GPTcelltype——scRNA-seq注释


plain 复制代码
#安装包
install.packages("openai")
remotes::install_github("Winnie09/GPTCelltype")
#填写API
Sys.setenv(OPENAI_API_KEY = 'your_openai_API_key')
#加载包
#Load packages
library(GPTCelltype)
library(openai)
#准备文件
#Assume you have already run the Seurat pipeline https://satijalab.org/seurat/
#"obj" is the Seurat object; "markers" is the output from FindAllMarkers(obj)
#Cell type annotation by GPT-4
##注释
res <- gptcelltype(markers, model = 'gpt-4')
##添加到metadata
# Assign cell type annotation back to Seurat object
obj@meta.data$celltype <- as.factor(res[as.character(Idents(obj))])
##可视化
# Visualize cell type annotation on UMAP
DimPlot(obj,group.by='celltype')
markdown 复制代码
下面是代码逐行详细解释及中文翻译:

```r
#安装包
install.packages("openai")

这行代码安装openai包,这是一个与OpenAI API交互的R包。

  • 中文翻译:安装openai包,这是一个与OpenAI API交互的R包。
r 复制代码
remotes::install_github("Winnie09/GPTCelltype")

这行代码使用remotes包从GitHub安装名为GPTCelltype的包,GPTCelltype包提供了一些功能来注释细胞类型。

  • 中文翻译:使用remotes包从GitHub安装GPTCelltype包,该包提供细胞类型注释功能。
r 复制代码
#填写API
Sys.setenv(OPENAI_API_KEY = 'your_openai_API_key')

这行代码设置环境变量OPENAI_API_KEY,用于存储你的OpenAI API密钥。务必替换'your_openai_API_key'为你的实际API密钥。

  • 中文翻译:设置环境变量OPENAI_API_KEY,用于存储你的OpenAI API密钥。确保替换为你的实际API密钥。
r 复制代码
#加载包
#Load packages
library(GPTCelltype)
library(openai)

这两行代码加载之前安装的两个R包:GPTCelltypeopenai,以便可以使用它们的功能。

  • 中文翻译:加载之前安装的两个R包:GPTCelltypeopenai,以便能够使用它们的功能。
r 复制代码
#准备文件
#Assume you have already run the Seurat pipeline https://satijalab.org/seurat/

这段注释说明在运行后续代码之前,用户需要先使用Seurat分析工具对数据进行预处理。

  • 中文翻译:假设你已经运行了Seurat管道以处理数据。
r 复制代码
# "obj" 是 Seurat 对象; "markers" 是来自 FindAllMarkers(obj) 的输出

这条注释进一步说明了obj是Seurat对象,而markers是通过FindAllMarkers(obj)函数获得的标记基因数据。

  • 中文翻译:"obj" 是 Seurat 对象;"markers" 是来自FindAllMarkers(obj)的输出。
r 复制代码
#Cell type annotation by GPT-4
##注释
res <- gptcelltype(markers, model = 'gpt-4')

这里调用gptcelltype函数使用GPT-4模型对细胞标记进行注释,将结果存储在res变量中。

  • 中文翻译:使用GPT-4模型进行细胞类型注释,将结果存储在res变量中。
r 复制代码
##添加到metadata
# Assign cell type annotation back to Seurat object
obj@meta.data$celltype <- as.factor(res[as.character(Idents(obj))])

这行代码将注释结果res所对应的细胞类型赋值给Seurat对象objmeta.data属性中的celltype列。

  • 中文翻译:将细胞类型注释结果赋值回Seurat对象的meta.data中。
r 复制代码
##可视化
# Visualize cell type annotation on UMAP
DimPlot(obj, group.by='celltype')

最后这行代码使用DimPlot函数在UMAP图上可视化细胞类型注释,以celltype作为分组依据。

  • 中文翻译:在UMAP图上可视化细胞类型注释,以celltype作为分组依据。
    ``

原文中考虑到network相关问题,推荐了另外一个平替

参考:
https://mp.weixin.qq.com/s/xPQQ5v8nIWU1DwfdAxjdfw

相关推荐
_落纸10 小时前
三大基础无源电子元件——电阻(R)、电感(L)、电容(C)
笔记
Alice-YUE10 小时前
【CSS学习笔记3】css特性
前端·css·笔记·html
2303_Alpha10 小时前
SpringBoot
笔记·学习
萘柰奈10 小时前
Unity学习----【进阶】TextMeshPro学习(三)--进阶知识点(TMP基础设置,材质球相关,两个辅助工具类)
学习·unity
沐矢羽11 小时前
Tomcat PUT方法任意写文件漏洞学习
学习·tomcat
好奇龙猫11 小时前
日语学习-日语知识点小记-进阶-JLPT-N1阶段蓝宝书,共120语法(10):91-100语法+考え方13
学习
向阳花开_miemie11 小时前
Android音频学习(十八)——混音流程
学习·音视频
工大一只猿11 小时前
51单片机学习
嵌入式硬件·学习·51单片机
c0d1ng12 小时前
量子计算学习(第十四周周报)
学习·量子计算
Hello_Embed19 小时前
STM32HAL 快速入门(二十):UART 中断改进 —— 环形缓冲区解决数据丢失
笔记·stm32·单片机·学习·嵌入式软件