一、软件简介
Schrödinger Suite 2026是Schrödinger公司推出的高精度、综合性分子模拟与药物研发计算软件套件，面向生命科学和材料科学领域。该软件基于量子力学、分子力学、统计热力学等基础理论开发，融合了高精度算法与智能化计算模型，主打精准的分子结构模拟、性质预测、药物分子设计与材料性能仿真。
2026系列版本包含Maestro图形界面、 Desmond分子动力学引擎、FEP+自由能微扰计算、Jaguar量子力学计算等核心模块，覆盖小分子药物发现、生物制剂开发、材料科学等多个方向。
相较于旧版本，2026系列版本在计算精度、运算速度、智能化程度及多场景适配性上完成全面升级，整合了新一代机器学习预测模型与并行计算架构，打破了传统模拟软件算力不足、精度偏低、适配场景单一的痛点。
软件兼顾学术科研与工业商业化应用，支持小分子、大分子、蛋白、核酸、复合材料等多类体系的模拟分析，是全球药企、高校、科研院所开展创新研发的核心工具，广泛应用于源头创新药物研发、新型功能材料开发等前沿领域。
二、主要功能
1. 小分子药物发现
Maestro图形界面
- 新增非标准核苷酸支持，可通过搜索面板将DNA/RNA残基突变为非标准核苷酸
- 新增GPCR工作区预设，用于可视化带注释的G蛋白偶联受体
- 表面管理功能全面优化，支持多个表面的并排比较与排序
- Task Tool智能模糊搜索，可识别拼写错误或概念类检索词
- Maestro Assistant支持多会话分立留存与隐私控制
靶点验证与结构解析
- 结构准备过程中自动标注GPCR，硒代蛋氨酸默认转换为蛋氨酸
- 协同折叠面板可在已完成准备的模型中自动校正配体键级
- Predictive Tox Panel新增13种GPCR靶点、5种溴结构域靶点和3种核受体靶点
结合位点与结构分析
- 首次发布Rapid Binding Site Similarity (RBSS)，可在数秒内计算蛋白质结合位点与PDB中所有位点的相似性
- Mixed Solvent MD (MxMD)正式发布，用于增强隐性结合位点识别
自由能计算与优化
- ABFEP（绝对结合自由能微扰）支持在界面中直接施加约束条件
- **FEP+**支持时间分片统计方法确定最优模拟时长，支持Web Services间共享计算方案
- **FEP Residue Scanning (FRS)**支持大规模批量突变扫描
虚拟筛选与对接
- 大环对接流程MacroDock速度提升约2.5倍，中位CPU运行时间缩短至每化合物1小时以内
- Generative Glide (beta)利用生成式AI快速筛选超大化合物库
- 基于REINVENT方法的生成式AI分子枚举功能
2. 生物制剂药物发现
- 支持DNA/RNA/寡核苷酸的非标准核苷酸库高通量创建
- PIPER输出新文件格式，简化对接后处理流程
- 生物制剂从Maestro到LiveDesign的导出流程简化，支持基于HELM的去重
3. 材料科学
晶体结构预测
- Crystal Structure Prediction完整版本发布，支持盐、溶剂化物和共晶的晶型筛选
量子力学与分子动力学
- Desmond分子动力学通过氢质量重分配实现约66%速度增益
- 支持7种新混合脂质双分子层
- MLFF微调功能，可对MPNICE MLFF模型进行精调并用于振动和声子计算
配方机器学习
- Formulation ML支持遗传算法优化、多CPU并行化、缺失化学信息数据集训练
有机光电器件
- 支持OLED器件性能的机器学习预测模型
4. 核心计算引擎增强
量子力学
- 新增阻转异构预测面板，分析关键旋转能垒
- AutoTS计算自动生成HTML报告，展示模拟设置与结果
- 13C NMR重原子校正支持C-F键
- g-xTB可通过Jaguar调用
E-sol
- 新增面板用于设置、执行和分析Efflux ratio预测
- 支持预测血脑屏障穿透率
力场更新
- OPLS5力场引入金属可极化力场，支持Ca(II)、Mg(II)、Fe(II)、Zn(II)、Pt(II)、Ir(III)等金属离子的高精度计算
三、适合行业
Schrödinger Suite 2026适用于以下行业的研发与创新工作：
| 行业领域 | 典型应用场景 |
|---|---|
| 制药与生物技术 | 小分子药物发现、先导化合物优化、靶点验证、毒理预测、FEP自由能计算 |
| 生物制剂研发 | 抗体建模、多肽药物设计、大环化合物开发、蛋白质降解剂设计 |
| 材料科学 | 聚合物设计、晶体结构预测、电池材料、涂层与配方优化 |
| 化工与消费品 | 分子性质预测、配方ML优化、可持续化学替代物设计 |
| 航空航天与国防 | 高性能复合材料、热固性聚合物、推进剂材料模拟 |
| 电子与光电 | OLED器件优化、有机光电材料设计 |
适合企业类型：药企研发部门、CRO公司、材料科技企业、科研院所与高校实验室、国防与航空航天研究机构。
四、系统要求
操作系统支持：
| 平台 | 支持版本 |
|---|---|
| Linux | RedHat Enterprise Linux 7.8-7.9/8.4/8.6/9.0； Rocky Linux 8.7/9.1； CentOS 7.8-7.9；Ubuntu 18.04/20.04/22.04 LTS |
| Windows | Windows 10 (20H2/21H2/22H2)；Windows 11 (21H2/22H2) |
| macOS | macOS 11/12/13，支持Intel x86_64和Apple silicon M系列处理器 |
硬件与GPU要求：
- 所有应用仅支持64位平台
- 需要GPU加速的进程（Desmond、FEP+、Deep AutoQSAR、Watermap、GPU Shape）仅支持Linux
- Jaguar在Windows下不支持并行计算
- 支持的NVIDIA GPU架构：
- 服务器级：Tesla M40/M60、Tesla P40/P100、Tesla V100、Tesla T4、Tesla A100
- 工作站级：Quadro P5000、Quadro RTX 5000、RTX A4000/A5000
- 显卡需支持OpenGL 2.1或更高版本
- 不支持消费级显卡（如GeForce GTX系列）
其他注意：
- 需安装X11库（Linux服务器环境）
- 推荐使用NVIDIA官方认证驱动程序，CUDA最低版本11.2
五、2026.3版更新内容
Schrödinger Suite 2026-3于2026年7月底发布，主要更新包括：
1. 新功能与面板
- RBSS首次发布：快速结合位点相似性搜索，数秒内完成PDB全库比对
- 晶体结构预测完整版：支持盐、溶剂化物、共晶的晶型筛选
- 阻转异构预测面板：预测化合物阻转异构并分析关键旋转能垒
- E-sol预测面板：支持血脑屏障穿透率预测
2. 大环化合物与多肽
- 全新大环对接面板（MacroDock），运行速度提升约2.5倍
- 支持与实验密度图对接
- Prime大环采样支持更复杂的多环体系（如万古霉素）
- 新增环肽建模学习路径
3. 靶点预测扩展
- Predictive Tox Panel新增：13种GPCR靶点、5种溴结构域靶点、3种核受体靶点
- 新增Sided Error列，区分精确测量值与检测上下限区间
4. Desmond MD性能提升
- 氢质量重分配实现约66%速度增益
- 新增7种混合脂质双分子层
5. Maestro界面更新
- 非标准核苷酸支持
- GPCR工作区预设
- 表面管理功能全面重构
- Check for update菜单选项
- MSV成对序列比对大幅改进
6. 其他
- Protein FEP支持从Maestro界面直接计算pH依赖性亲和力
- FEP Residue Scanning支持大规模批量突变扫描
- AutoTS计算自动生成HTML报告