。

J. Nanobiotechnol. | 三七NotoEV跨界递送植物miRNA，重塑缺血后神经元应激反应缺血性脑卒中治疗里，一个绕不开的问题是：很多分子在细胞实验里有效，但很难真正穿过血脑屏障，更难稳定进入缺血脑区并作用于受损神经元。

【期刊投稿指南】Frontiers in Genetics：肿瘤多组学从计算发现走向验证多组学、单细胞和计算模型，正在把肿瘤遗传学问题拆解到不同层次。本期从公开论文出发，看看 Frontiers in Genetics 如何呈现肿瘤计算发现、队列验证与功能实验之间的不同组合。

Adv. Sci. | 2602例验证：H&E病理AI能否给胃肠癌前病变分层？常规 H&E 切片不仅能帮助病理医师判断“现在是什么”，也可能包含肿瘤微环境与未来进展风险的形态信息。这项研究从结直肠癌全切片图像中发现一组细胞形态学生物标志物，再迁移到胃癌、食管癌和癌前病变中验证。

Nat. Commun. | TDP-43病理并非随机扩散：ALS/ALS-FTD运动皮层中最受影响的是特定兴奋性神经元ALS/ALS-FTD研究里，TDP-43几乎是绕不开的病理核心。真正难的问题并不是“它重不重要”，而是：TDP-43病理到底落在哪些细胞类型上？

Mol. Cancer | 胃癌化疗耐药新轴：YAP1/TEAD4-MCM10把DNA复制、干性和Wnt信号串起来胃癌化疗耐药常被归因于DNA损伤修复增强、肿瘤干性增加和YAP1异常激活。这篇文章的重点，是把这些线索集中到一个复制起始因子上：MCM10。

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《Nature methods》：基于单细胞多组学检测DNA甲基化和组蛋白修饰重构表观基因组维持的动态过程**文章DNA methylome profiling of circulating tumor cells in lung cancer at single base-pair resolution（IF=32.1）发布于2021年《**Nature methods》。

Nature | 跨物种转录组时钟揭示衰老与死亡的模块化网络衰老时钟不应只回答“样本看起来几岁”，还应进一步追问：它是否携带与死亡风险、慢病状态及干预响应有关的分子信息？ Nature 最新研究整合四种哺乳动物、25种以上组织的超过11,000份转录组，构建跨物种可解释的转录组年龄与预期死亡风险时钟，并将衰老拆解为炎症、线粒体代谢、染色质、细胞外基质等不同生物学模块。