上一节中，我们已经发现 p53 的 Phe19、Leu22、Trp23 和 Leu26 与 Mdmx 存在较多接触。
但这里还有一个很重要的问题：
这些残基现在的结构，已经把 Mdmx 的结合口袋填满了吗？
比如一个 Trp 已经伸进了疏水口袋，但它旁边可能仍然存在没有被利用的空间。
这时候，只看氢键 和Contact List就不够了。
我们需要开始看：
蛋白表面到底长什么样。
Molecular Surface：先看"蛋白真正的边界"
定义是：
通过一个探针在分子表面滚动来计算分子表面，平均距离大约位于原子核外 1.6--2 Å 左右。
它可以帮助我们直观地理解：
蛋白哪里凸出来，哪里凹进去，哪里形成了口袋。
在蛋白--肽复合物中，如果肽的表面与蛋白 Molecular Surface 紧密贴合，说明二者在几何上具有较好的互补性。
如果两者之间存在明显空隙，则意味着这一块空间可能没有被充分利用。
反过来，如果肽的原子明显"钻进"蛋白表面，就可能出现steric clash。
课程对 Molecular Surface 给出的解释也很直接：
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两个表面没有接触：说明相互作用有限；
-
肽表面刚好接触蛋白表面：属于较合理的接触；
-
肽表面明显穿入蛋白表面：提示空间冲突。
因此，Molecular Surface 更像是在回答一个几何问题：
这条肽是否真正"贴合"了这个蛋白口袋？
Interaction（VDW）Surface：看最佳接触位置
定义为一个 0 kcal/mol 的 van der Waals 能量等值面 ，平均距离大约在 3--3.5 Å。
它和 Molecular Surface 的观察方式稍微不同。
这里重点看的是：
肽的原子核相对于蛋白 VDW interaction surface 的位置。
如果 ligand atom 距离这个表面很远，说明两者接触较弱；
如果原子刚好接近这个表面，通常意味着比较合适的范德华相互作用接触；
如果原子明显穿透，就提示可能存在 steric clash。
课程把明显穿透超过约 0.5 Å 的情况作为空间冲突的例子。
因此：
Molecular Surface 更适合看形状互补；Interaction Surface 更适合观察原子是否处在合理的 VDW 接触位置。
回到 Mdmx--p53：哪些残基真正埋进了结合槽？
为 Mdmx 生成 Protein Surface。
此时可以非常直观地看到：
p53 的 Phe19、Trp23 和 Leu26 被埋在 Mdmx 的 peptide-binding groove 中。
这些位置的突变可能为后续 peptide optimization 提供机会。
这个信息和上一节的 Protein Contacts 正好形成呼应。
Protein Contacts 告诉我们：
这些残基接触很多。
Surface 又进一步告诉我们：
它们伸进了 Mdmx 的结合槽。
因此，这几个位置值得重点关注就不再只是因为"接触数量多"，而是同时具有明确的空间基础。
只看口袋形状还不够：这个表面是疏水还是亲水？
MOE 还可以按照 Lipophilicity 给蛋白表面着色。
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绿色代表疏水区域；
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白色代表中性区域；
-
紫色代表亲水区域。
这一步非常重要。
因为同样是一个没有被完全占据的空间：
如果它位于明显的疏水表面附近，我们可能更希望引入疏水基团；
如果附近环境明显亲水 ，就需要考虑极性相互作用。
也就是说，从这里开始，我们已经不只是问：
"这里有没有空间？"
而是进一步问：
"这个空间喜欢什么样的化学基团？"
Protein Patches：把连续的疏水区域直接找出来
如果只是看整个 Lipophilicity Surface，有时候仍然不容易判断哪些区域真正形成连续的疏水斑块。
于是继续使用：
Surface → Protein Patches
来识别 Mdmx 表面的不同性质区域。
结果非常直观：
最大的 hydrophobic patch 位于 peptide-binding groove，也就是 p53 所结合的区域。
这和前面所有结果再次吻合：
Phe、Trp、Leu 这些疏水侧链之所以能够成为重要结合残基，并不是偶然的。
它们实际上正好位于 Mdmx 的疏水结合槽中。
于是我们开始得到一个更加完整的结合图景：
Contact Analysis
告诉我们谁和谁发生接触；
↓
Molecular Surface
告诉我们口袋的空间形状；
↓
Interaction Surface
告诉我们原子的 VDW 接触是否合适；
↓
Lipophilicity / Protein Patches
告诉我们这个空间偏好什么样的化学性质。
Surface 怎么帮助我们设计？
接下来：
把 p53 上的氢原子显示出来，同时观察 Interaction Surface。
如果发现某个氢原子距离 interaction surface 还有空间，就意味着这个位置可能还有继续向外延伸的可能。
因此这里就可以思考：
这里的 Hydrogen 能不能换成 Chlorine？
也就是说，Surface 不只是用来"画漂亮的蛋白表面"。
它真正的用途是：
帮助我们寻找尚未被充分利用的空间。
这就是结构基础肽优化最经典的思路之一：
先找到已有关键结合残基，再观察它周围是否还有可以利用的空间，然后提出新的结构修饰方案。
本篇小结
Protein Contacts 告诉我们"哪些残基重要"，而 Surface 分析进一步告诉我们：
这些残基为什么重要，以及它们周围还有没有继续优化的空间。
在 Mdmx--p53 案例中，Phe19、Trp23 和 Leu26 深入结合槽，而 Mdmx 的主要 hydrophobic patch 恰好也位于这一区域。
到这里，我们已经开始从"描述已有结构"转向"提出新的设计假设"。
但只知道某个位置存在空间还不够。
下一步还需要回答：
这个位置究竟需要疏水基团、氢键供体，还是氢键受体？
下一篇我们将进入 MOE Electrostatic Map，进一步分析结合位点需要什么样的化学功能团，并看看课程是如何从电势图直接提出 Leu22、Leu26 和 Phe19 的突变设计方案的。