R语言实用技巧--用get函数配合dplyr包传参

18kkk2024-12-03 12:16

使用场景，今天在做cellchat，需要提取一下几种细胞类型的id。目前的设置是这样。

R 复制代码

sce.all = seurat_obj
Idents(sce.all) = "CAFs"
celltype_sender=c("iCAF","myCAF")

如果正常写代码传参是这样

R 复制代码

sender_ids <- sce.all@meta.data %>% 
    filter(CAFs %in% celltype_sender) %>%
    rownames()

但是如果我想换一种细胞类型，CAFs就也要改，不够简洁。filter函数是不支持以下写法的，什么都筛选不出来

R 复制代码

celltype_sender_idents = "CAFs"
sender_ids <- sce.all@meta.data %>% 
    filter(celltype_sender_idents %in% celltype_sender) %>%
    rownames()

解决方案：

R 复制代码

sce.all = seurat_obj
Idents(sce.all) = "CAFs"
celltype_sender=c("iCAF","myCAF")
celltype_sender_idents = "CAFs"

sender_ids <- sce.all@meta.data %>% 
    filter(get(celltype_sender_idents) %in% celltype_sender) %>%
    rownames()

这样就可以在一开始把变量设置好，在后面优雅的传参了