生物信息学

这是一只菜狗啊

链特异性文库是什么？为什么它在转录组测序中越来越重要？在现代分子生物学研究中，RNA测序（RNA-seq）是一种广泛应用的技术，用于分析基因在不同条件下的表达情况。而在RNA-seq的众多技术细节中，有一个“隐秘但关键”的环节——链特异性文库构建（Strand-specific library preparation）。这项技术虽然听起来有些专业，但它对结果的准确性有着重要影响。本文将通俗地介绍链特异性文库的原理、作用、常见方法及数据分析注意事项。

让学习成为一种生活方式

生物信息学数据技能-学习系列001本系列是我两年前问自己的一个问题的答案：“当我开始接触生物信息学时，我最想读哪本书？”当我开始从事这个领域的工作时，我已经具备了Python和R的编程经验，但其他方面的知识较少。我曾经寻找过一本优秀的生物信息学入门书籍，虽然我找到了一些不错的书籍，但大多数并未针对我作为生物信息学家的日常工作。找到的几本书从理论和算法的角度探讨了生物信息学，涉及了像Smith-Waterman比对、系统发育重建、基序寻找等话题。虽然这些内容很有趣（我也推荐大家深入探索这些材料），但我在日常工作中并不需要从头实现生物信息学算

【生物信息学】k-mer的基本概念及应用在 Evo 2 论文中，有一张图展示了基于不同物种基因组 K-mer 特征的 UMAP 嵌入结果，因此专门查阅了 K-mer 相关概念以深入了解其含义。

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易基因：何川团队开发新m6A测序方法可温和条件下高分辨率/低背景噪声检测m6A修饰｜Nature子刊大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。RNA和DNA中的化学修饰在多种生物过程中发挥着关键作用，包括转录调控、RNA降解、蛋白质翻译和免疫调节等。这些修饰已被新的测序方法以单碱基分辨率定量地绘制出来，其中核苷酸脱氨基是一种高效策略，用于选择性地绘制DNA中的5-甲基胞嘧啶（5-methylcytosine）和RNA中的N6-甲基腺苷（m6A）。然而，传统的化学脱氨基方法依赖于在苛刻的酸性条件下使用芳基重氮盐，这限制了其在大多数生物底物中的应用。近年来，基于亚硝酸盐离子的RNA测序方

生物信息学技能树（Bioinformatics）与学习路径李升伟整理生物信息学是一门跨学科领域，涉及生物学、计算机科学以及统计学等多个方面。以下是关于生物信息学的学习路径及相关技能的详细介绍。

通过Bioconductor/BiocManager安装生物r包详解(问题汇总)在日常工作，特别是通过linux服务器安装R包，总是遇到各种问题，如网速问题、版本冲突、依赖问题等等，因此写这篇博客希望能帮助大家。

AF3 identity_trans函数解读AlphaFold3 rigid_utils 模块的 identity_trans 函数的功能是生成带有批次维度的全零平移向量张量。

AF3 make_msa_mask函数解读AlphaFold3 data_transforms 模块的 make_msa_mask 函数主要是为 MSA (多序列比对) 生成初始化的 mask 掩码特征： msa_mask和 msa_row_mask。用于后续的特征处理，确保模型在处理 MSA 时能够识别哪些数据是有效的，哪些需要被忽略（比如填充的 0）。

AF3 squeeze_features函数解读AlphaFold3 data_transforms 模块的 squeeze_features 函数的作用去除蛋白质特征张量中不必要的单维度（singleton dimensions）和重复维度，以使其适配 AlphaFold3 预期的输入格式。

使用Galaxy创建生物信息学工作流的步骤详解李升伟整理Galaxy 是一个基于 Web 的生物信息学平台，提供了直观的用户界面和丰富的工具，帮助用户创建和管理生物信息学工作流。以下是使用 Galaxy 创建生物信息学工作流的主要步骤：

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易基因特异性R-loop检测整体研究方案大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。R-loop是由DNA:RNA 杂交体和被置换的单链DNA组成的三链核酸结构，广泛参与基因转录、表观遗传调控及DNA修复等关键生物学过程。异常的R-loop积累会导致基因组不稳定性，与癌症、神经退行性疾病及自身免疫性疾病密切相关。

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易基因： ChIP-seq+DRIP-seq揭示AMPK通过调控H3K4me3沉积和R-loop形成以维持基因组稳定性和生殖细胞完整性｜NAR原文：ChIP-seq+DRIP-seq揭示AMPK通过调控H3K4me3沉积和R-loop形成以维持基因组稳定性和生殖细胞完整性｜NAR

Biopython PDB模块的PDBParser和MMCIFParser介绍Biopython 提供了 Bio.PDB 模块，用于解析、操作和分析 PDB 和 mmCIF 结构文件。核心的解析器包括：

AF3 superimpose函数解读AlphaFold3 superimpose函数通过使用SVD最小化RMSD，将坐标叠加到参考上，在蛋白质结构预测中用于比较预测结构与真实结构的相似性。

AF3 BaseTriangleMultiplicativeUpdate类解读BaseTriangleMultiplicativeUpdate 类是一个抽象基类 (ABC)，用于实现 AlphaFold 相关算法（具体为算法 11 和 12）。它的主要功能是通过三角形乘法更新成对表示张量（pairwise representation tensor）。

最新保姆级Linux下安装与使用conda：从下载配置到使用全流程目录1.前言2.什么是conda3.miniconda和anaconda的对比与选择4.安装前需要确认的东西（非常重要）

R语言实用技巧--用get函数配合dplyr包传参使用场景，今天在做cellchat，需要提取一下几种细胞类型的id。目前的设置是这样。如果正常写代码传参是这样

网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro：6、分子对接（Glide、Ligand docking）和可视化本人是win11，薛定谔版本是12.9。官网：https://www.schrodinger.com/ 本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN，小分子配体的MOL ID为MOL004004。本文部分图源来自知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/416698194，推荐为原作者贡献阅读量捏。

生信：TCGA学习（R、RStudio安装与下载、常用语法与常用快捷键）macOS系统，已安装homebrew且会相关命令。近期在整理草稿区，所以放出该贴。官网地址：https://posit.co/download/rstudio-desktop/

PSI-BLAST位点特异性矩阵PSSM和ProteinMPNN中氨基酸顺序映射先创建一个 permutation_matrix，以便将PSI-BLAST输出结果PSSM文件中 input_alphabet 中的氨基酸顺序映射到 mpnn_alphabet 中。然后使用这个矩阵将来自PSI-BLAST的pssm_log_odds 中的数据重新排列，以匹配 mpnn_alphabet 的顺序。