在线绘制饼+弧线图以展示venn交集情况

**导读:**谁说韦恩图只能是三个圈?用饼图锁定共有比例,用弧线拆解交集细节------一次视觉革新,让重叠关系"活"起来。

《Nature Medicine》文章4-1BB costimulation ameliorates T cell exhaustion induced by tonic signaling of chimeric antigen receptors. Fig 2F以饼+弧线图的形式展示了3种marker(PD-1、TIM-3、LAG-3)在细胞中的表达情况。中间的饼图展示了同时有3个marker,2个marker,1个marker和0个marker的细胞的占比情况(颜色从黑到灰);外侧从内到外共有3个轨道,分表表示3个marker,蓝色:PD-1,红色:TIM-3,绿色LAG-3。从圆心向外辐射,有3种marker的扇形对应着3个arc都有(即:蓝+红+绿3层arc),有2种marker的扇形对应着2个arc都有(即:蓝+红,红+绿,蓝+绿的2层arc),有1种marker的扇形对应着1个arc(即:蓝或者红,或者绿的单层arc),有0种marker的扇形没有对应arc。此图是venn图的变体,适用于3-5个条件的交集展示。与传统venn图相比,可以展示都没有的情况,不精确到具体数值,而是从扇形的大小(快速查看哪种共有占比多)和多层弧线的重叠及弧长(快速查看哪类marker在共有交集中占比多)来展示数据集间的交集情况。同时可以进行多个条件下的构成比例比较分析(并列多张图)。

1 , 打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_pie_arc_venn_plot_295

图2.绘图页面

2 ,示例数据

点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。

图3. 示例数据

示例数据包括至少3列:

第1列是具体的细胞(或者基因,代谢物等)

其他列是不同的样品(或者处理条件),对应的数值为0或者1。0表示不属于(没有),1表示属于(有)。例如第3行的cell3对应的A是1,表示cell3有markerA,而没有markerB和markerC。针对表达谱:行是基因,列是样品,表示有没有表达。

**注意:**除第1行和第1列外,其他单元格必须是0或者1,不能是其他值。

3 ,输入检查

示例数据: 点击输入框下面的"示例"按钮,将载入示例数据。

真实数据: 数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

图4. 载入数据,输入检查

然后使用输入框下面的"输入检查"按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择其他参数。

图5.输入检查结果.

注: 输入检查 是新添加的功能,它会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查。

4 ,选择参数

图6.绘图参数

图片大小

设置了图片宽度,图片高度参数,由于带有legend,所以宽度和高度可以不一样

pie 颜色

设置了7种颜色,从上到下依次为:都没有的颜色0,有1个(独有)的颜色1,有2个交集的颜色2等。最多可以绘制6个集合

arc 颜色

设置了6种颜色。颜色1对应第2列,颜色2对应第3列,依次类推。最多可以绘制6层arc(6个数据集)

pie 相关

pie半径:数值越大,pie越大。

pie边框宽度:pie是否加一个带颜色的边框,设置为0时则不绘制边框

pie边框颜色:边框的颜色

pie图例说明:pie图例的标题说明

arc相关

arc起始半径:在pie半径基础上稍微大点

arc带宽度:弧线的宽度

arc和arc间的间距:两层arc间空白部分的间距

arc图例:arc的图例标题

字体大小:

设置了图例的标题字体大小和文字字体大小

字体种类

设置了期刊杂志中最常用的两种字体:Times New Roman和Arial。如需使用其他字体,可以下载pdf或者svg图片,然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

5 ,提交出图

检查通过,并且参数选好后,点击"提交"按钮,约1s后,会在页面上显示pie+arc图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。

图7.预览图

请使用Acrobat Illustrator,inkscape等软件编辑矢量图(pdf或svg),进行组图,调整文字、图像元素位置,字体,添加说明等操作,以满足个性化需求。

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