WSL中使用GPU加速AMBER MD--测试

handsome2132024-09-19 3:03

接上一篇文章，下载好WSL中的GPU加速版本的AMBER，但仅仅是串行版，本篇文章对GPU 串行版AMBER进行测试。

1 文件准备

包括拓扑文件，rst7文件和md输入文件

wget http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial14/include/RAMP1.prmtop
wget http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial14/include/RAMP1_equil.rst7
wget http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial14/include/md.in

修改 md.in文件为：改为200ps的MD，将输出设置为每2ps输出一次到mdout文件

Explicit solvent molecular dynamics constant pressure 200 ps MD
 &cntrl
   imin=0, irest=1, ntx=5, 
   ntpr=1000, ntwx=1000, ntwr=100000, nstlim=100000, 
   dt=0.002, ntt=3, tempi=300, 
   temp0=300, gamma_ln=1.0, ig=-1, 
   ntp=1, ntc=2, ntf=2, cut=9, 
   ntb=2, iwrap=1, ioutfm=1, 
/

2 编写脚本md.sh

#! /bin/bash -f
 
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0
 
$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i md.mdin -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_equil.rst7\
 -ref RAMP1_equil.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc -inf md.info

3 运行脚本

sh md.sh &

4 查看所需时间

cat md.info

5 结果

使用GPU串行版，可以看到运行200ps的MD仅需要20min。

而此时使用CPU串行版，发现同样的体系200ps需要8.9h，这差距也太大了吧，可见gpu加速比cpu要快很多。