R 语言科研绘图第 43 期 --- 桑基图-冲击

Tiger Z2025-04-29 23:31

在发表科研论文的过程中，科研绘图是必不可少的，一张好看的图形会是文章很大的加分项。

为了便于使用，本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了 sciRplot 项目中，获取方式:

R 语言科研绘图模板 --- sciRplothttps://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HFXEx_kPj5sa4ZbON6PuBVE6hY4uONpt5fuR5mkt4E3SY1xabQ2teA__zTNdexdQ6rjzi8A

本期绘图预览：

1. 导入包

我们首先导入本期绘图用到的 R 包：

复制代码

library(ggplot2)library(ggalluvial)library(reshape)

2. 准备数据

接下来我们导入绘图用到的数据，在 sciRplot 中给大家提供了测试数据：

复制代码

data <- sciRplot_data

3. 准备配色

颜色的选择往往是一件让人特别纠结的事情，这里我们直接使用 sciRcolor 来设置配色：

复制代码

colors <- sciRcolor::pal_scircolor(37)[1:5]

sciRcolor 是为了 R 语言科研绘图开发的配色工具，包含了 100 种常用配色，详细信息见：

4. 绘制图形

接下来我们通过下面的代码来绘制图形：

复制代码

p <-   ggplot(data, aes(x = X, y=100 * value, fill = Type, stratum = Type, alluvium = Type))+  geom_stratum(width = 0.5, color='white')+  geom_alluvium(alpha = 0.5, width = 0.5, curve_type = "linear") +  theme_void(base_size = 25) +  theme(legend.position = "top") +  scale_fill_manual(values = colors)p

5. 保存图形

最后我们保存绘制的图形：

复制代码

ggsave("save/sankey-alluvium.png", p, width = 8, height = 6, dpi = 300)

sciRplot 介绍

为了解决 R 语言中科研绘图的问题，我推出了 sciRplot 项目。sciRplot 项目包含了以下内容：

① 100 种绘图代码，按照图形类型进行分类，包含 60 种基础绘图 和 40 种进阶绘图

② 配备一站式 html文档 ，包含测试数据 ，代码一键复制 ，交互式阅读提高用户体验