计算xpclr

1.conda安装xpclr

首先安装流程很轻松

复制代码
conda create -n xpclr  -c bioconda xpclr
conda activate xpclr
xpclr -h

2.按照要求准备文件

XPCLR - 简书 (jianshu.com)

根据教程准备文件,vcf,计算好的map,以及样本文件txt

其实官网也有介绍

3.使用软件计算xpclr

复制代码
for k in {1..3}; do   
xpclr 
--out chr${k} 
--format vcf 
--input gwas.phased${k}.vcf 
--samplesA g4.txt 
--samplesB g8.txt 
--map g2_new${k}.map 
--chr ${k} 
--size 500 
--step 500; done

在这里遇到了第一个报错:

这个报错很好解决,网上有解决教程,Python版的xpclr的艰辛debug之旅 - 简书 (jianshu.com)

根据这篇文章,在这个网站里面GitHub - xuzhougeng/xpclr: Code to compute the XP-CLR statistic to infer natural selection

把这个的地方给改了,再次运行。

它一直在输出。需要等待一会,中途会有log文件报错,应该不影响计算结果

结果可以看到文件

补充一点:

生信分析18:如何鉴定选择清除区域 - 简书 (jianshu.com)

选择信号分析XP-CLR原版Python版使用简介,特别提示窗口是遗传距离,需要根据不同物种修改 (qq.com)

根据这两篇文章。可以看这个,这个参数可以加上去,比计算xpehh的map文件多了两个00

还有一个问题是,但是我觉得两个群体只需要比较就行,没有强制要求位置

4.结果解读

有一些数据缺失,比起用原版来说

有一些可以参考和理解的文章

群体遗传分析必备教程:使用vcftools等工具批量计算Pi、Fst、TajimaD、XP-CLR的方法与脚本 (qq.com)

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