生信分析

生信分析 ProtMamba（现在生信最热的Mamba蛋白模型） *Mamba时序模型（替代Transformer）基于Mamba时序模型（替代Transformer）的蛋白质语言大模型（Protein LLM），2025年发在Bioinformatics牛津期刊。

不务正业的小主治

ezygene-预后分析使用survival包对数据进行单因素或者多因素，区别是，选择单因素则计算一个变量与预后的关系，选择多因素则计算多个变量同时与预后的关系。这里要注意，多因素分析的时候，要控制变量的数量！ Lasso回归通过在损失函数中加入L1正则化项，使得部分不重要的预测变量的系数收缩为0，从而实现变量选择。在分析的时候需要注意，生存时间必须大于0，同时在进行分析的同时，基因的数量不能太多，如果太多如2000个以上，则这时候通过lasso分析最后得到的基因数量可能为0，所以在分析的时候尤其需要注意！

余丁，微生信

上下调基因可视化新视角：半圆图的直观之美进入5月份，微生信累计助力发表10000+篇文章，感谢大家的支持。（google scholar检索“bioinformatics.com.cn”）

余丁，微生信

在线绘制Nature Genetics同款极坐标分组柱状图导读：告别单调直角坐标，极坐标分组柱状图以圆形艺术重塑数据之美！它在紧凑空间高效容纳多维信息，让数据故事脱颖而出。

余丁，微生信

在线绘制Nature Genetics同款带背景的GO富集条形图导读：富集分析结果条目繁多，不同分组的条形不易区分。采用背景色分区，将各分组的条形置于不同色块背景中，这一简单优化即可显著提升视觉清晰度，方便快速对比与解读。

余丁，微生信

聚类和流向：在线绘制热图+桑基图组合图展示基因表达和所属通路导读：热图清晰展示差异代谢物在两组细胞中的表达模式，桑基图将代谢物关联至各自所属的代谢物类别。热图+桑基图组合图整体布局层次分明，便于快速识别受干扰的关键代谢物。

易基因科技

易基因：NC/IF15.7：英国癌症研究所团队ChIP-seq+RRBS表观多组学揭示不同组蛋白修饰在转录抑制中的具体功能大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近日，英国癌症研究所/美国纪念斯隆凯特琳癌症中心Kristian Helin团队在Nature子刊《Nature Communication》上发表题为“Addressing the specific roles of histone modifications in transcriptional repression”的科研成果，系统探讨了H3K27me3、H3K36me3 和H3K9me3三种经典抑制性组蛋白修饰在转录抑制中的重要功能。

余丁，微生信

在线绘制饼+弧线图以展示venn交集情况导读：谁说韦恩图只能是三个圈？用饼图锁定共有比例，用弧线拆解交集细节——一次视觉革新，让重叠关系“活”起来。

易基因科技

易基因：NC/IF15.7：浙江大学陈淑洁/王良静团队acRIP-seq等揭示ac4C RNA修饰调控肠道衰老及年龄相关肠道疾病发病机制大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。近日，浙江大学王良静教授和陈淑洁教授团队合作，在《Nature Communications》期刊发表题为“Targeting NAT10 alleviates colonic senescence and elderly-onset colitis by disrupting N4-acetylation of DYRK1A”的科研成果。研究聚焦于肠道衰老与老年性溃疡性结肠炎（UC）的分子机制，系统阐明了mRNA N4-乙酰胞苷（ac4C）修

测序公司给的分析报告中为什么没有Ensembl GTF注释版本？导读：在做RNA-seq等测序分析时，通常会用到Ensembl的GTF基因注释文件，它有不同的版本。我们调研了十几家测序公司的报告，令人惊讶的是，在报告中明确说明GTF版本的公司几乎没有，甚至个别公司连基因组版本都没有明确说明。本文以human为例，比较了不同版本GTF所包含的基因情况，以帮助大家更好地理解基因注释的变化。

善木科研喵

IF5.9分，α-硫辛酸如何缓解化疗神经毒性？网络毒理学结合网络药理学双重锁定关键通路！白蛋白结合型紫杉醇（nab-paclitaxel, nab-PTX）是一种临床广泛使用的化疗药物，在乳腺癌、肺癌、胰腺癌等多种实体瘤中显示出良好疗效。但其剂量限制性毒性之一是周围神经病变（CIPN），主要表现为机械痛觉过敏、冷痛觉异常和感觉迟钝，严重影响患者生活质量，甚至导致化疗中断。

余丁，微生信

在线绘制特殊形状（三角行，菱形，五边形，六边形，椭圆，圆形）聚类热图导读：当热图褪去方正的色块，化为一片星罗棋布的圆形矩阵，数据的呈现便瞬间轻盈而灵动。《Phytomedicine》文章Cannabidiol improves cognitive impairment after traumatic brain injury by attenuating neuronal oxidative stress and apoptosis via the SET/PP2A/Akt signaling axis. Fig 2A的圆点热图展示了三组间差异基因的表达情况，红色表示表达

易基因科技

易基因：PNAS：南方科技大学朱健康团队多组学揭示协同调控植物DNA甲基化与Polycomb沉默的表观遗传新机制大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2025年11月20日，南方科技大学朱健康院士团队在《Proc Natl Acad Sci U S A》（PNAS）杂志发表题为“A chromatin-linked CPL2–PHD2/3 module sustains multiple DNA methylation pathways and Polycomb silencing“的科研成果。研究揭示了植物中名为CPL2-PHD2/3的染色质关联功能模块通过协调多种DNA甲基化通路和Pol

易基因科技

易基因：何川团队开发新m6A测序方法可温和条件下高分辨率/低背景噪声检测m6A修饰｜Nature子刊大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。RNA和DNA中的化学修饰在多种生物过程中发挥着关键作用，包括转录调控、RNA降解、蛋白质翻译和免疫调节等。这些修饰已被新的测序方法以单碱基分辨率定量地绘制出来，其中核苷酸脱氨基是一种高效策略，用于选择性地绘制DNA中的5-甲基胞嘧啶（5-methylcytosine）和RNA中的N6-甲基腺苷（m6A）。然而，传统的化学脱氨基方法依赖于在苛刻的酸性条件下使用芳基重氮盐，这限制了其在大多数生物底物中的应用。近年来，基于亚硝酸盐离子的RNA测序方

R语言绘图：韦恩图韦恩分析（Venn Analysis）常用于可视化不同数据集之间的交集和并集。维恩图（Venn diagram），也叫文氏图、温氏图、韦恩图、范氏图，用于显示元素集合重叠区域的关系型图表，通过图形与图形之间的层叠关系，来反应数据集之间的相交关系。在 R 语言中，进行韦恩分析（Venn图绘制）可以通过多个不同的包来实现，常用的包括 VennDiagram、venn 和 ggVenn 等。本文案使用ggVenn软件包进行分析。

Biomamba生信基地

Biomamba求职| 国奖+4篇一作SCI转眼间我也要参加秋招啦，认真的求职帖，各位老师/老板欢迎联系~其它需要求职的小伙伴也欢迎把简历发给我们，大家一起找工作。

生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是Basic Local Alignment Search Tool。

人工智能学术前沿（真)

GEO生信数据挖掘（九）肺结核数据-差异分析-WGCNA分析（900行代码整理注释更新版本）WGCNA分析分段代码（附运行效果图）请查看上节运行后效果WGCNA关系网络的构建完毕，绘图找核心基因，Cytoscape 到底怎么玩？

人工智能学术前沿（真)

GEO生信数据挖掘（八）富集分析（GO 、KEGG、 GSEA 打包带走）第六节，我们使用结核病基因数据，做了一个数据预处理的实操案例。例子中结核类型，包括结核，潜隐进展，对照和潜隐，四个类别。第七节延续上个数据，进行了差异分析。本节对差异基因进行富集分析。

人工智能学术前沿（真)

GEO生信数据挖掘（九）WGCNA分析目录加载数据，进行聚类初次聚类观察自己定义红线位置，进行切割划分载入性状数据增加形状信息后，再次聚类网络构建