在 FPGA 完成自初始化后，INIT 释放，FPGA 对模式引脚 (M[2:0]) 进行采样，以确定使用哪种配置模式。当模式引脚 M[2:0] = 001 时，FPGA 开始以大约 3 MHz 的频率在 CCLK 上输出时钟。随后，FCS_B 驱动为低电平，紧接着在 D[00] 引脚上发送一个 x1 快速读取指令的操作码和地址，如下图所示。
数据最初以 x1 模式从 SPI 闪存传输到 FPGA。切换到外部时钟、x2 或 x4 总线宽度或其他选项的命令都包含在位流的早期部分。在读取这些选项之后，FPGA 会进行中间配置调整。
默认情况下，数据在 CCLK 的下降沿从 SPI 闪存输出，并在 CCLK 的上升沿被 FPGA 捕获。默认行为可以通过启用 set_property BITSTREAM.CONFIG.SPI_FALL_EDGE: YES（Vivado 设计套件）和 bitgen -g SPI_FALL_EDGE:yes（ISE 设计套件）选项更改为在下降沿捕获。