Sentieon | 小麦全基因组（WGS）分析流程

引言

今天给大家介绍的是基于 Sentieon 软件开发的用于小麦全基因组测序数据的自动化流程脚本。该流程实现了从原始测序数据（FASTQ）到变异检测结果（GVCF）以及joint calling的完整分析流程，支持多个测序平台和输出格式。

脚本支持原始测序数据（raw_fastq）、过滤后的测序数据（clean_fastq），进行质控、比对、排序、标记重复、生成质量评估指标，最终通过Haplotyper 算法进行变异检测，输出 gVCF 文件。

测试小麦样本平均测序深度7.55x，从FastQ到VCF全流程分析最快用时1.4个小时，大幅缩短小麦全基因组WGS分析时间，有效加快小麦的分子育种进程。

感谢Ampere Computing LLC 和比亚迪服务器部门对本次测试的大力支持！！！

1. 环境设置与参数解析

1.1 Sentieon环境配置

1.1.1 下载地址

软件地址链接

模型下载链接（请转到VX查看链接）

1.1.2 环境设置变量

要开始使用Sentieon®软件，您需要以下条件：

硬件要求

具有以下配置的Linux服务器:

运行以下或更高版本的Linux发行版之一：RedHat/CentOS 6.5、Debian 7.7、 OpenSUSE-13.2或Ubuntu-14.04。
对于小型面板或全外显子组测序，需16GB内存；对于全基因组测序，需64GB内存。
(推荐)最好使用高速SSD驱动器，以获得理想的I/O性能，实现最大CPU利用率。

软件要求

需要Python 2.6.x、Python 2.7.x或python3.x。您可以通过以下命令检查Python版本：

css 复制代码

python --version

软件安装包：

下载软件安装包（以v202308.03版本为例，更新版本需要联系sentieon@insvast.com）：
使用以下命令解压软件包，其中VERSION为您使用的版本，例如202308.03:

tar xvzf sentieon-genomics-VERSION.tar.gz

许可证要求

Sentieon®软件是一个商用许可的软件。用户需要正确设置许可证才能运行软件。我们提供两种类型的许可证：

单机评估许可证：此许可证用于在单台机器上评估Sentieon®软件。它允许新用户快速开始使用软件，而无需IT部门的帮助。要使用此许可证，计划运行Sentieon®软件的计算机需要外部Internet访问。
集群许可证：此许可证用于集群环境。使用此许可证，一个轻量级的浮动许可证服务器进程在集群中的一个节点上运行，通过TCP向所有其他与许可证服务器有网络连接的节点提供许可证。此许可证服务器在集群外围的一个特殊非计算节点上运行，该节点可以通过HTTPS不受限制地访问外部世界，并通过监听集群内需要开放的特定TCP端口向集群中的其余节点提供许可证。

(1)设置单机评估许可证

要使用单机评估许可证，计算节点需要能够访问Internet。这允许Sentieon®软件验证许可证。

要使用单机评估许可证，请按照以下步骤操作：

将许可证文件复制到计算节点。例如，许可证文件LICENSE_FILE.lic现在位于LICENSE_DIR。
按如下方式设置环境变量：

ini 复制代码

export SENTIEON_LICENSE=LICENSE_DIR/LICENSE_FILE.lic

(2)设置许可证服务器

如下面Sentieon软件授权许可拓扑图，许可证服务器需要满足以下条件:

许可证服务器应该能够访问Internet以执行许可证验证。
计算节点应该能够通过主机名LICSRVR_HOST访问许可证服务器。
运行许可证服务器的机器有一个开放的端口供许可证服务监听，并且计算节点可以访问该端口。这里我们假设可用端口是LICSRVR_PORT。

您可能需要IT同事支持来获取LICSRVR_HOST:LICSRVR_PORT，并确认满足上述要求。

注意：如果许可证服务器位于防火墙后面，通过NAT与计算节点分离，则节点可见的许可证服务器主机名/IP可能与其实际主机名/IP不同。如果是这种情况，您需要将许可证服务器绑定到实际IP地址，而计算节点从NAT后的IP地址请求许可证。请联系sentieon@insvast.com以获取更多详细信息。

按照以下步骤获取许可证文件，设置和测试许可证服务器：

1)将以下信息发送给sentieon@insvast.com以接收许可证文件：

指定运行许可证服务的机器的FQDN(Hostname)LICSRVR_HOST。
指定的端口LICSRVR_PORT。

2)将收到的许可证文件复制到许可证服务器LICSRVR_HOST。我们假设许可证文件位于LICENSE_PATH/LICENSE_FILE。在许可证服务器上运行以下命令以启动许可证服务器进程：

bash 复制代码

<SENTIEON_INSTALL_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log LOG_FILE LICENSE_PATH/LICENSE_FILE

3)或者，您可以按照以下的说明，将许可证服务器配置并启动为系统守护进程。

使用sysvint将许可证服务器作为系统服务运行

如果您的系统遵循传统的System V init启动脚本，您可以通过运行以下命令作为root用户来设置许可证服务器，使其在系统启动时自动启动：

创建并自定义配置文件：配置文件通常为/etc/sysconfig/licsrvr；但在Ubuntu中，配置文件将是/etc/default/licsrvr。以下是配置文件的示例，推荐使用以下设置:

arduino 复制代码

/home/sentieon/release/latest 是最新Sentieon®软件包安装目录的符号链接
/home/sentieon/licsrvr 是运行licsrvr服务的文件夹
/home/sentieon/licsrvr/licsrvr.lic 是Sentieon®许可证文件
licsrvr="/home/sentieon/release/latest/bin/sentieon 
licsrvr"licfile="/home/sentieon/licsrvr/licsrvr.lic"
logfile="/home/sentieon/licsrvr/licsrvr.log"

将许可证服务器启动脚本安装到/etc/init.d目录。启动脚本包含在发布包中。

bash 复制代码

install -m 0755 $SENTIEON_INSTALL_DIR/doc/licsrvr.sh /etc/init.d/licsrvr

安装并启用服务。根据您的系统，您将运行不同的命令：
如果您的系统安装了Linux Standard Base Core Specifications，执行系统init脚本安装脚本：

bash 复制代码

/usr/lib/lsb/install_initd /etc/init.d/licsrvr

如果您的系统没有安装lsb.conformance包，使用chkconfig命令启用服务：

csharp 复制代码

chkconfig --add licsrvrchkconfig licsrvr on

对于Ubuntu和Debian系统，如果您没有lsb/install_initd二进制文件且选择不安装lsb-core包，请使用update-rc.d命令安装并启用服务：

bash 复制代码

update-rc.d licsrvr defaultsupdate-rc.d licsrvr enable

您可以使用service命令来启动/停止/重启/检查服务的状态：

arduino 复制代码

service licsrvr {start|stop|restart|status}

使用systemd将许可证服务器作为系统服务运行

您可以使用操作系统的systemd系统和服务功能来设置许可证服务器，使其在系统中自动启动。要做到这一点，请以root用户身份运行以下命令：

如果您使用doc文件夹中的licsrvr.service许可证服务器启动脚本，您需要创建脚本所需的必要文件，包括使用sentieon用户名：

/home/sentieon/release/latest 是最新Sentieon®软件包安装目录的符号链接
/home/sentieon/licsrvr 是运行licsrvr服务的文件夹
/home/sentieon/licsrvr/licsrvr.lic 是Sentieon®许可证文件

或者，您可以编辑许可证服务器启动脚本以指向您的特定用户名和/或位置信息。

将许可证服务器启动脚本安装到/etc/systemd/system目录：

bash 复制代码

install -m 0644 $SENTIEON_INSTALL_DIR/doc/licsrvr.service /etc/systemd/system

运行以下命令以启用许可证服务器在计算机启动时自动启动：

bash 复制代码

systemctl enable licsrvr.service

您可以使用systemctl命令手动启动和停止服务：

arduino 复制代码

systemctl start licsrvr.servicesystemctl stop licsrvr.service

进入Sentieon®安装目录。在许可证服务器上运行以下命令，确认许可证服务器已启动并正在运行。

javascript 复制代码

<SENTIEON_INSTALL_DIR>/bin/sentieon licclnt ping -s LICSRVR_HOST:LICSRVR_PORT

如果命令返回时没有错误消息，则许可证服务器已启动并正在运行。

登录到其中一个计算节点，进入Sentieon®安装目录，再次运行上述命令：

javascript 复制代码

<SENTIEON_INSTALL_DIR>/bin/sentieon licclnt ping -s LICSRVR_HOST:LICSRVR_PORT

如果命令返回时没有错误消息，则计算节点现在也可以访问许可证服务器。

设置以下环境变量，您就可以开始使用了。

ini 复制代码

export SENTIEON_LICENSE=LICSRVR_HOST:LICSRVR_PORT

系统环境要求

如果Python 2.6.x、Python 2.7.x或python3.x不是默认Python版本，您可以设置以下环境变量：

ini 复制代码

export SENTIEON_PYTHON=Python_location

如果使用本地主机许可证文件，请设置以下环境变量，其中LICENSE_DIR为许可证文件所在目录，LICENSE_FILE.lic为许可证文件名：

ini 复制代码

export SENTIEON_LICENSE=LICENSE_DIR/LICENSE_FILE.lic

如果用户使用许可证服务器，请设置以下环境变量，其中LICSRVR_HOST和LICSRVR_PORT分别为许可证服务器的主机名和端口。详情请参阅下一节。

ini 复制代码

export SENTIEON_LICENSE=LICSRVR_HOST:LICSRVR_PORT

为方便起见，请按如下方式设置二进制路径，其中PATH_TO_SENTIEON_BINARY_DIRECTORY为Sentieon®二进制文件的安装目录：

ini 复制代码

export SENTIEON_INSTALL_DIR=PATH_TO_SENTIEON_BINARY_DIRECTORY

使用NFS存储时，为提高性能，请将SENTIEON_TMPDIR环境变量设置为指向本地快速临时存储：

bash 复制代码

export SENTIEON_TMPDIR=/tmp

1.2 变量定义与参数解析

bash 复制代码

#!/bin/bash
echo $0 $SAMPLEID $WORKDIR $FASTQ_1 $FASTQ_2 $FASTA $SUFFIX $DATATYPE $KEEP_CLEAN $KEEP_BAM $PLOIDY
set -euxo pipefail

echo：打印脚本名及输入参数占位符，方便调试时确认参数顺序。

set -euxo pipefail：设置脚本执行规则，增强健壮性。

ini 复制代码

export SAMPLEID=$1
export WORKDIR=$2
export FASTQ_1=$3
export FASTQ_2=$4
export FASTA=$5
BSUFFIX=$6
TYPE=${7:-"raw"}
KEEP_CLEAN=${8:-keep}
KEEP_BAM=${9:-keep}
PLOIDY=${10:-2}
LOGFILE=$SAMPLEID.run.log
export root=/Path/sentieon/202503/sentieon-genomics-202503/bin/

从命令行读取参数，包括样本 ID、工作目录、输入文件路径等。

部分参数设置默认值。

LOGFILE：定义日志文件名（样本 ID+.run.log）。

root：sentieon工具（基因组分析软件）的安装路径。

更详细的参数表格，如下表所示：

1.3 输入文件有效性检查

bash 复制代码

if [ "$BSUFFIX" = "bam" ] || [ "$BSUFFIX" = "cram" ] || [ "$BSUFFIX" = " " ]; then
    echo "$BSUFFIX check"
else
    die "Error: check 6th blank, BSUFFIX must be 'bam' or 'cram' or space"
fi

检查BSUFFIX，只能是bam（二进制比对格式）、cram（压缩比对格式）或空格，否则报错退出。

1.4 测序平台判断

ini 复制代码

if [ -e $LOGFILE ];then
    export PLATFORM=$(awk '/Platform/{print $NF;exit}'$LOGFILE)
else
    export count=$(zcat $FASTQ_1|head -n 1|awk '{print NF}')
    if [ $count -eq 1 ];then
        export PLATFORM="DNBSEQ"
    elif [ $count == 2 ];then
        export PLATFORM="ILLUMINA"
    elif [ $count == 3 ];then
        export PLATFORM="ILLUMINA"
    else
        echo"Unrecognized platform"
        export PLATFORM="ILLUMINA"
    fi
fi

若日志文件已存在，从日志中提取测序平台（Platform字段）。

若日志不存在，通过 FASTQ 文件首行的字段数判断平台。

1.5 输出文件格式确定

swift 复制代码

FAI=$FASTA.fai
if [ "$BSUFFIX" = "bam" ] || [ "$BSUFFIX" = "cram" ];then
export SUFFIX=$(awk -v preset=$BSUFFIX 'BEGIN{max=0}{if($2>max)max=$2}END{if(max>536870911){print "cram"}else{print preset}}' $FAI)
else
export SUFFIX=$(awk 'BEGIN{max=0}{if($2>max)max=$2}END{if(max>536870911){print "cram"}else{print "bam"}}' $FAI)
fi

根据参考基因组索引文件（$FASTA.fai）中最长序列的长度决定输出比对文件格式：

若最长序列长度 > 536870911（约 512MB），强制使用cram（更适合大基因组压缩）。
否则根据BSUFFIX或默认bam。

补充说明：对于单个染色体长度>536870911（约512MB）的物种（比如小麦），Sentieon软件可以切换至cram，不用因BAM 文件索引 (.bai) 的格式限制切割染色体。

1.6 环境与目录配置

bash 复制代码

export TMPDIR=$WORKDIR
export THREADS=$(nproc)
[ -e $WORKDIR ]||mkdir -p $WORKDIR
cd $WORKDIR
exec >>$LOGFILE 2>&1
echo "SampleID:" $SAMPLEID
echo "DataType:" $TYPE
......

配置临时目录、线程数，确保工作目录存在，并将所有输出写入日志文件。

1.7 设置计时函数(可选)

bash 复制代码

timer(){
    start_time=$(date +%s)
    eval $2 && touch $3
    end_time=$(date +%s)
    cost_time=$[ $end_time-$start_time ]
    echo -e "TIMER: $1\t$(($cost_time/60)) min $(($cost_time%60)) s"
}

用于记录每个分析步骤的开始/结束时间、耗时，并通过创建标记文件（如qc.ok）标记步骤完成，避免重复执行。

2. 数据质控（Raw2clean）

bash 复制代码

raw2clean(){
    cmd="fastp -w 16 -i $FASTQ_1 -I $FASTQ_2 -o $clean1 -O $clean2 -j $SAMPLEID.qc.json -h $SAMPLEID.qc.html&&rm $FASTQ_1 $FASTQ_2"
    timer raw2clean "$cmd" qc.ok
}

使用fastp工具对原始 FASTQ 数据进行质控（过滤低质量reads、接头等），输出过滤后的 FASTQ 文件及质控报告文件（JSON/HTML）。

成功后创建qc.ok标记文件。

3. 序列比对与排序（Alignment）

双端测序比对脚本：

bash 复制代码

alignment(){
    tag="@RG\tID:rg_$SAMPLEID\tSM:$SAMPLEID\tPL:$PLATFORM"
    cmd="sentieon bwa mem -R "$tag" -t $THREADS -K 10000000 -x $ML_MODEL/bwa.model $FASTA $clean1 $clean2|sentieon util sort --temp_dir $TMPDIR -r $FASTA -o $SAMPLEID.sorted.$SUFFIX -t $THREADS --sam2bam -i -"
    echo $cmd
    timer alignment "$cmd" align.ok
}

单端测序比对脚本：

bash 复制代码

alignment(){
    tag="@RG\tID:rg_$SAMPLEID\tSM:$SAMPLEID\tPL:$PLATFORM"
    cmd="$root/sentieon bwa mem -R "$tag" -t $THREADS -K 10000000 $FASTA -x $ML_MODEL/bwa.model $clean1 |$root/sentieon util sort --temp_dir $TMPDIR -r $FASTA -o $SAMPLEID.sorted.$SUFFIX -t $THREADS --sam2bam -i -"
    echo $cmd
    timer alignment "$cmd" align.ok
}

使用sentieon bwa turbo进行序列比对（基于BWA算法），添加Read Group信息（用于后续变异分析），并通过sentieon util sort对结果排序，输出sorted.bam或sorted.cram。

基于测序平台选择不同的机器学习模型（$ML_MODEL）优化比对。

成功后创建align.ok标记文件。

4. 生成质量评估指标（Metrics）

bash 复制代码

metrics(){
    cmd="sentieon driver --temp_dir $TMPDIR -r $FASTA -t $THREADS -i $SAMPLEID.sorted.$SUFFIX --algo WgsMetricsAlgo $SAMPLEID.WGS_METRICS.txt --algo MeanQualityByCycle $SAMPLEID.mq_metrics.txt --algo QualDistribution $SAMPLEID.qd_metrics.txt --algo GCBias --summary $SAMPLEID.gc_summary.txt $SAMPLEID.gc_metrics.txt --algo AlignmentStat $SAMPLEID.aln_metrics.txt --algo BaseDistributionByCycle $SAMPLEID.bd_metrics.txt --algo QualityYield $SAMPLEID.qy_metrics.txt --algo InsertSizeMetricAlgo $SAMPLEID.is_metrics.txt"
    timer metrics "$cmd" metrics.ok
}

使用sentieon driver计算多种测序质量指标，包括：

全基因组测序指标（WgsMetricsAlgo）。
碱基质量分布、GC 偏差、插入片段长度等。

结果输出到多个质量指标的.txt文件，成功后创建metrics.ok。

5. 标记重复序列（Dedup）

bash 复制代码

dedup(){
    cmd="sentieon driver -r $FASTA --temp_dir $TMPDIR -t $THREADS -i $SAMPLEID.sorted.$SUFFIX --algo LocusCollector --fun score_info $SAMPLEID.score.txt&&sentieon driver -r $FASTA -t $THREADS -i $SAMPLEID.sorted.$SUFFIX --algo Dedup --score_info $SAMPLEID.score.txt --metrics $SAMPLEID.dedup_metrics.txt $SAMPLEID.deduped.$SUFFIX&&rm $SAMPLEID.sorted.$SUFFIX* $SAMPLEID.score.txt*"
    timer markdup "$cmd" markdup.ok
}

标记重复序列分两步：

LocusCollector：收集位点质量分数信息。
Dedup：基于分数标记并去除 PCR 重复序列。

完成后删除中间文件（排序后的比对文件），创建markdup.ok。

6. 碱基质量重校正(BQSR可选)

bash 复制代码

bqsr(){
    sentieon driver -t $THREADS -r $FASTA -i $SAMPLEID.deduped.$SUFFIX --algo QualCal -k $KNOWN_SITES $SAMPLEID.RECAL_DATA.TABLE
    sentieon driver -t $THREADS -r $FASTA -i $SAMPLEID.deduped.$SUFFIX -q $SAMPLEID.RECAL_DATA.TABLE --algo QualCal -k $KNOWN_SITES $SAMPLEID.RECAL_DATA.TABLE.POST --algo ReadWriter $SAMPLEID.deduped.RECALIBRATED.$SUFFIX
    timer markdup "$cmd" markdup.ok
}

此过程分为两个主要部分：首先创建一个校正模型（生成 .TABLE 文件），然后应用该模型生成报告和碱基质量重校正后的bam。
--algo QualCal: 指定运行的算法是 QualCal（质量校正算法）。
KNOWN_SITES：已知变异数据库的VCF文件路径。
RECAL_DATA.TABLE：重校准表的位置和文件名。
RECAL_DATA.TABLE.POST: 临时性的后重校准表的位置和文件名。
--algo ReadWriter：这一步为可选的。Sentieon® 变异检测可以在运行时使用校正前的 BAM 加上重校准表来即时执行重校正。便可以不输出巨大的BAM文件，节省磁盘的空间。
若选择执行这一步，第七部分变异检测中请将 $SAMPLEID.deduped.RECALIBRATED.$SUFFIX设为输入文件。

7. 变异检测（DNAseq）

perl 复制代码

dnaseq(){
    cmd="sentieon driver --temp_dir $TMPDIR -r $FASTA -t $THREADS -i $SAMPLEID.deduped.$SUFFIX --algo Haplotyper --emit_conf=30 --call_conf=30 --emit_mode gvcf --ploidy $PLOIDY $SAMPLEID.hc.gvcf.gz && md5sum $SAMPLEID.hc.gvcf.gz > $SAMPLEID.hc.gvcf.gz.md5"
    timer Haplotyper "$cmd" hc.ok
}

使用Haplotyper算法进行单倍型分析，生成 GVCF 文件。

计算 GVCF 文件的 MD5 ，确保文件完整性，成功后创建hc.ok。

8. Joint Calling

8.1 参数检查与使用说明

bash 复制代码

#!/bin/bash
[ $# -eq 0 ]&&echo Usage: $(basename $0) $FASTA $GVCF_LIST  $NUM $DATADIR&&exit
start_time=$(date +%s)

如果脚本没有传入任何参数，则打印使用说明并退出。

使用方式：脚本名 FASTA文件 GVCF列表文件 NUM 数据目录

记录脚本开始执行的时间

8.2 设置错误处理

arduino 复制代码

set -euo pipefail

-e: 任何命令失败则退出脚本。

-u: 使用未定义的变量时报错。

-o pipefail: 管道中任何一个命令失败则整个管道失败。

8.3 参数赋值

ini 复制代码

DATADIR=$4
FASTA=$1 #"$FASTA_DIR/genomeEN_split.fa"
GVCF_LIST=$2
NUM=$3

$1: 参考基因组 FASTA 文件路径。

$2: 包含所有样本 GVCF 文件路径的列表文件。

$3: 用于命名输出文件的数字标识（如批次号）。

$4: 数据目录，用于存放输出文件。

8.4 设置线程数、工作目录和日志文件

bash 复制代码

NT=$(nproc) #number of threads to use in computation, set to number of cores in the server
WORKDIR="$DATADIR/JointCall-${NUM}"
[ -e $WORKDIR ]||mkdir -p $WORKDIR
#[ -e $file ]&&exit 0
cd $WORKDIR
LOGFILE=$WORKDIR/joint-call${NUM}_run.log
exec >$LOGFILE 2>&1

NT: 获取当前系统的 CPU 核心数。

WORKDIR: 根据 NUM 创建唯一的工作目录。

将所有标准输出和标准错误重定向到日志文件。

8.5 执行联合变异检测

bash 复制代码

root=/APP/u22/x86_com/sentieon/202503/sentieon-genomics-202503
cat $GVCF_LIST|$root/bin/sentieon driver -r $FASTA  --algo GVCFtyper   \
      $WORKDIR/output${NUM}-jc.vcf.gz - || { echo echo "GVCFtyper failed"; exit 1; }

cat $GVCF_LIST: 读取 GVCF 文件列表。

sentieon driver: 调用 Sentieon 驱动程序。

-r $FASTA: 指定参考基因组。

--algo GVCFtyper: 使用 GVCFtyper 算法进行联合变异检测。

output${NUM}-jc.vcf.gz: 输出的压缩 VCF 文件。

如果命令失败，输出错误信息并退出。

8.6 计算并输出运行时间（可选）

perl 复制代码

end_time=$(date +%s)
cost_time=$[ $end_time-$start_time ]
echo "joint calling time is $(($cost_time/60))min $(($cost_time%60))s"
echo "the Joint-calling done at `date +%H:%M:%S` !!!"

计算脚本运行的总时间，并以"分:秒"格式输出。最后输出完成时间。

9. 总结

该脚本实现了DNA测序数据从原始测序数据（FASTQ）到变异检测结果（GVCF）以及joint calling的完整分析流程，支持Illumina/DNBSEQ平台，可配置输出格式（BAM/CRAM）和中间文件保留策略，通过标记文件和日志确保流程可进行追溯，适用于大规模基因组变异检测场景。特点包括：

参数化： 通过命令行参数灵活控制输入、输出和流程选项。
自动化： 自动检测测序平台和参考基因组以决定最佳分析策略。
稳健性： 使用 set -euxo pipefail和标记文件实现错误处理和断点续跑。
模块化： 将每个分析步骤封装成函数。
高效性： 使用商业优化的sentieon工具替代金标准GATK/BWA，速度更快。
可追溯性： 详细的日志记录和 MD5 校验确保结果可重现。

要运行此脚本，需要预先安装好 sentieon、fastp等软件，并准备好对应的模型文件 bundle。

10. 脚本应用示例

使用上述脚本对小麦全基因组测序数据分析的测序结果，具体样本信息如下表所示：

测试样本下载

bash 复制代码

wget -nc ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR298/003/SRR29871703/SRR29871703_1.fastq.gz  
wget -nc ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR298/003/SRR29871703/SRR29871703_2.fastq.gz

测试硬件配置

CPU为单颗AmpereOne A192-32X
内存为512GB DDR5
系统为Ubuntu 24.04/Kernel 6.8

测试结果

使用本文流程对小麦全基因组测序数据进行变异检测分析，下表为不同CPU核数下的计算时间和资源调用情况:

本次测试在不同的线程数上进行性能的比较。从数据中可以明显看出，随着线程数的增加，变异检测的整体效率显著提升。从FastQ到VCF全流程分析最快用时1.4个小时，大幅缩短小麦全基因组WGS分析时间，有效加快小麦的分子育种进程。

Sentieon在不断的优化算法的运行效率，为科研工作者提供更快速、更经济的基因检测方案。若您刚好有需要检测的数据，不妨来申请试用Sentieon吧！

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