视频回放:《Frontiers In Immunology》生信文章一作专访

视频内容

2026年4月27日 18:00,南方医科大学广东省人民医院Echo 博士在Biomamba生信基地B站、视频号直播间,分享其以第一作者 身份发表于《Frontiers In Immunology 》(中科院2区IF=5.9 )的研究论文:《Identification of PANoptosis hub genes driving immune activation and tubulointerstitial injury in diabetic kidney disease by integrative bioinformatics and machine learning》,详细介绍见:致谢文章又+1,生物信息学+机器学习鉴定驱动糖尿病肾病免疫激活和小管间隙损伤的PANoptosis枢纽基因本次直播核心内容 包括:研究基本信息、背景介绍、研究思路、结果展示、结论与讨论、创新点与学术启发、作者访谈,我们还有抽奖活动。各平台直播回放指路:

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最最最重要的是,这是一篇致谢Biomamba生信基地的论文!

这里也预祝我们的粉丝们早日命中心仪的期刊,若是大家觉得我平时分享的代码或生信教程有那么点好用,可以在文章里以这种格式致谢Biomamba,希望咱们这个系列也能更新个百八十篇

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Since Biomamba and his wechat public account team produce bioinformatics tutorials elaborately and share code with annotation, we thank Biomamba for their guidance in bioinformatics and data analysis for the current study.

嘉宾简介

Echo ,博士,南方医科大学广东省人民医院。2026年3月9日,以第一作者身份在《Frontiers In Immunology》(中科院2区IF=5.9 )发表题为《Identification of PANoptosis hub genes driving immune activation and tubulointerstitial injury in diabetic kidney disease by integrative bioinformatics and machine learning》的研究论文,详细介绍见:致谢文章又+1,生物信息学+机器学习鉴定驱动糖尿病肾病免疫激活和小管间隙损伤的PANoptosis枢纽基因

本文主要通过整合生物信息学分析、机器学习算法、调控网络与药物靶点筛选及动物模型验证,发现泛凋亡(PANoptosis)是驱动糖尿病肾病肾小管间质损伤的核心机制,鉴定出6个关键泛凋亡枢纽基因并构建了具备诊断价值的风险评分,同时筛选出CASP1、FAS 等4个可作为糖尿病肾病诊疗靶点的关键基因。

文章摘要

背景:糖尿病肾病(DKD)以慢性炎症与免疫紊乱为核心特征。多种程序性细胞死亡通路参与肾小管间质损伤过程,但其在DKD中的异常调控、相互作用及整体效应尚不明确。泛凋亡(PANoptosis)是整合焦亡、凋亡与坏死性凋亡的协同性程序性死亡方式,已被证实是炎症性疾病的关键机制,但其在DKD中的作用仍未阐明。

方法:本研究整合DKD患者与正常对照人群的多个肾小管间质转录组数据集,筛选差异表达基因并进行功能富集分析;从MSigDB数据库获取泛凋亡相关基因集,并利用独立单细胞RNA测序数据集评估通路间交互作用。联合加权基因共表达网络分析(WGCNA)与五种机器学习算法筛选枢纽基因,构建泛凋亡相关风险评分(PRS),并分析其与临床指标、免疫浸润的相关性。分别通过ENCORI、hTFtarget数据库预测 miRNA‑mRNA 及转录因子‑枢纽基因调控网络;采用DrugnomeAI评估枢纽基因的成药性,并从DGIdb数据库筛选候选化合物。关键结果在糖尿病小鼠模型中进行实验验证。

结果:凋亡、焦亡、坏死性凋亡及整体泛凋亡通路在DKD中均显著激活。单细胞水平显示,这些通路在肾小管及间质细胞中普遍共激活,存在广泛分子交叉。本研究鉴定出 6 个泛凋亡相关枢纽基因(YWHAH、PRKACB、PSMB9、FAS、GZMA、CASP1),其表达水平与肾小球滤过率呈负相关,与血肌酐水平及免疫细胞浸润呈正相关。泛凋亡相关风险评分可有效区分DKD与正常对照,并识别出一类免疫浸润增强、肾功能受损的高风险亚群。调控网络分析显示,关键枢纽基因受miRNA与转录因子的集中调控。成药性分析表明,CASP1、FAS、PSMB9 及 PRKACB具备良好实验基础与药物开发潜力,DGIdb筛选出多个可靶向这些分子的重定位药物。

结论:本研究系统揭示了DKD中凋亡、焦亡与坏死性凋亡的广泛异常及相互串扰,提出泛凋亡是驱动肾小管间质损伤的核心统一机制。6 个泛凋亡枢纽基因及其构建的风险评分具有较高诊断价值;整合调控网络与成药性分析提示,CASP1、FAS、PSMB9 和 PRKACB 可作为DKD中以泛凋亡为核心干预策略的潜在生物标志物与治疗靶点。

**关键词:**糖尿病肾病、DrugnomeAI、免疫浸润、机器学习、泛凋亡(PANoptosis)、肾小管及肾小管间质

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