怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)

创作日志： 万恶的生信...一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件，需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令，使用起来比想象中简单。

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一、下载Juicer tools

注意：使用Juicer tools的前提是你的电脑里装了Java哦！

网址：Juicer tools jar包下载官网

我不知道有什么具体区别，下载的是第一个。下载之后也不需要有什么操作，直接就可以用。

二、dump命令讲解

1. juicer_tools dump 用法1------提取观测值或期望值

• 参数：
  [ observed/oe ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr1 ][:x1:x2] [ chr2 ][:y1:y2] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ]

• 参数解释：
  • [observed/oe]： 选择提取观测值 (observed) 或 观测/期望值 (oe)。
  • [NONE/VC/VC_SQRT/KR]： 选择归一化选项：

  NONE：无归一化

  VC：Vector Correction 归一化

  VC_SQRT：Square Root Vector Correction 归一化

  KR：Knight-Ruiz 归一化
  • [hicFile(s)]： 输入的 .hic 文件路径。
  • [chr1][:x1:x2]： 第一个染色体及其范围（例如 chr1:0:100000）。
  • [chr2][:y1:y2]： 第二个染色体及其范围（例如 chr2:0:100000），也可以是相同的染色体。
  • [BP/FRAG]： 选择单位：基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
  • [binsize]： 分辨率，例如 10000 表示 10kb。
  • [outfile]： 输出文件路径（可选）。

2. juicer_tools dump 用法2------提取归一化或期望值

• 参数：
  [ norm/expected ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr ] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ]
• 参数解释：
  • [norm/expected]：选择提取归一化值 (norm) 或 期望值 (expected)。
  • [NONE/VC/VC_SQRT/KR]：选择归一化选项（同上）。
  • [hicFile(s)]：输入的 .hic 文件路径。
  • [chr]：染色体。
  • [BP/FRAG]：选择单位：基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
  • [binsize]：分辨率。
  • [outfile]：输出文件路径（可选）。

3. juicer_tools dump 用法3------提取染色质环loop或域domain信息

• 参数：
  [ loops/domains ] [ hicFile URL] [ outfile (可选) ]
• 参数解释：
  • [loops/domains]：选择提取环 (loops) 或 域 (domains) 信息。
  • ：输入的 .hic 文件 URL。
  • [outfile]：输出文件路径（可选）。

三、使用实例

1. 打开Windows cmd
2. 输入java -jar 你的juicer_tools jar包安装路径 dump 以上所需参数 即可完成转换

拿我的举个例子：

最后在我的指定路径中生成了extract_matrix.txt文件：

打开内容是这样的：