【文献分享】TREE通过基于 Transformer 的图表示技术,在生物网络中对癌症基因进行可解释的识别学习图表示学习已被用于从生物网络中识别癌症基因。然而,其适用性受到解释性和泛化性不足的限制,尤其是在整合网络分析的情况下。 在此,我们报告了一种可解释且可泛化的基于转换器的模型的开发,该模型通过利用图表示学习以及将多组学数据与同质和异质生物相互作用网络的拓扑结构相结合,能够准确预测癌症基因。该模型能够解释多组学和更高阶结构特征的各自重要性,其在跨生物网络(包括 miRNA 与蛋白质之间的网络、转录因子与蛋白质的网络以及转录因子与 miRNA 的网络)的泛癌和癌症特异性场景中预测癌症基因方面达到了最先进的性能,