Apptainer 将 Ubuntu 本地 Conda 环境打包为 Singularity（SIF）镜像

在 HPC 或服务器环境中，Singularity / Apptainer 是替代 Docker 的事实标准。

本文将演示本地 Ubuntu 系统上的 Conda 环境 打包成一个 .sif 镜像的示例代码。

本文目标：

系统：Ubuntu 22.04 LTS
容器工具：Apptainer
Conda：Miniconda / Conda 环境
镜像源：腾讯云 Docker Hub 镜像
输出：finale_env.sif

准备 Conda 环境（宿主机）

1️⃣ 已存在 Conda 环境

示例环境路径：

/home/zheng/miniconda3/envs/finale_env

2️⃣ 导出 environment.yml（可选，但强烈建议）

conda activate finale_env conda env export > environment.yml

用于 版本记录 & 未来重建。

3️⃣ 使用 conda-pack 打包环境（关键）

conda activate finale_env conda install -y conda-pack conda-pack \ -n finale_env \ -o finale_env.tar.gz

生成文件：

finale_env.tar.gz

编写 Apptainer.def 文件（核心）

使用腾讯云 Ubuntu 22.04 镜像

Bootstrap: docker From: ccr.ccs.tencentyun.com/library/ubuntu:22.04

完整 Apptainer.def 示例

复制代码

Bootstrap: docker
From: ccr.ccs.tencentyun.com/library/ubuntu:22.04

%files
    finale_env.tar.gz /opt/finale_env.tar.gz

%post
    apt-get update && apt-get install -y \
        ca-certificates \
        bzip2 \
        libglib2.0-0 \
        libxext6 \
        libsm6 \
        libxrender1 \
        libstdc++6 \
        libgcc-s1 \
        && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

    mkdir -p /opt/finale_env
    tar -xzf /opt/finale_env.tar.gz -C /opt/finale_env

    /opt/finale_env/bin/python /opt/finale_env/bin/conda-unpack

%environment
    export CONDA_DEFAULT_ENV=finale_env
    export PATH=/opt/finale_env/bin:$PATH
    export LD_LIBRARY_PATH=/opt/finale_env/lib:$LD_LIBRARY_PATH
    export PYTHONNOUSERSITE=1

%runscript
    echo "[Apptainer] Conda env: finale_env"
    exec "$@"

构建 Singularity（SIF）镜像

sudo apptainer build finale_env.sif Apptainer.def

构建成功后生成：

finale_env.sif

测试镜像是否正确（必做）

1️⃣ Python 路径

apptainer exec finale_env.sif which python

apptainer exec finale_env.sif which finaletoolkit