生信分析

易基因科技

易基因：何川团队开发新m6A测序方法可温和条件下高分辨率/低背景噪声检测m6A修饰｜Nature子刊大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。RNA和DNA中的化学修饰在多种生物过程中发挥着关键作用，包括转录调控、RNA降解、蛋白质翻译和免疫调节等。这些修饰已被新的测序方法以单碱基分辨率定量地绘制出来，其中核苷酸脱氨基是一种高效策略，用于选择性地绘制DNA中的5-甲基胞嘧啶（5-methylcytosine）和RNA中的N6-甲基腺苷（m6A）。然而，传统的化学脱氨基方法依赖于在苛刻的酸性条件下使用芳基重氮盐，这限制了其在大多数生物底物中的应用。近年来，基于亚硝酸盐离子的RNA测序方

R语言绘图：韦恩图韦恩分析（Venn Analysis）常用于可视化不同数据集之间的交集和并集。维恩图（Venn diagram），也叫文氏图、温氏图、韦恩图、范氏图，用于显示元素集合重叠区域的关系型图表，通过图形与图形之间的层叠关系，来反应数据集之间的相交关系。在 R 语言中，进行韦恩分析（Venn图绘制）可以通过多个不同的包来实现，常用的包括 VennDiagram、venn 和 ggVenn 等。本文案使用ggVenn软件包进行分析。

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生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是Basic Local Alignment Search Tool。

人工智能学术前沿（真)

GEO生信数据挖掘（九）肺结核数据-差异分析-WGCNA分析（900行代码整理注释更新版本）WGCNA分析分段代码（附运行效果图）请查看上节运行后效果WGCNA关系网络的构建完毕，绘图找核心基因，Cytoscape 到底怎么玩？

人工智能学术前沿（真)

GEO生信数据挖掘（八）富集分析（GO 、KEGG、 GSEA 打包带走）第六节，我们使用结核病基因数据，做了一个数据预处理的实操案例。例子中结核类型，包括结核，潜隐进展，对照和潜隐，四个类别。第七节延续上个数据，进行了差异分析。本节对差异基因进行富集分析。

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GEO生信数据挖掘（九）WGCNA分析目录加载数据，进行聚类初次聚类观察自己定义红线位置，进行切割划分载入性状数据增加形状信息后，再次聚类网络构建

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GEO生信数据挖掘（七）差异基因分析上节，我们使用结核病基因数据，做了一个数据预处理的实操案例。例子中结核类型，包括结核，潜隐进展，对照和潜隐，四个类别。本节延续上个数据，进行了差异分析。

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GEO生信数据挖掘（六）实践案例——四分类结核病基因数据预处理分析前面五节，我们使用阿尔兹海默症数据做了一个数据预处理案例，包括如下内容：GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察

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GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录GEOquery 简介

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GEO生信数据挖掘（五）提取临床信息构建分组，分组数据可视化（绘制层次聚类图，绘制PCA图）检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例上节做了很多的基因数据清洗（离群值处理、低表达基因、归一化、log2处理）操作，本节介绍构建临床分组信息。

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GEO生信数据挖掘（三）芯片探针ID与基因名映射处理检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录处理一个探针对应多个基因

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GEO生信数据挖掘（二）下载基因芯片平台文件及注释检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录下载平台文件1.AnnotGPL参数改为TRUE,联网下载芯片平台的soft文件。（国内网速奇慢经常中断）

【分析绘图】R语言实现一些常见的绘图微生信-在线绘图网站