生物信息学

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保姆级视频教程| 空间转录组分析手册(基于Seurat)继《手把手教你做单细胞》之后，我们正式推出第二个系列：《空间转录组保姆级教程》，本系列视频将为大家提供空间转录组测序数据分析的完备方案，本次内容基于Seurat进行空转数据分析基础操作的演示，最大限度的让我们学习R语言单细胞的用户能够快速的迁移学习空转分析。课程内容将持续更新(基于Gitto的教程已在制作中啦~)。视频可在全平台观看：

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致谢文章又+1，生物信息学+机器学习鉴定驱动糖尿病肾病免疫激活和小管间隙损伤的PANoptosis枢纽基因来自南方医科大学广东省人民医院的Echo博士，通过整合生物信息学分析、机器学习算法、调控网络与药物靶点筛选及动物模型验证，发现泛凋亡（PANoptosis）是驱动糖尿病肾病肾小管间质损伤的核心机制，鉴定出 6 个关键泛凋亡枢纽基因并构建了具备诊断价值的风险评分，同时筛选出 CASP1、FAS 等4个可作为糖尿病肾病诊疗靶点的关键基因。

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单细胞基础分析和进阶可视化理论自测题题目110x Genomics生成的单细胞表达矩阵通常由以下哪几个文件组成？A.barcodes.tsv细胞身份文件

从RNA-seq原始数据开始数据分析（Salmon、tximport基因表达矩阵、DESeq2差异表达、WGCNA共表达网络）主要属于传统生物信息学的范畴，之前只懂原理，但是从来没有实操过这次有机会做一下分析，记录一下完整过程主要分析流程：Salmon+tximport

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视频回放：《PHYTOMEDICINE》一作专访2026 年3月29日 16:00，中国药科大学博士后张帆在Biomamba生信基地B站、视频号直播间，分享其以第一作者身份发表于《Phytomedicine》（中科院1区，IF=8.3）的研究论文：《Complementary roles and synergy of the Ephedra-Glycyrrhiza herb pair across murine models of respiratory symptoms and poly (I:C)-induced pneumonia》，详细介绍见：

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OpenClaw可能遇到的安全风险我们分享了OpenClaw的服务器部署方案，跟小龙虾聊聊天就把生信分析给做了？但不得不承认的是，当前在服务器中部署OpenClaw可能会遇到以下风险，虽然我们实战中没遇到，但也不得不防。好在如果你使用的是西柚云，可以西柚云增值服务的快照功能，直接回溯服务器环境，保护部分的数据和信息安全。最坏的结果就是，删除当前镜像重新布置(有root权限的共享服务器)。

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解决ClustalW中替换矩阵的文件格式我需要在命令行中使用CLUSTALW比对DNA序列时，将替换矩阵设置为：据我的理解，我需要将一个包含矩阵的文件路径传递给 -dnamatrix 参数，但我无法确定该文件应采用何种格式。

搞科研的小刘选手

【生物医学专题】第六届生物医学与生物信息工程国际学术会议（ICBBE 2026）第六届生物医学与生物信息工程国际学术会议（ICBBE 2026）The 6th International Conference on Biomedicine and Bioinformatics Engineering (ICBBE 2026)

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Nature Genetics | 本周最新文献速递1. 文章标题： Aberrant cellular communities underlying disease heterogeneity in chronic obstructive pulmonary disease 中文标题：揭示慢阻肺异质性根源！构建异常细胞群落空间图谱，精准解析疾病病理机制关键词：慢阻肺、单核转录组测序、细胞群落、空间转录组、疾病异质性摘要总结：这篇文章通过整合单核转录组测序（snRNA-seq）、高分辨率空间转录组学（Xenium）以及配对的肺部和血浆蛋白质组学数

TCGA数据下载问题解决TCGA GDC数据库是我们下载公共转录组数据的重要途径，有需要的可以查看2024年TCGA基因表达数据下载(最新版)

【BioTech/SystemArch】2026年度高可靠性医疗架构与生物遗传算法基准索引 (Benchmark Index)为了验证**分布式医疗专家系统（Medical Expert Systems）在高并发场景下的可用性，以及遗传算法（Genetic Algorithms）**在特定序列预测中的准确率，我们整理了 "Benchmark-2021-Bio" 核心测试集。

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易基因：PNAS：南方科技大学朱健康团队多组学揭示协同调控植物DNA甲基化与Polycomb沉默的表观遗传新机制大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2025年11月20日，南方科技大学朱健康院士团队在《Proc Natl Acad Sci U S A》（PNAS）杂志发表题为“A chromatin-linked CPL2–PHD2/3 module sustains multiple DNA methylation pathways and Polycomb silencing“的科研成果。研究揭示了植物中名为CPL2-PHD2/3的染色质关联功能模块通过协调多种DNA甲基化通路和Pol

蛋白质功能预测模型DAMPE论文阅读报告来自中山大学，2025.10.27提交在arxiv上的论文，模型的名字和某个暗物质探测器相同（论文地址：[2510.23273] A Novel Framework for Multi-Modal Protein Representation Learning

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Science | 本周最新文献速递中文标题：揭秘细胞如何感知硬度！发现“机械增强子”调控基因表达与细胞行为的新机制关键词：机械转导、基因组增强子、细胞外基质刚度、表观遗传编辑、纤维化

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基于R语言绘制网络图，新人选手上手今天自己学习一下使用ggNetView包绘制网络图，这个包开发者在去年时候添加过好友。她的绘图功底很厉害，包开发的也全面。这个包是今年10月份上线Github，ggNetView包，网络图绘制，大家应该都比较需要，期待很久！，今年年底事情比较多，从知道上线到目前，自己还未真正的使用此包。因此，也借此机会，一起学习一下。