R语言【taxlist】——print_name()：为发表文章准备可用的格式化名称

Package taxlist version 0.2.4

Description

在撰写关于生物多样性的文章时，可以使用名称自动插入到文件中，包括学名不同元素的典型斜体格式。函数print_name既可以应用于 Markdown 文档，也可以应用于图形。在 Rmarkdown 文档中，使用 *Cyperus papyrus* L. 插入格式化的物种名称。

Usage

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print_name(object, ...)

## S3 method for class 'character'
print_name(
  object,
  second_mention = FALSE,
  style = "markdown",
  isolate = c("var.", "ssp.", "subsp.", "f.", "fma."),
  trim = c("spp.", "sp.", "species"),
  ...
)

## S3 method for class 'taxlist'
print_name(
  object,
  id,
  concept = TRUE,
  include_author = TRUE,
  secundum,
  style = "markdown",
  ...
)

Arguments

参数【object】：一个 taxlist 对象。

参数【...】：方法之间传递了进一步的参数。

参数【second_mention】：逻辑值，属名是否应该缩写。

参数【style】：指示斜体的替代格式的字符值。可用的选项包括"markdown"（在 Rmarkdown 文档中调用）、"html"（用于渲染成 html 文件的文档）、"expression"（用于图形中的标签）和 "knitr"（LaTeX 代码中的格式）。

参数【isolate】：一个字符向量，其中单词（通常是缩写）出现在学名的中间，不采用斜体格式。

参数【trim】：一个字符向量，其单词出现在科学名称的末尾，这些单词也没有斜体格式。

参数【id】：包含概念或名称 ID 的整数。

参数【concept】：逻辑值，id 是否对应于概念 ID 或分类单元使用名称 ID。

参数【include_author】：逻辑值，是否应提及名称的作者。

参数【secundum】：指示槽 taxonViews 中将作为 secundum 提及的列的字符值。

Value

一个字符值，包括斜体字体的格式。

Examples

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summary(Easplist, 363, secundum = "secundum")

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------------------------------ 
concept ID: 363 
view ID: 1 - African Plant Database (2012) 
level: subspecies 
parent: 362 Ludwigia adscendens (L.) H. Hara 

# accepted name: 
363 Ludwigia adscendens ssp. diffusa (Forssk.) P.H. Raven 

# synonyms (3): 
50037 Ludwigia stolonifera (Guill. & Perr.) P.H. Raven 
52001 Jussiaea stolonifera Guill. & Perr. 
53744 Jussiaea repens auct. 
------------------------------

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plot(x = NA, xlim = c(0, 5), ylim = c(7, 1), bty = "n", xaxt = "n", xlab = "",
  ylab = "options")

## Accepted name with author
text(x = 0, y = 1, labels = print_name(Easplist, 363, style = "expression"),
  pos = 4)

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text(x = 0, y = 2, labels = print_name(Easplist, 363, style = "expression",
  secundum = "secundum"), pos = 4, cex = 0.7)

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text(x = 0, y = 3, labels = print_name(Easplist, 363, style = "expression",
  second_mention = TRUE), pos = 4)

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text(x = 0, y = 4, labels = print_name(Easplist, 50037, style = "expression",
  concept = FALSE), pos = 4)

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text(0, 5, labels = print_name(Easplist, 363, style = "markdown"), pos = 4)

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text(0, 6, labels = print_name(Easplist, 363, style = "html"), pos = 4,
    cex = 0.7)

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text(x = 0, y = 7, labels = print_name(Easplist, 363, style = "knitr"), pos = 4,
    cex = 0.7)