韦恩分析
韦恩分析（Venn Analysis）常用于可视化不同数据集之间的交集和并集。维恩图（Venn diagram），也叫文氏图、温氏图、韦恩图、范氏图，用于显示元素集合重叠区域的关系型图表，通过图形与图形之间的层叠关系，来反应数据集之间的相交关系。在 R 语言中，进行韦恩分析（Venn图绘制）可以通过多个不同的包来实现，常用的包括 VennDiagram、venn 和 ggVenn 等。本文案使用ggVenn软件包进行分析。
效果图：
代码：
####Venn分析####
#上调基因的交集
####机器学习重要性排序的Venn分析####
setwd("...")
remove(list = ls())#清除环境变量
#install.packages("ggvenn ")#如没有，需下载安装包
library(ggvenn)#加载所需要的安装包
venn_list<-read.csv("上调基因.csv")#输入数据
数据样式
venn_list<-venn_list[,1:3]#选择进行venn分析的列
venn_list1<-as.list(venn_list)#将数据框格式数据转换成列表格式数据
pdf(file = "Venn图_上调.pdf", height = 8, width = 12)#绘制空白画布
ggvenn(
data = venn_list1, # 数据列表
columns = NULL, # 对选中的列名绘图，最多选择4个，NULL为默认全选
show_elements = F, # 当为TRUE时，显示具体的交集情况，而不是交集个数
label_sep = "\n", # 当show_elements = T时生效
show_percentage = T, # 显示每一组的百分比
digits = 1, # 百分比的小数点位数
fill_color = c("#0072B5", "#BC3C28","#008B8B","#FFE1FF","#CD3278","#CD853F"), # 填充颜色
fill_alpha = 0.5, # 填充透明度
stroke_color = "black", # 边缘颜色
stroke_alpha = 0.5, # 边缘透明度
stroke_size = 0.5, # 边缘粗细
stroke_linetype = "solid",# 边缘线条 # 实线：solid 虚线：twodash longdash 点：dotdash dotted dashed 无：blank
set_name_color = "black", # 组名颜色
set_name_size = 6, # 组名大小
text_color = "black", # 交集个数颜色
text_size = 5 # 交集个数文字大小
)
dev.off()#关闭画布
#获得交集基因
genes_set1<-venn_list$TCGA_N_T#将第一列命名成genes_set1
genes_set2<-venn_list$GEO_CON_PTC#将第二列命名成genes_set2
genes_set3<-venn_list$GEO_PTC_ATC#将第三列命名成genes_set3
获取交集基因
intersection_genes <- Reduce(intersect, list(genes_set1, genes_set2, genes_set3))
write.csv(intersection_genes, "上调基因交集.csv")
Venn分析到这就完成啦，最终我们既获得了Venn图，又得到了具体的交集基因。
所有数据我都存放在百度网盘了，欢迎大家访问，
通过网盘分享的文件：数据.zip
链接: https://pan.baidu.com/s/11e0IEa2fI5L31MBqEcPA0w
提取码: shan