Canu v2.3 安装与使用--生信工具106

Canu 是基于 Celera 组装器二次开发而来的组装软件，专为高噪声单分子测序数据（如 PacBio RS II/Sequel、牛津纳米孔 MinION 测序数据）设计开发。

https://github.com/marbl/canu   #官网

Canu 采用层级式组装流程，整体分为四大步骤：

1. 利用 MHAP 算法识别高噪声测序读长之间的重叠区域
2. 生成校正后的序列一致性序列
3. 对校正完成的序列进行修剪处理
4. 基于修剪后的优质校正序列完成最终组装

注意事项

Canu 现已停止维护，自 2021 年前后便不再进行功能迭代开发，也未针对近年新型测序数据做参数适配与性能测试。 除非你组装的是早年旧版测序数据，否则建议选用 Flye、Hifiasm、Verkko 等新一代主流长读长组装软件。

配图说明：《基因组研究》期刊封面图 ------暗夜沉寂，静待 HiCanu 迎来曙光，由 Arang Rhie 绘制。

安装须知

切勿下载 zip 格式源码包，该格式存在文件缺失问题，无法正常编译，属于 Git 工具本身固有缺陷。

最简安装方式

直接下载官方编译好的二进制发布包。 不推荐使用系统包管理器安装；若无其他选择，可参考以下命令：

# Conda安装
conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults canu
# Homebrew安装
brew install brewsci/bio/canu

也可编译开发分支最新源码版本：该版本未经过正式版完备测试，可能存在未知漏洞，组装效果也未必最优，编译前需根据系统提前安装依赖环境。

git clone https://github.com/marbl/canu.git
cd canu/src
make -j 线程数

不同系统编译依赖

1. Linux 系统 需提前安装开发依赖库；推荐安装新版libboost1.83-all-dev（非强制） Ubuntu 系统安装依赖：

   apt install zlib1g-dev libcurl4-openssl-dev libssl-dev liblzma-dev libbz2-dev

2. FreeBSD 系统 需通过软件源安装 libboost 库，支持 clang14 及以上、gcc9 及以上编译器，依赖 Java18 环境。

• 使用 clang 编译：必须使用软件源自带 libboost bash

  gmake

• 使用 gcc 编译：可选用软件内置或系统自带 libboost bash

  # 使用软件内置boost
  gmake CC=gcc9 CXX=g++9 BOOST=libboost
  # 使用系统自带boost
  gmake CC=gcc9 CXX=g++9

1. 苹果 Apple Silicon 芯片 需安装 libboost 库与 Java 环境，推荐 Homebrew 安装，仅支持 clang14+、gcc9+，不兼容 Xcode 默认编译器

   brew install llvm openjdk boost

   调用内置boost编译

   make CC=gcc-11 CXX=g++-11 BOOST=libboost

   调用系统自带boost编译

   make CC=gcc-11 CXX=g++-11

如需配置 Java 环境变量，写入.zshrc：

export JAVA_HOME=/opt/homebrew/opt/openjdk

英特尔架构 Mac 系统配置基本一致，暂无实测验证。

第三方非官方 Docker 镜像地址：https://hub.docker.com/r/greatfireball/canu/

学习使用

快速入门教程可快速上手组装流程，详细教程可查阅官方文档深入了解原理。

运行命令

查看简易帮助：

./canu

查看全部运行参数：

./canu -options