R包:TreeAndLeaf二分类树构建R包

介绍

树形图显示了二叉树,重点是表示树元素之间的层次关系。树状图包含节点、分支(边)、根和叶。根是分支和节点的来源,指示到叶的方向,即终端节点。

树形图布局的大部分空间用于排列分支和内部节点,留给叶子的空间有限。对于大的树形图,叶片标签通常被压缩到小的凹槽中。因此,当要显示的信息应该突出显示叶子时,树形图可能无法提供最佳布局。

TreeAndLeaf包旨在通过结合树形和力定向布局算法,将分析的重点转移到叶子上,从而提高树形图叶子的可视化效果。包的工作流程如图所示。

加载R包

R 复制代码
library("TreeAndLeaf")
library("RedeR")
library("igraph")
library("RColorBrewer")

导入数据

R 复制代码
data("USArrests")
head(USArrests)

数据处理

  • 构建一个树状图示例
R 复制代码
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc, main="Dendrogram for the 'USArrests' dataset",
     xlab="", sub="")
  • 转换 hclust 数据对象 成 a tree-and-leaf 数据对象
R 复制代码
tal <- treeAndLeaf(hc)
  • 设置图属性
R 复制代码
tal <- att.mapv(g = tal, dat = USArrests, refcol = 0)
pal <- brewer.pal(9, "Reds")
tal <- att.setv(g = tal, from = "Murder", to = "nodeColor", 
                cols = pal, nquant = 5)
tal <- att.setv(g = tal, from = "UrbanPop", to = "nodeSize",
                xlim = c(10, 50, 5), nquant = 5)
tal <- att.addv(tal, "nodeFontSize", value = 15, index = V(tal)$isLeaf)
tal <- att.adde(tal, "edgeWidth", value = 3)

画图

R 复制代码
#--- Call RedeR application
rdp <- RedPort()
calld(rdp)
resetd(rdp)

#--- Send the tree-and-leaf to the interactive R/Java interface
addGraph(obj = rdp, g = tal, gzoom=75)

#--- Call 'relax' to fine-tune the leaf nodes
relax(rdp, p1=25, p2=200, p3=5, p5=5, ps=TRUE)

#--- Add legends
addLegend.color(obj = rdp, tal, title = "Murder Rate", 
                position = "topright")
addLegend.size(obj = rdp, tal, title = "Urban Population Size",
               position = "bottomright")
相关推荐
梦想的初衷~32 分钟前
R语言生物群落数据分析全流程:从数据清洗到混合模型与结构方程
机器学习·r语言·生态·环境
qq_4639448619 小时前
Seaborn库
信息可视化·数据可视化·seaborn
浪浪山齐天大圣19 小时前
python数据可视化之Matplotlib(8)-Matplotlib样式系统深度解析:从入门到企业级应用
python·matplotlib·数据可视化
乐吾乐科技2 天前
乐吾乐大屏可视化组态软件【SQL数据源】
物联网·信息可视化·编辑器·数据可视化·大屏端
IT研究室2 天前
大数据毕业设计选题推荐-基于大数据的国内旅游景点游客数据分析系统-Spark-Hadoop-Bigdata
大数据·hadoop·spark·毕业设计·源码·数据可视化·bigdata
没有梦想的咸鱼185-1037-16632 天前
基于R语言机器学习方法在生态经济学领域中的实践技术应用
开发语言·机器学习·数据分析·r语言
zhangfeng11332 天前
R 语法高亮为什么没有,是需要安装专用的编辑软件,R语言自带的R-gui 功能还是比较简单
开发语言·r语言
WangYan20222 天前
经济学+机器学习+R语言:十大原理、熵权法、随机森林、神经网络、因果推断全解析
r语言·生态经济学·经济学
程序员白话2 天前
使用kube-prometheus在K8s集群快速部署Prometheus+Grafana
后端·数据可视化
高-老师3 天前
基于R语言的物种气候生态位动态量化与分布特征模拟
开发语言·r语言·物种气候