原价 799 元的转录组直播课程，现在提供回放视频，仅需 99 元。
前期直播课学员可以免费参加后续单细胞等课程，直至所参加的课程总价超过直播课价格。
《简说基因》提供代分析服务，任意转录组项目都只需要99元（交个朋友）。
2025 年 8 月，我们推出了基于 Galaxy 平台的转录组数据分析实战课程，得到了学员的一致好评。
但这个课程存在两大痛点：
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• 直播授课，部分学员没时间参加。在国外的学员由于有时差只能熬夜看直播，影响第二天的学习工作。
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• 价格略贵，不公平。直播课对于部分学员来说有些贵，他们就没办法参加，这不公平。
我们现在干脆把直播的回放视频分享出来，对于学员来说有以下好处：
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• 时间自由，不用协调时间或熬夜看直播，随时可以学习或暂停。
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• 价格便宜，却可以获得直播课的所有福利。
完成本门课程，学员无需写代码，即可完全基于 Galaxy 生信云平台进行 RNA-seq 数据分析，包括上游表达量矩阵的获得和下游发表级统计图表制作。
课程内容
本课程适合从事生命科学、农学、医学等领域科研工作者和高校教师及研究生。
课程特色
不同于传统生信培训，本课程的特色是零代码。学员只需要上传数据，点击鼠标就可以完成所有 RNA-seq 数据分析。因此非常适合下列学员：
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• 因为不懂代码觉得生信高不可攀的湿实验科研人员
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• 深受 R 语言学习之苦的临床医生/医学生
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• 致力于提高科学研究进度的专业人士
报名信息
报名费用：99 元。可以开发票（培训或会议）。
报名后即可获得课件资料和直播回放视频（腾讯会议）。
学员福利
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• 保证学员能够完成一个转录组数据分析项目实战（涵盖课程内容）
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• 包教包会，提供课程内容永久答疑服务
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• 加入学员专属交流群，有问题随时沟通
授课老师
简老师，四川大学生物信息学硕士。10 余年从业经验，曾先后在北京诺禾致源和泛生子从事科研测序和肿瘤基因检测工作。中国银河生信云平台 UseGalaxy.cn 创始人，公众号【简说基因】创始人。
联系方式
请加微信 usegalaxy 报名。
流程工具
本课程的价值在于将转录组数据分析从原始数据开始，到发表级图表所涉及的流程工具全部讲清楚，让学员告别网上杂乱无章的零散教程。
首先进入平台：https://usegalaxy.cn，找到"公共流程"页面，搜索：RNAseq，即可看到所有可用的转录组流程：
有参转录组定量分析流程（经典版）
经典流程采用的软件：
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• fastp，下机数据质控，得到 Clean data。
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• hisat2，将 Clean data 比对到参数基因组。
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• featureCounts，定量分析。
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• multiQC，质控结果汇总
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• FPKM/TPM/CPM Calculator，计算 FPKM / TPM / CPM。
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• Merge RNA-seq Counts，将单个样本表达量汇总成表达量矩阵。
本流程有 PE （Paired-End）和 SE（Single End）两个版本，分别用于双端测序数据和单端测序数据。
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• 双端测序数据：每个样本有两个测序文件，由 R1 和 R2 区分。
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• 单端测序数据：每个样本只有一个测序文件。
双端测序数据
流程预览：
单端测序数据
流程预览：
有参转录组定量分析流程（STAR比对）
该流程与经典版本流程的区别在于使用的质控和比对软件不一样。两套流程的具体定量数值可能有差别，但样本之间的趋势通常不会有变化。
推荐优先使用经典版本。因为经典流程速度通常更快。
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• Trim galore， 用于下机数据质控，得到 Clean data。
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• STAR，将 Clean data 比对到参考基因组上。
双端测序数据
流程预览：
单端测序数据
流程预览：
无参转录组定量分析流程
无参转录组流程使用的软件：
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• Trim galore，用于质控。
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• Kallisto，用于定量。
当然，也可以将 Kallisto 更换为其他的基于无参的定量软件，比如：salmon 等。
流程预览：
Galaxy 平台转录组流程的优点
一键分析，操作简单，小白也能快速上手做转录组分析
仅需上传数据，选择参考基因组及对应的基因注释文件即可以开启分析，用户无需准备其他材料。
可视化流程运行图，分析进程随时掌握
流程运行整体视图：
每一个步骤还可以分析点击查看：
转录组下游分析工具
经过上游分析，拿到表达量矩阵后，即可进行下游分析了。用户可以借助 R 语言完成，平台也提供了非常丰富的转录组下游分析工具，以下仅列出一些常用的。
DEseq2 - 差异基因分析
pyDEseq2 - Python版差异基因分析
clusterProfiler - Y 叔基因富集分析三件套
clusterProfiler bitr - 进行基因 ID 转换
clusterProfiler enrichGO - 进行 GO 富集分析
clusterProfiler enrichKEGG - 进行 KEGG 富集分析
EnhancedVolcano Plot - 火山图绘制
效果图：
PCA plot with FactoMineR - PCA 绘图
效果图：
heatmap2 - 热图绘制
WGCNA工具 - 加权基因共表达网络分析
WGCNA流程 - WGCNA一键分析
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