生物信息分析涉及到多种平台语言，包括python、R、perl等。而一些公开发表的pipeline，特别是前些年发表的，因其pipeline是基于特定python或R环境开发的，导致很难在用户当前linux环境下运行。而为了运行某个特定pipeline，再把我们当前环境改成符合某个特定pipeline运行后，之前开发的pipeline又无法运行了。为了解决这些矛盾，笔者在此建议使用docker，将某个特定的pipeline放在一个docker，需要用的时候直接调用特定的docker即可。
docker目前有很多公共资源，资源网站是https://hub.docker.com，可以在上面搜索docker镜像，如若想看看ATAC-seq数据分析相关的镜像，则可以直接在上面搜"ATAC-seq"，然后就可以出来很多ATAC-seq数据分析相关的docker资源。如下图：
然后我们点击Enter，即可进入与ATAC-seq相关的docker列表，
选定一个docker资源，即可进入介绍页和下载链接。
在上面的介绍页右侧，点击复制下载docker链接。
docker pull zhanglab/atac-seq:base_v1.1然后在自己的Linux系统下，直接输入这条命令，就可以下载这个docker了。
下载完成后，就可以直接用这个docker来分析数据了。
下面介绍几个docker使用基本命令:
#进入docker内部环境docker run -it zhanglab/atac-seq:base_v1.1 bash#若想把本地linux环境数据共享给镜像 使用-v命令docker run -it -v /project/atac-seq:/data zhanglab/atac-seq:base_v1.1 bash#冒号前是本地linux路径，冒号后是镜像内的数据路径，#这样就将本地的/project/atac-seq共享给镜像内的/data#进入镜像内出镜像，直接exit命令即可。