R语言实现多变量孟德尔随机化分析(1)

多变量孟德尔随机化分析调整了潜在混杂因素的影响。

1、调整哪些因素?参考以往文献。可以分别调整,也可以一起调整。

2、解决了什么问题?某个暴露相关的SNP,往往与某个或者某几个混杂因素相关。可以控制混杂偏倚。

3、如何解释结果?若该暴露的P值小于0.05,则可以说明该暴露独立于其他暴露对结局产生影响。否则是通过其他因素对结局产生影响。

复制代码
#多变量孟德尔随机化(MVMR)
library(TwoSampleMR)
#提取多个暴露变量工具
#body mass index:ieu-b-40;
#hypertension:ebi-a-GCST90038604
#creatinine:ebi-a-GCST90025946
exposure_dat_mv<-mv_extract_exposures(c("ieu-b-40",
                                        "ebi-a-GCST90038604",
                                        "ebi-a-GCST90025946")) #Serum creatinine levels、Smoking initiation

#提取结局信息
outcome_dat_mv<-extract_outcome_data(exposure_dat_mv$SNP,"ebi-a-GCST90013862") #colorectal cancer

#整合数据
mvdat<-mv_harmonise_data(exposure_dat_mv,
                         outcome_dat_mv,
                         harmonise_strictness = 2)

#进行MVMR的分析
res <- mv_multiple(mvdat)

#提取结果
result<-res$result
#install package
# remotes::install_github("WSpiller/RMVMR",
#                         build_opts=c("--no-resave-data", "--no-manual"),
#                         build_vignettes = TRUE)
library(MVMR)
help(package="MVMR")
wer <- format_mvmr(BXGs = mvdat[["exposure_beta"]],
                      BYG = mvdat[["outcome_beta"]],
                      seBXGs = mvdat[["exposure_se"]],
                      seBYG = mvdat[["outcome_se"]],
                      RSID = rownames(mvdat[["exposure_beta"]]))
#IVW多变量孟德尔随机化结果
ivw_mvmr(wer)
#计算F值
Fz<- strength_mvmr(r_input = wer, gencov = 0)
#异质性检验
pres <- pleiotropy_mvmr(r_input = wer, gencov = 0)
相关推荐
A林玖12 小时前
【计算机相关学习】R语言
开发语言·学习·r语言
Yolo566Q20 小时前
R语言、BIOMOD2丨物种分布模型研究进展与挑战
r语言
岁月如歌,青春不败1 天前
MaxEnt模型全解析:从原理到 R 语言实战,开启生态环境研究新视野
arcgis·r语言·生态学·论文写作·生态系统服务·物种分布·maxent模型
invincible_Tang2 天前
R格式 (15届B) 高精度
开发语言·算法·r语言
KY_chenzhao2 天前
基于R语言与MaxEnt的物种分布建模全流程解析:从算法优化到科研制图实战
r语言·maxent·气候变化·物种分布
tRNA做科研2 天前
通过Bioconductor/BiocManager安装生物r包详解(问题汇总)
开发语言·r语言·生物信息学·bioconductor·biocmanager
Tiger Z2 天前
R 语言科研绘图 --- 韦恩图-汇总
开发语言·程序人生·r语言·贴图
Biomamba生信基地3 天前
R语言入门课| 04 R语言基本函数
开发语言·r语言·生信
十三画者3 天前
【工具】BioPred一个用于精准医疗中生物标志物分析的 R 软件包
数据挖掘·数据分析·r语言·数据可视化
小艳加油3 天前
MaxEnt物种分布建模全流程;R+ArcGIS+MaxEnt模型物种分布模拟、参数优化方法、结果分析制图与论文写作
arcgis·r语言·物种分布模拟·maxent模型