读取h5ad文件

python 复制代码
import scanpy as sc

annData = sc.read_h5ad("D:/xzj-2023/c0.h5ad")

var_df=pd.DataFrame(annData.var)

var_df.to_csv('D:/c0_var.csv', index=False, sep='\t')

obs_df=pd.DataFrame(annData.obs)

obs_df.to_csv('D:/c0_obs.csv', index=False, sep='\t')

X_df=pd.DataFrame(annData.X)

X_df.to_csv('D:/c0_X.csv', index=False, sep='\t')

#读取细胞类型
print(adata.obs['cell_type'])
#Name: cell_type, Length: 11851, dtype: category
# Categories (7, object): ['fibroblast', 'T cell', 'endothelial cell', 'hepatocyte', 'macrophage',
   #                      'monocyte', 'malignant cell']

图片来源https://www.jianshu.com/p/18006139bbed

相关推荐
七七知享5 小时前
深入探索Python Pandas:解锁数据分析的无限可能
python·程序人生·程序员·数据挖掘·数据分析·pandas·个人开发
xiaohanbao0921 小时前
day6 python数据可视化
python·学习·信息可视化·pandas
渣渣盟1 天前
IT社团分析预测项目(pandas、numpy、sklearn)
pandas
liuweidong08021 天前
【Pandas】pandas DataFrame rmul
pandas
闲人编程1 天前
数据分析案例:能源数据分析
python·数据挖掘·数据分析·pandas·能源·数据预处理
liuweidong08022 天前
【Pandas】pandas DataFrame rsub
开发语言·python·pandas
liuweidong08022 天前
【Pandas】pandas DataFrame radd
开发语言·python·pandas
AAA顶置摸鱼2 天前
使用 Pandas 进行多格式数据整合:从 Excel、JSON 到 HTML 的处理实战
json·excel·pandas
liuweidong08023 天前
【Pandas】pandas DataFrame dot
pandas
浅浅2806 天前
numpy、pandas内存优化操作整理
数据结构·经验分享·python·学习·性能优化·numpy·pandas