从微观世界的分子与材料结构、到宏观世界的几何与空间智能，创建和理解 3D 结构是推进科学研究的重要基石。3D 结构不仅承载着丰富的物理与化学信息，也可为科学家提供解构复杂系统、进行模拟预测和跨学科创新的重要工具。如何准确且高效地构建 3D 模型、理解和生成 3D 世界正在成为 AGI、AI for Science、具身智能三大 AI 热门领域共同关注的焦点。而随着 AI 技术的发展，大型语言模型（LLM）与大型多模态模型（LMM）那强大的自回归下一 token 预测能力也已经在开始被用于创建和理解 3D 结构。基于此，我们看到了 AI for Science 的新可能。
近日，一个开创性的此类大模型诞生了！
它名为 Uni-3DAR，来自深势科技、北京科学智能研究院及北京大学，是一个通过自回归下一 token 预测任务将 3D 结构的生成与理解统一起来的框架。据了解，Uni-3DAR 是世界首个此类科学大模型。并且其作者阵容非常强大，包括了深势科技 AI 算法负责人柯国霖、中国科学院院士鄂维南、深势科技创始人兼首席科学家和北京科学智能研究院院长张林峰等。
柯国霖在 𝕏 上分享表示：Uni-3DAR 的核心是一种通用的粗到细 token 化方法（coarse-to-fine tokenization），它能将 3D 结构转化为一维的 token 序列。
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论文标题：Uni-3DAR: Unified 3D Generation and Understanding via Autoregression on Compressed Spatial Tokens
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项目主页：uni-3dar.github.io
基于这套通用的 token 化方法，Uni-3DAR 使用自回归的方式，统一了 3D 结构的生成和理解任务。大量实验表明，Uni-3DAR 在分子生成、晶体结构生成与预测、蛋白结合位点预测、分子对接和分子预训练等多个任务中均取得了领先性能。尤其在生成任务中，相较于现有的扩散模型，其性能实现了高达 256% 的相对提升，推理速度提升达 21.8 倍，充分验证了该框架的有效性与高效性。此外，此模型不仅可以用在微观的 3D 分子，也可以用到宏观的 3D 任务上，具备跨尺度的能力。
具体来说，Uni-3DAR 解决了 3D 结构建模里的两个痛点：
**第一，数据表示不统一。**当前的 3D 结构存在多种表示方式，尤其在不同尺度下差异显著。宏观结构常用点云、网格（Mesh）等表示方式，而微观结构则多采用原子坐标或图结构。这些表示方式的差异导致建模思路截然不同。即使在同一尺度，由于数据特性的差异，不同类型的结构（如晶体、蛋白质、分子）也往往采用各自专用的表示与模型，难以兼容。这种表示上的割裂严重限制了模型的通用性，也阻碍了构建可借助大规模数据训练的通用基础模型的可能性。
第二，建模任务不统一。 3D 结构相关任务可分为生成和理解两大类，但它们各自独立发展。生成任务多依赖扩散模型，从随机噪声逐步合成稳定结构，而理解任务则主要基于无监督预训练方法。相比之下，大型语言模型（LLM）已通过自回归方式成功实现了生成与理解任务的统一，但这种统一范式在 3D 结构建模领域仍然鲜有尝试。若能借助自回归方法统一 3D 任务建模，不仅有望打通理解与生成的界限，更可能将 3D 结构纳入多模态大语言模型的处理范式，继图像和视频之后成为 LLM 可理解的新模态，为构建面向物理世界的通用多模态科学模型奠定基础。
Uni-3DAR 整体架构
下面我们具体解读下这篇论文的两个核心技术。
Compressed Spatial Tokens
统一微观与宏观 3D 结构
3D 结构在微观（如原子、分子、蛋白质）和宏观（如物体整体、力学结构）层面均表现出显著稀疏性：大部分空间为空白，只有局部区域含有重要信息。传统的全体素网格表示计算资源消耗巨大，无法利用这种稀疏性。
为此，Uni-3DAR 提出了一种层次化、由粗到细的 token 化方法，实现了数据的高效压缩和统一表示，既适用于微观也适用于宏观 3D 结构建模，为后续的自回归生成与理解任务提供了坚实基础。
1. 层次化八叉树压缩
该方法首先利用八叉树对整个 3D 空间进行无损压缩。具体做法是从包含整个结构的一个大格子开始，针对非空格子（即包含原子或其他结构信息的区域），递归地将其均分为 8 个等大小的子单元。经过多层细分后，形成一个由粗到细的层次结构，其每一层的 token 不仅记录了区域是否为空，还保留了该区域的空间位置信息（由所在层次及格子中心坐标确定），为后续的自回归生成提供了明确的空间先验。
2. 精细结构 token 化
虽然八叉树可以有效压缩空白区域，但它仅提供了粗粒度的空间划分，无法捕捉到诸如原子类型、精确坐标（在微观结构中）或物体表面细节（在宏观结构中）等重要信息。
为此，该团队在最后层非空区域内进一步引入了「3D patch」的概念 ------ 类似于图像领域中的 2D patch 的处理。通过将局部结构细节进行离散化（例如采用向量量化技术），将连续的空间信息转化为离散的 token。
这样一来，无论是描述微观尺度下单个原子的信息，还是刻画宏观尺度下物体表面的细节，都能以同一形式进行表示。
3. 二级子树压缩
由于即使在八叉树结构下，token 数量仍可能较多，该方法进一步提出了二级子树压缩策略。具体来说，将一个父节点及其 8 个子节点的信息合并为一个单一的 token（利用父节点固定状态以及子节点的二值特征，共可组合成 256 种状态），从而将 token 总数约降低 8 倍。这不仅大幅提高了计算效率，也为大规模 3D 结构的高效建模提供了可能。
综上，该方法充分利用了 3D 结构固有的稀疏性，通过八叉树分解、精细 token 化与二级子树压缩，不仅大幅降低了数据表示的复杂度，而且实现了从微观到宏观 3D 结构的统一表示，为后续自回归生成与理解任务提供了高效、通用的数据基础。
Masked Next-Token Preiction
统一生成和理解的自回归框架
在传统自回归模型中，token 的位置是固定的 ------ 例如在文本生成中，第 i 个 token 后总是紧接着第 i+1 个 token，因此下一个 token 的位置可以直接推断，无需显式建模。
然而，在该论文提出的粗到细 3D token 化方法中，token 是动态展开的，其位置在不同样本间存在较大变化；如果不显式提供位置信息，自回归预测的难度将大大增加。为此，该论文提出了 Masked Next-Token Prediction 策略。
具体而言，该方法对每个 token 复制一份，确保两个副本具有相同的位置信息，然后将其中一个副本替换为 [MASK] token。在自回归预测过程中，由于被掩码 token 与目标 token 的位置信息完全一致，模型能够直接利用这一明确的位置信息来预测下一个 token 的内容，从而更精确地捕捉下一个 token 的位置特征，提高预测效果。尽管复制 token 使序列长度翻倍，但实验结果表明，该策略显著提升了性能，而推理速度仅下降 15% 至 30%。
基于 Masked Next-Token Prediction，该论文构建了一个统一的自回归框架，使得 3D 结构的生成与理解任务能够在单一模型内同时进行。
具体来说，生成任务（包括单帧与多帧生成）在被掩码的 token 上执行，利用自回归机制逐步构建结构；token 级理解任务（如原子级属性预测）则依托精细结构 token 进行；而结构级理解任务则引入了一个特殊的 [EoS]（End of Structure） token，用于捕捉整体结构的全局信息。
此设计使不同任务对应的 token 在模型内部彼此独立、互不干扰，从而支持联合训练。同时，自回归特性也便于将其他模态数据（例如自然语言文本、蛋白质序列、仪器信号等）统一到单个模型，进一步提升模型的泛化能力和实用性。
实验结果
该论文在微观 3D 结构领域设计了一系列任务，包括分子生成、晶体结构生成与预测、蛋白结合位点预测、蛋白小分子对接以及基于预训练的分子性质预测。
实验结果显示，在生成任务中，Uni-3DAR 的性能大幅超过了扩散模型方法；而在无监督预训练的理解任务上，其表现与基于双向注意力的模型基本持平。这些成果充分证明，Uni-3DAR 不仅能统一不同类型的 3D 结构数据及任务，而且在效果和速度上均实现了显著提升。
3D 小分子生成任务性能
晶体结构预测，以及基于多模态信息（粉末 X 射线衍射谱）的晶体结构解析性能
蛋白结合位点预测效果
蛋白小分子对接效果
基于预训练的小分子属性预测效果，其中 Uni-Mol 和 SpaceFormer 也为深势科技提出的专用模型，Uni-3DAR 超过了 Uni-Mol，与 SpaceFormer 基本持平
基于预训练的高分子聚合物性质预测，其中 Uni-Mol 和 MMPolymer 也为深势科技提出的专用模型，Uni-3DAR 超过了 Uni-Mol，与 MMPolymer 基本持平
未来展望
目前，Uni-3DAR 的实验主要集中在微观结构领域，因此亟需在宏观 3D 结构任务中进一步验证其通用性和扩展性。
此外，为保证与以往工作的公平对比，当前 Uni-3DAR 在每个任务上均采用独立训练。未来的一个重要方向是融合多种数据类型与任务，构建并联合训练一个更大规模的 Uni-3DAR 基座模型，以进一步提升性能与泛化能力。
同时，Uni-3DAR 还具备天然的多模态扩展潜力。后续可以引入更多模态的信息，例如蛋白质序列、氨基酸组成，甚至结合大语言模型与科学文献知识，共同训练一个具备物理世界理解能力的多模态科学语言模型，从而为构建通用科学智能体打下基础。