WSL2安装Freesurfer

1）下载

wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.4.1/freesurfer-linux-ubuntu22_amd64-7.4.1.tar.gz

注意wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.4.1/freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb的文件不使用于ubuntu24.04

2）解压

sudo tar -C /usr/local -xzf freesurfer-linux-ubuntu22_amd64-7.4.1.tar.gz

解压到/usr/local路径下

3）配置

nano ~/.bashrc

末尾添加：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

export FS_LICENSE=$FREESURFER_HOME/license.txt

许可证文件需要在官网注册，免费注册后会发送至邮箱（FreeSurfer Registration form）

sudo cp /home/even/installed/license.txt /usr/local/freesurfer/

4）

source ~/.bashrc

5）验证

which recon-all

recon-all --version （DEBUG:

file /usr/local/freesurfer/bin/recon-all

head -1 /usr/local/freesurfer/bin/recon-all

which tcsh

sudo apt install tcsh

which tcsh

tcsh /usr/local/freesurfer/bin/recon-all --version）

mris_convert

附注：安装时在base环境，切换某个任务虚拟环境时仍然可用，因为FS是安装在系统，而虚拟环境是影响python工具包的搜索路径。