ubuntu(18.04) 安装 blast 并在php中调用

暗夜潜行2023-10-31 22:25

1、下载

复制代码

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2、解压，配置环境变量

复制代码

tar zvxf ncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz

解压后改名为 blast

配置环境变量，可以不配置使用的时候直接绝对路径使用（本次使用绝对路径）

复制代码

vim ~/.bashrc  

将下面添加道最后, dir 是解压文件所在的绝对路径，

export BLAST_HOME=/dir/blast
export PATH=$PATH:/dir/blast/bin

使配置生效

source ~/.bashrc

测试安装结果

blastn -version 

如果显示版本信息则说明可正常使用

3、创建数据库

在/dir/blast 下创建文件夹 db/mydb 用来存放不同的数据库

构建数据库：initdb.fasta 是用来构建数据库的源文件

复制代码

#绝对路径调用，直接使用makeblastdb命令调用可能出现找不到命令的问题，可能是环境变量没有配置好

/dir/blast/bin/makeblastdb -in /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -dbtype prot

结果：

4、测试搜索 test.fasta 是测试序列文件

复制代码

#采用绝对路径调用

#结果输出到终端

/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6

#结果输出到文件

/dir/blast/bin/blastp -query /dir/blast/output/test.fasta -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6 -out /dir/blast/output/test

结果：

5.在php中调用

复制代码

//通过blast获取targetID，然后通过targetID获取详细信息
$input_sequence = $data_json['sequence'];  // 从用户前端输入的序列
$file_name = uniqid() . ".fasta";
// 创建临时文件
$tempFile = tempnam("/tmp", $file_name);
//将用户输入的文件写入到临时文件，blast的输入条件只找到了文件输入，不知道可不可以其他形式输入
file_put_contents($tempFile, $input_sequence);
// 执行 BLAST 查询
$output = shell_exec("/dir/blast/bin/blastp -query " . $tempFile . " -db /dir/blast/db/mydb/initdb.fasta -outfmt 6");

echo $output;