在一个处理器系统中，每一个host 主桥都推出一棵PCI 总线树。 一棵PCI 总线树中有多少个PCIB bridge , 就含有多少条PCI 总线。 系统软件在遍历当前PCI 总线树时，需要首先对这些PCI 总线进行编号，即初始化PCI 桥的primary, secondary 和Subordinate bus number 寄存器。
在一个处理器系统中，一般将与host 主桥直接相连的pci 总线命名为pci 总线0， 然后系统软件使用dfs( depth first search) 算法，依次对其他pci 总线进行编号。值得注意的是，与host 主桥直接相连的pci 总线，其编号都为0， 因此当处理器系统中存在多个host主桥时，将有多个编号为0 的pci 总线。 但是这些编号为0的pci 总线分属不同的pci 总线域， 其含义并不相同。
在一个处理器系统中，假设pci 总线树的结构如图所示，
在pci 总线中， 系统软件使用深度优先算法对PCI 总线树进行遍历，DFS 算法和广度优先BFS( breath First Searth) 算法是遍历树型结构的常用算法。与bfs 算法相比，dfs 算法的空间复杂度较低， 因此绝大多数系统在遍历pci 总线树时，都使用DFS 算法而不是BFS 算法。
DFS 算法是搜索算法的一种，其实现机制是沿着一棵树的深度遍历各个节点，并尽可能深地搜索树的分支， DFS 的算法为线性时间复杂度。适合对拓扑结构未知的树进行遍历。 在一个处理器系统的初始化阶段。PCI 总线树的拓扑结构是未知的， 适合使用DFS 算法进行遍历，
1， host 主桥扫描pci 总线0 上的设备， 系统软件首先忽略这条总线上的所有pci agent 设备，因为在这些设备之下不会挂接新的pci 总线。
2，host 主桥首先发现pci 桥1， 并将pci 桥1的secondary bus 命名为pci 总线1. 系统软件将初始化pci 桥1 的配置空间， 将pci 1 的primary bus number 寄存器赋值为0. 而将secondary bus number 寄存器赋值为1， 即pci 桥1 的上游pci 总线号为0， 而下游pci 总线号为1.
3， 扫描pci 总线1， 发现pci 桥2， 并将pci 桥2 的secondary bus 命名为pci 总线2， 系统软件将初始化pci 桥2的配置空间， 将pci 桥2 的primary bus number 寄存器赋值为1， 而将secondary bus number 寄存器赋值为2.
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pci 总线device 号的分配
一条pci 总线会挂接各种各样的Pci 设备，而每一个pci 设备在pci 总线下具有唯一的设备号。系统软件通过总线号和设备各定位一个pci 设备之后，才能访问这个pci 设备的配置寄存器。值得注意的是，系统软件使用"地址寻址方式" 访问pci 设备的存储器和i/o 地址空间，这与访问配置空间使用的"id寻址方式"不同。
pci 设备的idsel 信号与pci 总线的ad 31:0 信号的连接关系决定了该设备在这个pci 总线的设备号。 如上文所述，每一个pci 设备都使用独立的idsel 信号，该信号将与pci总线的ad31:0 信号连接。
pci 总线事务由一个地址周期加若干个数据周期组成。