【材料学python入门】conda、 jupyter、cpu、GPAW、wsl、ubuntu

Win10（无gpu）

安装Anaconda3

历史版本： https://repo.anaconda.com/archive/

查找：Anaconda3-2024.10-1-Windows-x86_64.exe

配置环境变量

bash 复制代码

D:\Environment\anaconda3
D:\Environment\anaconda3\Scripts
D:\Environment\anaconda3\Library\bin

创建环conda环境

bash 复制代码

conda create --name abtem12 python=3.12
conda activate abtem12
conda env list

pycharm连接conda环境

安装 jupyter、notebook

bash 复制代码

conda activate abtem12
conda install jupyterlab  
conda install -c conda-forge notebook

bash 复制代码

python -m ipykernel install --user --name abtem --display-name "Python (abtem)"
jupyter kernelspec list

右上角切换到abtem

安装pytorch

复制代码

conda activate abtem12
conda install pytorch torchvision torchaudio cpuonly -c pytorch

python 复制代码

from torch import __version__ 
print( __version__)

Ubuntu22.04 （wsl备用）

直接微软应用商店下载 Ubuntu22.04

安装Anaconda3

bash 复制代码

# 下载
cd ~
pwd
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2025.06-0-Linux-x86_64.sh

bash 复制代码

# 安装
sh Anaconda3-2025.06-0-Linux-x86_64.sh
# 输入q，跳过协议阅读
# yes
# 回车
# 等。。。
# 回车

配置环境：

复制代码

ubuntu22@Autumn:~$ echo 'export PATH="$HOME/anaconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
ubuntu22@Autumn:~$ source ~/.bashrc
ubuntu22@Autumn:~$ conda --version

创建conda环境

bash 复制代码

conda create -n abtem39wsl python=3.9
conda activate abtem39wsl

如果报错： CondaError: Run 'conda init' before 'conda activate'

bash 复制代码

# 初始化 conda
$HOME/anaconda3/bin/conda init bash

新开终端，看到有bash了，再次执行：conda activate abtem39wsl

pycharm连接wsl

右下角👇

bash 复制代码

 conda install jupyterlab
 
 python -m ipykernel install --user --name abtem39wsl--display-name "Python (abtem39wsl)"
 jupyter kernelspec list

 conda install -c conda-forge notebook

更换内核👇

GPAW

conda下载

bash 复制代码

# 查找
conda search gpaw -c conda-forge
# 选22.1.0 py39是当前conda环境的py是3.9版本的
conda install gpaw=22.1.0=py39_mpi_mpich_omp_1 -c conda-forge

测试

导包测试：
数据集测试：

bash 复制代码

pip install pytest
which gpaw
cd /home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/bin/

bash 复制代码

pytest --pyargs gpaw -n 16
pytest --version
pip install pytest-xdist
pytest --pyargs gpaw -n 16

结束。

RuntimeError: Could not find required PAW dataset file "C.LDA".

因为路径里都是 C.LDA.gz 这样的压缩包，需要解压：

bash 复制代码

$ echo $GPAW_SETUP_PATH
# /home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/share/gpaw

$ cd /home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/share/gpaw

$ for f in *.gz; do gunzip -c "$f" > "${f%.gz}"; done

$ ls -l C.LDA
# -rw-r--r-- 1 ubuntu22 ubuntu22 125417 Oct  8 09:26 C.LDA

$ which python
# /home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/bin/python

$ python -c "import gpaw; print(gpaw.setup_paths)"
# ['/home/ubuntu22/anaconda3/envs/abtem39wsl/share/gpaw']

让服务器重启，关闭pycharm重新打开，运行单元代码：