vConTACT3: 机器学习实现可扩展和系统的病毒层级分类

https://www.nature.com/articles/s41587-025-02946-9

https://bitbucket.org/MAVERICLab/vcontact3/src/master/

安装

mamba create --name vcontact3 python=3.10
mamba activate vcontact3
#Or 最新版
cd Software
git clone https://bitbucket.org/MAVERICLab/vcontact3.git
cd vcontact3
python -m pip install .
#数据库下载
wget -O v232.tar.xz https://zenodo.org/api/records/19198397/files/v232.tar.xz/content
tar xf v232.tar.xz
#环境安装
mamba install -c bioconda --file requirements.txt
python -m pip install --no-deps .

使用

vcontact3 run \
-n All_100_vOTU_95_v2.fa \
-d /home/zhongpei/hard_disk_sda2/zhongpei/Software/vcontact3/ \
--db-version 232 \
-t 90 \
-f \
--quiet \
-e cytoscape