AORSA编译指南

AORSA编译指南

编译环境:Ubuntu 20.04(Windows11,VMWare17 Pro 虚拟机 - 版本:17.0.2 build)

目录

〇、编译前准备

见前文【GENRAY编译指南】;

依赖库补充下载

下为下载补充的依赖库的命令:

bash 复制代码
sudo apt-get install gfortran-10 libscalapack-openmpi-dev libopenmpi-dev pgplot5 libnetcdff-dev libpng-dev libblas-dev libx11-dev

下载 Paraview 以查看 vtk 文件

ParaView 是一个开源的多平台数据分析与可视化应用,基于 VTKVisualization Toolkit)构建,适用于各种规模的数据集。

  • 优点:
    • 用户友好的图形用户界面(GUI),易于上手。
    • 广泛的功能覆盖,从简单的数据探索到复杂的科学可视化。
    • 良好的社区支持和文档资料。
    • 强大的 Python 脚本支持,允许高度定制化的工作流程。
  • 缺点:
    • 在处理特别庞大的数据集时,性能可能不及 Visit(但这个并不太好下且磁盘占用还挺大)。
指令下载 ParaView

使用 Kitware 提供的 APT 仓库Kitware 提供了一个包含最新稳定版 ParaViewAPT 仓库,这可以让你获得比默认 Ubuntu 仓库更新的版本)

  1. 打开终端并添加 GPG 密钥:

    bash 复制代码
    wget -O - https://apt.kitware.com/keys/kitware-archive-latest.asc 2>/dev/null | sudo apt-key add -
  2. 添加 KitwareAPT 仓库:

    • 对于 Ubuntu 22.04 (Jammy):

      bash 复制代码
      sudo apt-add-repository 'deb https://apt.kitware.com/ubuntu/ jammy main'
    • 对于 20.04 LTSfocal):

      bash 复制代码
      sudo apt-add-repository 'deb https://apt.kitware.com/ubuntu/ focal main'
  3. 更新软件包列表并安装 ParaView

    shell 复制代码
    sudo apt update
    sudo apt install paraview
  4. 点击左下角"显示应用程序",点击启动或终端输入 paraview 即可:

一、AORSA 下载(见 Github)

1. 使用 git 指令

shell 复制代码
git clone https://github.com/ORNL-Fusion/aorsa.git
# or
git clone [email protected]:ORNL-Fusion/aorsa.git

克隆到本地文件夹(文件夹默认名aorsa)。不会 git 的可以这里速成。

2. 直接下载

https://github.com/ORNL-Fusion/aorsa 网址,点击 "Code" -> "Download ZIP"直接下载,并解压到本地。

二、Makefile 文件

​ Makefile 是 make 命令所读取的配置文件,包含了构建项目的规则。其主要作用是检查项目文件的依赖关系,自动执行必要的命令,从而更新目标文件。它通过定义规则和指令,自动化编译、链接等步骤,大大简化了开发者的工作。用于管理项目构建过程,广泛用于 C/C++ 等语言的编译。基础知识可见: Makefile入门

​ 一般来说,Makefile 的基本语法由规则(rule)组成,其格式如下:

bash 复制代码
target: dependencies
    command
  • 目标(target):需要生成的文件,例如可执行文件。
  • 依赖(dependencies):生成目标所依赖的文件或目标。
  • 命令(commands):构建目标时需要执行的命令,必须以 Tab 开头。

AORSA 中的Makefile

首先进入aorsa文件夹,右键"在终端打开":

make 时会发现很多 makefile ,这些文件通常是用于不同平台、编译器或配置的 makefile 配置选项文件,主要分以下几种:

  • makeopts.perlmutter.aocc/gnu :针对 perlmutter 超级计算机使用 AMD AOCC / GNU 编译器;

  • makeopts.cori.gnu/intel :针对 Cori 超级计算机使用 GNU / Intel 编译器;

  • makeopts.osx-mojave :针对 macOS-Mojave 系统;

  • makeopts.ubuntu* :针对 Ubuntu 操作系统。

下主要针对 Ubuntu20.04 操作系统举例说明。


makeopts.ubuntu20.04

  • ① 输入指令make ,发现报错:

    报错在 makefile203 行,问题可能出现在 203 行及其之前,遂查看其代码:

    看起来是依赖的问题,但是注意到上面的输出中,打印了 System identified as Ubuntu20.04 ,即

    说明识别了系统信息,并在此之前 include 了 makeopts.ubuntu20.04

  • ② 打开 makeopts.ubuntu20.04 ,查看代码:

    发现第 2 行出现了报错中的选项:-fallow-argument-mismatch ,那就按提示改成:Wno-argument-mismatch

  • ③ 再次 make ,等待一会,没有报错且生成了目标 xaorsa2d 文件:

成功!!

三、案例运行

cd 或直接进入 /examples/*(下以 DIIID-helicon 为例) ,运行 mpirun -n 1 ../../xaorsa2d1为使用的进程数,建议为 1 ,数据量小的情况下也不会很慢,当然也可按电脑性能酌情更改 hostfile 以设置)。

下为运行前的文件:

运行后的文件:


@Date: 2025.6.14
@Author: zkinglin

(完)

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