Linux基础入门（学习笔记通俗易懂版）
本文章是学习了Linux的学习记录，着重记录了我对于Linux各命令的用法与感悟，欢迎各位大佬批评指正
记录者：CYH-BI
记录日期：2023年7月7日
本篇文章将使用虚拟机并安装centos 进行实操。关于虚拟机的安装请看其他教程，篇幅过长，不一展示。
Linux简介部分
Linux起初由Linus Torvalds与1991年编写，本质上是一个UNIX操作系统。目前的发行版本有Linux内核、shell环境、桌面软件、各类系统管理软件和应用软件共同构成的一个完整的Linux操作系统。在终端输入命令后，系统将命令输给内核执行，将返回的结果输出到指定位置。
根文件系统结构简介
文件系统结构与window系统类似（但差异较大），Linux系统含有一个根目录（/），该目录下又含有众多二级目录，如：
- /bin （binary）:存放可执行文件
- /dev (device):存放设备文件和特殊文件 （比如光盘）
- /etc ：存放系统配置文件
- /home :普通的主目录所在位置
- /lib :存放基本共享文件和内核模块
- /mut (mount): 用于为需要挂在的文件系统提供挂在点（比如U盘）
- /proc (process)：存放于内核和进程有关的信息
- /root :根目录的主目录
- /usr (user)：存放可共享的只读数据文件
- /var (variable)：存放分类数据文件
路经的使用于window类似，比如我要进入某用户（lh）目录下的my目录,那么全路径为：/home/lh/my
第一个 / 表示根目录，lh用户在home目录下，my目录在lh下。
基本命令用法即实操
-
shutdown
功能：关闭、重启系统
命令格式：
shellshutdown [选项] 时间主要参数：
-r (reboot) :重启系统
-h (halt) ：关闭系统
-P (poweroff) :关机（关闭系统与电源）
用法举例：
shellshutdown -h 5 #5分钟后关机 shutdown -r #立即重启系统 shutdown -r 5 #5分钟后重启系统 #上述太麻烦了，花里胡哨的，我一般使用下面的 reboot #重启系统 poweroff #立即关机 -
clear :清除当前屏幕（或终端）上显示的内容
-
su :普通用户转root用户，普通用户是 $ 开头，root 用户是 # 开头。该命令需要输入密码，且密码不可见，需要盲打。
-
man (manual):显示命令的说明手册
命令格式：
shellman 命令名如果你某个命令忘记了如何使用或者是命令有哪些参数，该命令可以给出详解，举例如下
shell[cyh@localhost Desktop]$ man shutdown #回车，弹出说明文档，按q退出man 命令麻烦了一点，我更喜欢命令加 --help 来显示用法，比如：
shell[cyh@localhost Desktop]$ shutdown --help #直接在屏幕输出各参数以及用法 shutdown [OPTIONS...] [TIME] [WALL...] Shut down the system. --help Show this help -H --halt Halt the machine -P --poweroff Power-off the machine -r --reboot Reboot the machine -h Equivalent to --poweroff, overridden by --halt -k Don't halt/power-off/reboot, just send warnings --no-wall Don't send wall message before halt/power-off/reboot -c Cancel a pending shutdown [cyh@localhost Desktop]$ -
history :查看你使用过的所有命令，默认显示所有，可以指定显示条数（最近的）
命令格式：
shellhistory [查看命令行数]用法举例：
shell[cyh@localhost Desktop]$ history 10 #显示最后10行 448 vim log2.sh 449 cat log2.sh 450 bash log2.txt 451 bash log2.sh 452 who 453 who -q 454 man shutdown 455 shutdown --help 456 history -10 457 history 10 -
ls （list）命令
功能：默认显示当前目录下的文件列表。如果所给参数是指定到某文件，则列出该文件有关信息
主要选项：
-a (all)：表示列出目录所有项，包括以" . "开始的隐藏文件
-l (list)：以列表形式列出文件
-d (directory)：仅列出目录本身信息
-R（recursive）：递归列出子目录内容
部分举例如下：
shell[cyh@localhost Desktop]$ ls #在我的桌面上有6个文件，使用ls命令显示 gen2go.txt gene2go log2.sh log2.txt log.txt shiyan5 [cyh@localhost Desktop]$ ls ./shiyan5 #列出shiyan5中所有文件，"./"表示当前文件路径，是"/home/cyh/Desktop"的简写，与ls /home/cyh/Desktop/shiyan5是一样的 guess_number.sh identical_line.sh identical_filebreaklines2.sh identical_user.sh identical_filebreaklines.sh sum_and_product2.sh identical_file.sh [cyh@localhost Desktop]$ ls -l #-l参数，以列表形式列出文件 total 218464 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 194901303 Jun 13 03:58 gene2go -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 63 Jul 6 09:37 log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 log.txt drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 233 Apr 22 03:27 shiyan5 [cyh@localhost Desktop]$ ls -a #表示列出目录所有项，包括以" . "开始的隐藏文件，结果显示有两个隐藏文件 . .. gen2go.txt gene2go log2.sh log2.txt log.txt shiyan5 [cyh@localhost Desktop]$ ls -d #仅列出目录本身信息 . [cyh@localhost Desktop]$ ls -R #递归列出子目录，在shiyan5文件中，含有子文件，也一一列出 .: gen2go.txt gene2go log2.sh log2.txt log.txt shiyan5 ./shiyan5: guess_number.sh identical_line.sh identical_filebreaklines2.sh identical_user.sh identical_filebreaklines.sh sum_and_product2.sh identical_file.sh [cyh@localhost Desktop]$ ls -lR #参数可以叠加使用，以列表的形式递归列出文件 .: total 218464 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 194901303 Jun 13 03:58 gene2go -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 63 Jul 6 09:37 log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 log.txt drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 233 Apr 22 03:27 shiyan5 ./shiyan5: total 28 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 361 Apr 22 03:24 guess_number.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 228 Apr 22 02:16 identical_filebreaklines2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 338 Apr 22 02:05 identical_filebreaklines.sh-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 205 Apr 22 01:01 identical_file.sh -rwxrw-r--. 1 cyh cyh 191 Apr 21 02:18 identical_line.sh -rwxrw-r--. 1 cyh cyh 214 Apr 21 03:06 identical_user.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 185 Apr 22 02:56 sum_and_product2.sh -
pwd （print working directory）命令，字面意思，打印当前的目录（工作目录）完整路径
命令格式：
shellpwd [选项]举例如下：
shell[cyh@localhost Desktop]$ pwd /home/cyh/Desktop -
cd （change directory）更改当前目录，不加参数转跳到用户的主目录
命令格式：
shellcd [选项] [文件或目录路径]举例如下：
shell[cyh@localhost Desktop]$ cd ./shiyan5 #更改路径到shiyan5 [cyh@localhost shiyan5]$ pwd #显示当前目录完整路径 /home/cyh/Desktop/shiyan5 [cyh@localhost shiyan5]$ cd #不加任何参数，转跳至用户主目录，可看下行"~" [cyh@localhost ~]$ cd /home/cyh/Desktop/shiyan5 #使用全路径 [cyh@localhost shiyan5]$ #到达shiyan5目录shell[cyh@localhost shiyan5]$ cd .. #返回上一层目录 [cyh@localhost Desktop]$ cd ../.. #返回上两层目录 -
stat 获取某文件基本信息
命令格式：
shellstat 文件或路径举例：
shell[cyh@localhost shiyan5]$ ll #查看以下该目录下有什么文件 total 28 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 361 Apr 22 03:24 guess_number.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 228 Apr 22 02:16 identical_filebreaklines2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 338 Apr 22 02:05 identical_filebreaklines.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 205 Apr 22 01:01 identical_file.sh -rwxrw-r--. 1 cyh cyh 191 Apr 21 02:18 identical_line.sh -rwxrw-r--. 1 cyh cyh 214 Apr 21 03:06 identical_user.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 185 Apr 22 02:56 sum_and_product2.sh [cyh@localhost shiyan5]$ stat ./sum_and_product2.sh #查看该目录下sum_and_product2.sh文件，结果如下所示 File: './sum_and_product2.sh' Size: 185 Blocks: 8 IO Block: 4096 regular file Device: fd00h/64768d Inode: 78261 Links: 1 Access: (0664/-rw-rw-r--) Uid: ( 1000/ cyh) Gid: ( 1000/ cyh) Context: unconfined_u:object_r:user_home_t:s0 Access: 2023-04-22 02:56:37.126073472 -0400 Modify: 2023-04-22 02:56:33.784094697 -0400 Change: 2023-04-22 02:56:33.785094676 -0400 Birth: - [cyh@localhost shiyan5]$ -
touch 命令
更新一个文件的访问和修改时间，如果没有该文件则新建该文件（我一般用来新建文件）
命令格式：
shelltouch 文件或路径目录举例：
shell[cyh@localhost Desktop]$ touch first_file.txt #在桌面上新建first_file.txt文件 [cyh@localhost Desktop]$ ll #查看以下桌面文件，ll为' ls -l '的简写 total 218464 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 first_file.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 194901303 Jun 13 03:58 gene2go -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 63 Jul 6 09:37 log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 log.txt drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 233 Apr 22 03:27 shiyan5 [cyh@localhost Desktop]$ -
mkdir 命令：新建目录
部分参数：
-p 递归创建目录
-m 给文件赋予某权限（请看下一个命令）
命令格式：
shellmkdir 目录路径举例：
shell[cyh@localhost Desktop]$ mkdir first_dir #在当前目录下创建first_dir文件夹 [cyh@localhost Desktop]$ ls -l #查看结果中是否有first_dir文件（结果第一个就是） total 218464 drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 6 Jul 11 12:14 first_dir -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 first_file.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 194901303 Jun 13 03:58 gene2go -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 63 Jul 6 09:37 log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 log.txt drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 233 Apr 22 03:27 shiyan5
看到这里，新手就有疑惑了，有很多东西看不懂，比如，使用 ll -l 命令返回结果怎么看，那么请看如下：
shell
drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 6 Jul 11 12:14 first_dir
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 first_file.txt在这里我截取了部分文件信息，我拆开来解释：
shell
drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 6 Jul 11 12:14 first_dir
第一个字母 d ,表示这是一个目录（directory）,如果是 - ，代表这是个文件
rwxrwxr-x ,r 代表可读(read), w 代表可写(write)，x 代表可执行，- 代表没有
前三个表示管理员（root）对该文件所拥有的权限(rwx,可读可写可执行）
中间三个表示该文件的拥有者对该文件所拥有的权限(rwx,可读可写可执行)
左后三个表示除了上面两种，其他人对该文件所拥有的权限(r-x,可读不可写可执行)
rwx可用数字表示，r=4,w=2,x=1
cyh 第一个表示用户名，第二个表示所属组
6 Jul 11 12:14 创建或修改日期创建一个最高权限的first_file2目录
shell
mkdir -m 777 first_file2第一个7，表示管理员拥有的权限，4+2+1 （rwx）,同理，第二个表示目录所属者，第三个所属组其他人
-
mv 命令
功能：移动或重命名文件或目录
命令格式：
shellmv [选项] 源文件或目录路径 目标文件或目录路径主要选项：
-b (backup)：如果存在同名文件，覆盖前先备份原来的文件。
-f (force)：强制覆盖同名文件
使用举例：
shell[cyh@localhost first_dir]$ touch test1 test2 #先创建两个文件 [cyh@localhost first_dir]$ ll #查看一下结果，该命令为 ls -l 的缩写 total 0 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test2 [cyh@localhost first_dir]$ mv -b test2 test1 #将test2改名为test1 [cyh@localhost first_dir]$ ll #查看一下结果，该命令为 ls -l 的缩写,test1~表示备份文件 total 0 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1~ [cyh@localhost first_dir]$ mv test1 /home/cyh/Desktop/shiyan5 #将test1移动到这个目录 [cyh@localhost first_dir]$ ll /home/cyh/Desktop/shiyan5 #查看结果，有test1文件 total 28 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 361 Apr 22 03:24 guess_number.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 228 Apr 22 02:16 identical_filebreaklines2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 338 Apr 22 02:05 identical_filebreaklines.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 205 Apr 22 01:01 identical_file.sh -rwxrw-r--. 1 cyh cyh 191 Apr 21 02:18 identical_line.sh -rwxrw-r--. 1 cyh cyh 214 Apr 21 03:06 identical_user.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 185 Apr 22 02:56 sum_and_product2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1 [cyh@localhost first_dir]$ -
cp （copy）复制文件或目录
命令格式：
shellcp [选项] 源文件或者目录路径 目标文件或路径主要选项：
-f (force)：强制覆盖同名文件
-b (backup)：如果存在同名文件，覆盖前先备份原来的文件。
-r (recursive)：以递归的方式复制文件（一个目录里可能还有目录，该该项可以复制目录里面的所有所有）
举例：
shell[cyh@localhost first_dir]$ ll #查看first_dir内容 total 0 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1~ [cyh@localhost first_dir]$ cp /home/cyh/Desktop/shiyan5/test1 /home/cyh/Desktop/first #将shiyan5中的test1文件复制到first_dir中 _dir [cyh@localhost first_dir]$ ll #再次查看first_dir内容 total 0 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:22 test1 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1~ [cyh@localhost first_dir]$ ll /home/cyh/Desktop/shiyan5 #查看shiyan5内容，test1还在 total 28 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 361 Apr 22 03:24 guess_number.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 228 Apr 22 02:16 identical_filebreaklines2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 338 Apr 22 02:05 identical_filebreaklines.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 205 Apr 22 01:01 identical_file.sh -rwxrw-r--. 1 cyh cyh 191 Apr 21 02:18 identical_line.sh -rwxrw-r--. 1 cyh cyh 214 Apr 21 03:06 identical_user.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 185 Apr 22 02:56 sum_and_product2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1 [cyh@localhost first_dir]$ cp -r /home/cyh/Desktop/shiyan5 /home/cyh/Desktop/first_di #复制目录，将shiyan5整个目录复制到first_dir中 r [cyh@localhost first_dir]$ ll #查看一下first_dir中的内容，存在shiyan5且是个目录 total 0 drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:26 shiyan5 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:22 test1 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1~ [cyh@localhost first_dir]$ ll /home/cyh/Desktop #查看一下桌面上的shiyan5还在不在，答案是在 total 218464 drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 48 Jul 13 01:26 first_dir -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 first_file.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 194901303 Jun 13 03:58 gene2go -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 63 Jul 6 09:37 log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 log.txt drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:11 shiyan5 [cyh@localhost first_dir]$当一个目录里有许多文件时，复制该目录时，应使用递归复制（-r）,否则报错哦！
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rm (remove)：该命令用于删除文件或目录
命令格式：
shellrm [选项] 文件或路径-f (force)：强制删除文件
-r (recursive)：递归的意思，可以删除某目录下的所有文件基子目录
用法举例：
shell[cyh@localhost first_dir]$ ll #查看该目录下有什么 total 0 drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:26 shiyan5 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:22 test1 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:05 test1~ [cyh@localhost first_dir]$ rm test1~ #删除test1~备份文件 [cyh@localhost first_dir]$ ll #查看结果，删掉了 total 0 drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:26 shiyan5 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 13 01:22 test1 [cyh@localhost first_dir]$ rm -r /home/cyh/Desktop/first_dir #递归删除first_dir目录中的内容 [cyh@localhost first_dir]$ ll #查看结果，显示温控 total 0 [cyh@localhost first_dir]$有些文件需要还能加参数 -f ，但是请谨慎操作，一旦使用 -f 删除，就永久删除，无法找回。
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rmdir :删除目录，特别注意只能删除空目录
用法举例：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ ll total 0 drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 6 Jul 29 09:58 shiyan2 drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng [cyh@localhost shiyan1]$ rmdir shiyan_feikng rmdir: failed to remove 'shiyan_feikng': Directory not empty #提示错误，目录不为空 [cyh@localhost shiyan1]$ ll shiyan2 #shiyan2为空 total 0 [cyh@localhost shiyan1]$ rmdir shiyan2 #空目录删除 [cyh@localhost shiyan1]$ ll total 0 drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng -
cat (concatenate) :查看文件内容
命令格式：
shellcat [选项] 文件路径-n 显示行号（number）
用法举例：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt #当前目录下查看sample.txt文件内容 The linux system is great I like it 2023.07.29 [cyh@localhost shiyan1]$ cat -n sample.txt #显示行号 1 2 The linux system is great 3 I like it 4 2023.07.29 [cyh@localhost shiyan1]$ cat --help #其他参数详细如下 Usage: cat [OPTION]... [FILE]... Concatenate FILE(s), or standard input, to standard output. -A, --show-all equivalent to -vET -b, --number-nonblank number nonempty output lines, overrides -n -e equivalent to -vE -E, --show-ends display $ at end of each line -n, --number number all output lines -s, --squeeze-blank suppress repeated empty output lines -t equivalent to -vT -T, --show-tabs display TAB characters as ^I -u (ignored) -v, --show-nonprinting use ^ and M- notation, except for LFD and TAB --help display this help and exit --version output version information and exit With no FILE, or when FILE is -, read standard input. Examples: cat f - g Output f's contents, then standard input, then g's contents. cat Copy standard input to standard output. GNU coreutils online help: <http://www.gnu.org/software/coreutils/> For complete documentation, run: info coreutils 'cat invocation' -
more :显示内容，首先显示一个屏幕的内容，如果内容过多，一个屏幕显示不下，需要按Enter 键显示下一行，按Space 显示下一屏的内容，按Ctrl + c 退出。
命令格式：
shellmore 文件路径用法举例，我手套有个人类基因组功能注释文件，很大。
shell[cyh@localhost Desktop]$ more gen2go.txt 9606 1 GO:0003674 ND enables molecular_function - Function 9606 1 GO:0005576 HDA located_in extracellular region 27068509 Component 9606 1 GO:0005576 IDA located_in extracellular region 3458201 Component 9606 1 GO:0005576 TAS located_in extracellular region - Component 9606 1 GO:0005615 HDA located_in extracellular space 16502470 Component 9606 1 GO:0005886 IBA is_active_in plasma membrane 21873635 Component 9606 1 GO:0008150 ND involved_in biological_process - Process 9606 1 GO:0031093 TAS located_in platelet alpha granule lumen -Component 9606 1 GO:0034774 TAS located_in secretory granule lumen - Component 9606 1 GO:0062023 HDA located_in collagen-containing extracellular matrix 27559042 Component --More--(0%) -
tail :显示文本文件末尾部分，默认显示10行
命令格式：
shelltail [选项] 文件路径-n 指定显示行数
用法举例：
shell[cyh@localhost Desktop]$ tail gen2go.txt #默认显示最后10行 9606 124188214 GO:0003677 IEA enables DNA binding - Function 9606 124188214 GO:0005634 IEA located_in nucleus - Component 9606 124188214 GO:0030527 IEA enables structural constituent of chromatin - Function 9606 124188214 GO:0046982 IEA enables protein heterodimerization activity - Function 9606 125316803 GO:0005515 IPI enables protein binding 32958672 Function 9606 125316803 GO:0005615 IDA located_in extracellular space 32958672 Component 9606 125316803 GO:0005730 IDA located_in nucleolus 32958672 Component 9606 127138866 GO:0003674 ND enables molecular_function - Function 9606 127138866 GO:0008150 ND involved_in biological_process -Process 9606 127138866 GO:0016020 IEA located_in membrane - Component [cyh@localhost Desktop]$ tail -n 2 gen2go.txt #指定显示最后两行 9606 127138866 GO:0008150 ND involved_in biological_process -Process 9606 127138866 GO:0016020 IEA located_in membrane - Component [cyh@localhost Desktop]$ tail --help #查看其他参数及参数详解 Usage: tail [OPTION]... [FILE]... Print the last 10 lines of each FILE to standard output. With more than one FILE, precede each with a header giving the file name. With no FILE, or when FILE is -, read standard input. Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too. -c, --bytes=K output the last K bytes; or use -c +K to output bytes starting with the Kth of each file -f, --follow[={name|descriptor}] output appended data as the file grows; an absent option argument means 'descriptor' -F same as --follow=name --retry -n, --lines=K output the last K lines, instead of the last 10; or use -n +K to output starting with the Kth --max-unchanged-stats=N with --follow=name, reopen a FILE which has not changed size after N (default 5) iterations to see if it has been unlinked or renamed (this is the usual case of rotated log files); with inotify, this option is rarely useful --pid=PID with -f, terminate after process ID, PID dies -q, --quiet, --silent never output headers giving file names --retry keep trying to open a file if it is inaccessible -s, --sleep-interval=N with -f, sleep for approximately N seconds (default 1.0) between iterations; with inotify and --pid=P, check process P at least once every N seconds -v, --verbose always output headers giving file names --help display this help and exit --version output version information and exit -
wc (word count) 显示文件行数，单词数，字节数等
命令格式：
shellwc [选项] 文件列表或目录-c (character) :显示文件字节数
-l (line) :显示行数
-w (word) : 显示单词数
用法举例：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ wc -clw sample.txt #查看文件行数4，单词数9，字节数48 4 9 48 sample.txt [cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt #确认文件（第一行什么都没有，没有内容，也是一行） The linux system is great I like it 2023.07.29 [cyh@localhost shiyan1]$ wc --help #查看全部选项详解 Usage: wc [OPTION]... [FILE]... or: wc [OPTION]... --files0-from=F Print newline, word, and byte counts for each FILE, and a total line if more than one FILE is specified. With no FILE, or when FILE is -, read standard input. A word is a non-zero-length sequence of characters delimited by white space. The options below may be used to select which counts are printed, always in the following order: newline, word, character, byte, maximum line length. -c, --bytes print the byte counts -m, --chars print the character counts -l, --lines print the newline counts --files0-from=F read input from the files specified by NUL-terminated names in file F; If F is - then read names from standard input -L, --max-line-length print the length of the longest line -w, --words print the word counts --help display this help and exit --version output version information and exit GNU coreutils online help: <http://www.gnu.org/software/coreutils/> For complete documentation, run: info coreutils 'wc invocation' -
date 查看时间（电脑或服务器系统显示时间）,也可以修改系统时间
举例：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ date #2023年7月29号下午十点45分55秒星期六 Sat Jul 29 10:45:55 EDT 2023我一般用于查看脚本运行了多少时间，在命令前后各一个，如下
shell[cyh@localhost Desktop]$ cat log2.sh #先查看一下脚本内容 #!/bin/bash echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") #显示运行for循环结束前系统时间 for i in {1,2,3} #for循环 do echo "I like R " #循环输出该内容 done echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") #显示运行for循环结束后系统时间 [cyh@localhost Desktop]$ bash log2.sh #运行脚本，时间太短， 2023-07-29 10:54:34 I like R I like R I like R 2023-07-29 10:54:34 [cyh@localhost Desktop]$ -
who :列出当前系统的登入用户
命令格式：
shellwho [选项]-q 显示当前所有登录的用户名及当前在线人数
用法举例：
shell[cyh@localhost Desktop]$ who #我远程登入使用两个窗口，所以有pts/0与pts/1之分 cyh :0 2023-07-29 09:56 (:0) cyh pts/0 2023-07-29 09:57 (192.168.1.9) cyh pts/1 2023-07-29 10:10 (192.168.1.9) [cyh@localhost Desktop]$ who -q #一个root(cyh)，其他是远程登录的不同窗口（可以认为一个账户户不同登入） cyh cyh cyh # users=3 [cyh@localhost Desktop]$
文本编辑
在看到这里，观众老爷们会问，什么是文本编辑。这个问题好哇！很容易理解，其实就是编辑文本，像word一样，改变文本内容。常用的文本编辑器是vi ，不同的发行版也有其他的文本编辑器，比如：gedit 、Emacs 、nano 等。我一般使用vim ，vim 是vi 的升级版。
vim 编辑器有三种工作模式：命令模式、编辑模式、末行模式。
-
命令模式
使用 vi [文件路径] ** 就可以启动 vim** 编辑器进入命令模式，文件路径可以指定编辑文件所在位置，如果文件不存在就会创建一个新的文件。使用vi [文件路径] ** 命令后会转调至编辑页面，此时文件还无法输入字符。需要按某个字母就可以进行编辑，并且编辑器最后一行会显示"--INSERT--"** 就表明进入编辑模式可以进行编辑。字母有以下：
- i :按i 之后就可以在光标当前位置输入字符，并进入编辑模式
- a :在当前光标的下一个位置开始输入字符，并进入编辑模式
- /字符串 ：该命令非常方便定位在第一个特定字符后。按下**/** 后屏幕底部会出现**/** ，在**/** 号的后面输入你需要搜索的字符，后按Enter 后会从当前位置向尾部搜索，并定位在第一个匹配的字符串旁。非常方便在文字较多的文本。
- 等等还有好多（自行探索）
-
编辑模式
在使用命令模式按相应所需字符后，就可以进入编辑模式，该模式下就可以进行文本编辑。如果需要退出就需要按Esc 键重新回到命令模式
-
末行模式
当文本编辑完成后，按Esc 键由编辑模式回到命令模式，在按 ： 号（冒号） 就可以进入末行模式，并在编辑器底部显示 " : " ，后面接末行模式下命令提示符，命令提示符如下：
- w :写入到启动编辑器时你定义的指定路径下的文件中，可以理解为保存文件。
- q :退出编辑器，会提示你保存更改后文件，如果没有更改文件就不会有提示
- q! :强制退出编辑器，所编辑的文件全部 不 保存。
- wq :保存文本并退出编辑器
- wq! : 强制性保存文本并退出编辑器
用法举例：
shell
vim /home/cyh/Desktop/sample.txt #使用该命令后会进入编辑器，进入命令模式
#按命令模式中你所需要的字符，例如 i ，在当前光标位置输入文本，编辑器底部出现--INSERT--，进入编辑模式
# 编辑文本.... 编辑后按Esc键，退出编辑模式，进入命令模式，按冒号进入末行模式，编辑器底部出现冒号
#在冒号后输入末行模式你需要的字符后回车，系统按你输入的指令执行符号、特殊符号、正则表达式、重定向、管道符的使用
该部分是在学习前面部分的进阶。灵活度与难度较大。但勤加练习又很简单
通配符
通配符号有好多种，包括 ** * ** 、? 、[ ] 、- 、！ 等
-
***** 用于用于表示任意长度的任何字符
用法举例：
shell[cyh@localhost etc]$ cd /etc/abrt [cyh@localhost abrt]$ ll total 12 -rw-r--r--. 1 root root 850 Oct 1 2020 abrt-action-save-package-data.conf -rw-r--r--. 1 root root 2118 Oct 1 2020 abrt.conf -rw-r--r--. 1 root root 31 Oct 1 2020 gpg_keys.conf drwxr-xr-x. 2 root root 95 Mar 12 09:47 plugins [cyh@localhost abrt]$ ls -l /etc/abrt/*.conf #查看该文件下以.conf结尾的文件 -rw-r--r--. 1 root root 850 Oct 1 2020 /etc/abrt/abrt-action-save-package-data.conf -rw-r--r--. 1 root root 2118 Oct 1 2020 /etc/abrt/abrt.conf -rw-r--r--. 1 root root 31 Oct 1 2020 /etc/abrt/gpg_keys.conf -
? 表示任意一个字符，能够更准确的找到忘记文件名有摸棱两可的文件。
用法举例：
shell[cyh@localhost Desktop]$ ll total 218464 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 first_file.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 194901303 Jun 13 03:58 gene2go -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 124 Jul 29 10:53 log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 log.txt drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 45 Jul 29 10:09 shiyan1 drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:11 shiyan5 [cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/???.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 /home/cyh/Desktop/log.txt [cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/????.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 /home/cyh/Desktop/log2.txt [cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/??.txt ls: cannot access /home/cyh/Desktop/??.txt: No such file or directory [cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/l??.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 /home/cyh/Desktop/log.txt [cyh@localhost Desktop]$由上面的结果可以看出，必须是一个问号匹配一个字符。
-
[ ] 、- 用于指定符号或者是数值的范围，！ 表示非（相反的）
用法举例：
shell[cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/[a-z]*.* #显示a到z开头的所有格式的文件 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 /home/cyh/Desktop/first_file.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 /home/cyh/Desktop/gen2go.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 124 Jul 29 10:53 /home/cyh/Desktop/log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 /home/cyh/Desktop/log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 /home/cyh/Desktop/log.txt [cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/[g-k]*.* #显示g到k开头的所有格式的文件 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 /home/cyh/Desktop/gen2go.txt [cyh@localhost Desktop]$ ls -l /home/cyh/Desktop/[!g-k]*.* ##显示除g到k开头外的所有格式的文件 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 /home/cyh/Desktop/first_file.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 124 Jul 29 10:53 /home/cyh/Desktop/log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 /home/cyh/Desktop/log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 /home/cyh/Desktop/log.txt [cyh@localhost Desktop]$
特殊符号
特殊字符有：分号（; ）、& 、转义字符（ \ ** ）、输入重定向（ < 、<<** ）、输出重定向（>、>> ）、管道符 （| ）等
-
分号（; ）
当需要连续运行几条命令并且不想写脚本时，这是命令之间就可以使用分号（ ; ）隔开，且命令是连续运行的，输出结果是连续运行后的输出结果。
举例如下：
shell[cyh@localhost Desktop]$ ll #先查看以下桌面的文件 total 218464 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 first_file.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 194901303 Jun 13 03:58 gene2go -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 124 Jul 29 10:53 log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 log.txt drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 45 Jul 29 10:09 shiyan1 drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:11 shiyan5 [cyh@localhost Desktop]$ cd ~ #返回到根目录 [cyh@localhost home]$ cd /home;cd cyh;cd Desktop;cd shiyan1 #使用分号连续执行命令 [cyh@localhost shiyan1]$ #返回结果，目录更该到了shiyan1
正则表达式
正则表达式是一种由特定语法规则定义的模式匹配工具。 在Linux系统中，正则表达式常用于文本处理、日志分析、配置文件修改等任务。 Linux系统中最常见的正则表达式工具是grep、sed和awk。
以下是部分符号含义：
| 元字符 | 作用 |
|---|---|
| * | 前一个字符匹配0次或任意多次。 |
| . | 匹配除了换行符外的任意一个字符。 |
| + | 匹配前面的子表达式一次或多次。 |
| ? | 匹配前面的子表达式0次或一次。 |
| ^ | 匹配行首。例如：^hello会匹配以hello开头的行。 |
| $ | 匹配行尾。例如：hello&会匹配以hello结尾的行。 |
| [] | 匹配中括号中指定的任意一个字符，只匹配一个字符。例如：[aoeiu]匹配任意一个元音字母；[0-9]匹配任意一位数字；[a-z][0-9]匹配小写字母和一位数字组成的两位字符。 |
| [^] | 匹配除中括号中字符以外的任意一个字符。例如：[^0-9]匹配任意一位非数字字符；[^a-z]匹配任意一位非小写字母。 |
| \ | 转义符。用于取消特殊符号的含义。 |
| {n} | 表示其前面的字符恰好出现n次。例如：[0-9]{4}匹配任意4位数字，[1][3-8][0-9]{9}匹配手机号码。 |
| {n,} | 表示其前面的字符出现不小于n次。例如：[0-9]{2,}表示两位及其以上的数字。 |
| {n,m} | 表示其前面的字符至少出现n次，最多出现m次。例如：[a-z]{6,8}匹配6到8位的小写字母。 |
| [[:XXX:]] | grep工具预定义的一些类，如[[:alpha:]]匹配一个字母。 |
懒得举例了：看这位博主得吧：Linux操作：正则表达式 - 知乎 (zhihu.com)
重定向
-
输入重定向（< 、<< ）、输出重定向（>、>> ）
一、
输出重定向（>、>> ）定向添加某些内容到某地（某文件），可以与echo 命令搭配使用
> 定向添加某些内容到某地（某文件），方式是覆盖输入，就是源文件内容会被覆盖
>> 定向添加某些内容到某地（某文件），方式是在文件末尾加入
例如：
添加内容：I like Linux system 到桌面上 shiyan1 文件夹中 sample.txt 文件中
1、末尾加入，使用 **>> ** , 请谨慎使用，执行前务必检查
shell[cyh@localhost shiyan1]$ pwd #查看当前目录 /home/cyh/Desktop/shiyan1 [cyh@localhost shiyan1]$ ll #检查是否含有sample.txt文件 total 4 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 48 Jul 29 10:09 sample.txt drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng [cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt #先查看以下sample.txt里面的内容 The linux system is great I like it 2023.07.29 [cyh@localhost shiyan1]$ echo "I like Linux system" >>./sample.txt #添加指定内容 [cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt #查看是否添加了指定内容 The linux system is great I like it 2023.07.29 I like Linux system [cyh@localhost shiyan1]$2、覆盖加入(全部覆盖掉)，使用 > ，请谨慎使用，执行前务必检查
shell[cyh@localhost shiyan1]$ echo "I like Linux system" >./sample.txt [cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt I like Linux system3、多文件合并
使用多文件合并可以使用cat 命令。
shell[cyh@localhost shiyan1]$ ll #先查看文件内容（非必须） total 16 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 05:14 cdx.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 94 Aug 17 21:26 ne.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 20 Aug 17 04:52 sample.txt drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 14 Aug 17 05:14 z [cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt > ne.txt #将sample.txt的内容定向覆盖输入到ne.txt文件中 [cyh@localhost shiyan1]$ cat sample.txt #查看sample.txt文件内容 I like Linux system [cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt #查看覆盖后的ne.txt文件内容 I like Linux system [cyh@localhost shiyan1]$ cat cdx.sh #查看cdx.sh内容 #!/bin/bash z=3 cat ne.txt > z while read z do echo "the number is ${z} " done #这行是空的，无内容 [cyh@localhost shiyan1]$ cat cdx.sh sample.txt >> ne.txt #将两个文件按先后顺序在ne.txt文件末尾加入，结果显示，输入的两个文件只要是cat能看的都可以 [cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt #查看结果 I like Linux system I like Linux system #!/bin/bash z=3 cat ne.txt > z while read z do echo "the number is ${z} " done I like Linux system [cyh@localhost shiyan1]$二、
输入重定向（< 、<< ）。和输出相似。
用法举例：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ cat < ne.txt #将文件内容重定向入cat查看。 1 2 6 7 23 99 [cyh@localhost shiyan1]$ cat << stop >ne.txt #键盘输入内容，以stop为终止关键字，定向入cat,定向输入到ne.txt文件（覆盖输入） > The linux is great > I like it > stop #结束关键字，在这个之前的内容会被覆盖输入 [cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt #查看结果 The linux is great I like it [cyh@localhost shiyan1]$ cat << end >> ne.txt #同上，在末尾加入 > hallo > hi > end [cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt #查看结果 The linux is great I like it hallo hi [cyh@localhost shiyan1]$ cat << lalala >>ne.txt #以lalala结尾 > hhhhhhhhhhhhh > llllllllllll > lelelelalala lalala #这行也有个lalala字符串，但是并没有结束输入 > lalala #从输入内容来看，关键字必须占新的一行，否者无法识别总结：输入输出方面，搞清楚输入输出方向。例如，在举个例子：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ echo "" >ne.txt #将文件里的内容删除（第一行不为空，只是没有内容） [cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt #查看文件 [cyh@localhost shiyan1]$ ll #找一下文件，举个例子 total 16 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 05:14 cdx.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 1 Aug 17 21:44 ne.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 20 Aug 17 04:52 sample.txt drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 14 Aug 17 05:14 z [cyh@localhost shiyan1]$ cat < cdx.sh >ne.txt #将cdx.sh内容重定向入cat命令，定向输出到ne.txt [cyh@localhost shiyan1]$ cat ne.txt #查看结果 #!/bin/bash z=3 cat ne.txt > z while read z do echo "the number is ${z} " done [cyh@localhost shiyan1]$错误输出重定向
在 > 前面加一个2，可以将命令执行过程产生的错误信息于结果区分开来，但都是输出在总端上，因此可以使用重定向输入到文件中保存。
举例：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ ll #查看以下有哪些文件 total 16 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 05:14 cdx.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 21:45 ne.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 20 Aug 17 04:52 sample.txt drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 21:55 z [cyh@localhost shiyan1]$ cat cdx1.sh 2> error.txt #该命令会报错，因为没有这个文件，将信息输入到error.txt文件 [cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt #查看文件内容，是报错提示信息 cat: cdx1.sh: No such file or directory [cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh 2>> error.txt #附加重定向，运行后结果在屏幕输出 total 4 drwxr-xr-x. 4 cyh cyh 137 Jul 29 10:53 Desktop drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Documents drwxr-xr-x. 3 cyh cyh 19 Mar 15 11:03 Downloads -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 359 Jun 1 01:05 guss.sh drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Music drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Pictures drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Public drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Templates drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 42 Apr 7 07:50 test1 drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Videos [cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt #结果显示，并没有输入在文件中，为什么？？？因为2表示的是将错误信息输入到文件中，上步命令并没有报错，所以并不会在文件中添加任何信息 cat: cdx1.sh: No such file or directory那么，我们需要将屏幕输出结果于错误信息都输出到某文件，又该如何操作呢？？这是后我们就需要改一下命令，如下：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh > error.txt 2>&1 #将屏幕输出结果定向入error.txt文件。并且错误信息也可以输入 [cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt total 4 drwxr-xr-x. 4 cyh cyh 137 Jul 29 10:53 Desktop drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Documents drwxr-xr-x. 3 cyh cyh 19 Mar 15 11:03 Downloads -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 359 Jun 1 01:05 guss.sh drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Music drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Pictures drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Public drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Templates drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 42 Apr 7 07:50 test1 drwxr-xr-x. 2 cyh cyh 6 Mar 12 10:18 Videos [cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>&1 #cyh1文件是没有的 [cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt #将错误信息成功输入到文件 ls: cannot access /home/cyh1: No such file or directory到这里我们据可以发现为什么没有附加重定向呢？上述代码是不是又两个 > 呢？那怎么操作呢？？
看到这里，我们应该了解了。一个 > 是覆盖，两个是末尾附加，那么应该该哪一个呢？我们举例试一下就知道了：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>&1 #先生成一个结果 [cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt #查看一些错误信息，预期结果，没有问题 ls: cannot access /home/cyh1: No such file or directory [cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>>&1 #我们修改后面为两个>号 -bash: syntax error near unexpected token `&' #报错，没有&这个东西 [cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>>1 #我们删掉& [cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt #查看结果，结果没有，整个文件为空，所以不行 [cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 > error.txt 2>&1 #我们修改前面的，先把结果生成一个进去，更好展示 [cyh@localhost shiyan1]$ ll /home/cyh1 >> error.txt 2>&1 #修改前面的 [cyh@localhost shiyan1]$ cat error.txt #展示结果，符合预期，所以我们秩序记住，在文件前面的才是重定向的 ls: cannot access /home/cyh1: No such file or directory ls: cannot access /home/cyh1: No such file or directory -
& 用于后台执行命令，当执行文件需要一定时间时，我们可以挂在后台执行，当前总端就可以执行其他任务。我一般会搭配nohup 使用
举例如下：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ cat cdx.sh & #在结尾加一个& 后台运行，不好用 [1] 3655 #进程号（ID） [cyh@localhost shiyan1]$ #!/bin/bash z=3 cat ne.txt > z while read z do echo "the number is ${z} " done ^C #按Ctrl+c结束，不好用 [1]+ Done cat cdx.sh [cyh@localhost shiyan1]$ nohup bash cdx.sh & #加一个nohup [1] 3695 [cyh@localhost shiyan1]$ nohup: ignoring input and appending output to 'nohup.out' #它说日志文件输出在'nohup.out'中 #这里按一个回车 [1]+ Done nohup bash cdx.sh [cyh@localhost shiyan1]$ ll #我们查看一下是否有'nohup.out'文件 total 20 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 05:14 cdx.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 21:45 ne.txt -rw-------. 1 cyh cyh 137 Aug 17 21:55 nohup.out #在这里 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 20 Aug 17 04:52 sample.txt drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 80 Aug 17 21:55 z [cyh@localhost shiyan1]$ cat nohup.out #查看以下内容 #!/bin/bash z=3 cat ne.txt > z while read z do echo "the number is ${z} " done cdx.sh: line 4: read: read error: 0: Bad file descriptor [cyh@localhost shiyan1]$ #总结：不好用到这里，我一般会重定向与**&** 搭配使用，在这里举一个转录组序列比对的例子：
脚本内容：
shell#!/bin/bash #maker:YongHongChen #date:2023-04-24 #This script used to match sequence by hisat2 #the "GRCh38_index" is index file which contain "*.1.ht2" "*2.ht2" ... "*.8.ht2" #" -p 3 " is thread #" -1 " input one file;" -2 " input second file;their are can use .fa.gz/.fq format,their were all trimed #" -S " is a output option that it will generate .sam format file # Attention: the sam file is so big,if you input 1G .fq file,it will generate about 10G result a=1 b=2 echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") #This command is uesd to generate the current time for i in {1,2,3} do echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are begin" hisat2 -p 3 /home/cyh/Desktop/hugene_dir/GRCh38_index -1 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${a}_paired.fq.gz -2 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${b}_paired.fq.gz -S /home/cyh/rna_seq1/hisat2_ed1/ly${i}_mached.sam echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are finish" echo "NT${i}_${a} and NT${i}_${b} are begin" hisat2 -p 3 /home/cyh/Desktop/hugene_dir/GRCh38_index -1 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/NT${i}_${a}_paired.fq.gz -2 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/NT${i}_${b}_paired.fq.gz -S /home/cyh/rna_seq1/hisat2_ed1/NT${i}_mached.sam echo "NT${i}_${a} and NT${i}_${b} are finish" done echo "All complete" echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")执行脚本：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ nuhup bash hisat2.sh >hisat2.txt 2>&1将所有信息全部输入hisat2.txt文件，包括总端输出信息以及错误信息。
管道符
管道符 | ，可以把一系列命令连接起来，把前一个命令的输出结果作为输入输给后面的一个命令，一个接一个。如果你接触过 R 语言中的 %>% 就非常号理解。
用法举例：
shell
[cyh@localhost shiyan1]$ cd /home/cyh/Desktop #更改当前目录
[cyh@localhost Desktop]$ ll #查看当前目录
total 218464
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 first_file.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 194901303 Jun 13 03:58 gene2go
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 124 Jul 29 10:53 log2.sh
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 log2.txt
-rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 log.txt
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 123 Aug 17 22:54 shiyan1
drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:11 shiyan5
[cyh@localhost Desktop]$ cat gen2go.txt | more #使用管道符，将文件的内容more一下
9606 1 GO:0003674 ND enables molecular_function - Function
9606 1 GO:0005576 HDA located_in extracellular region 27068509 Component
9606 1 GO:0005576 IDA located_in extracellular region 3458201 Co
mponent
9606 1 GO:0005576 TAS located_in extracellular region - Co
mponent
9606 1 GO:0005615 HDA located_in extracellular space 16502470 Component
9606 1 GO:0005886 IBA is_active_in plasma membrane 21873635 Co
mponent
9606 1 GO:0008150 ND involved_in biological_process - Pr
ocess
9606 1 GO:0031093 TAS located_in platelet alpha granule lumen -Component
9606 1 GO:0034774 TAS located_in secretory granule lumen - Co
mponent
9606 1 GO:0062023 HDA located_in collagen-containing extracellular
matrix 27559042 Component
--More脚本内容举例：（不要在乎是否看懂）脚本将序列比对软件（hisat2 ）生成的结果 sam 文件给 samtools 排序并转换为 bam 文件。
shell
#!/bin/bash
#maker:YongHongChen
#date:2023-04-24
a=1
b=2
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") #This command is uesd to generate the current time
for i in {1,2,3}
do
echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are begin"
hisat2 -p 3 /home/cyh/Desktop/hugene_dir/GRCh38_index -1 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${a}_paired.fq.gz -2 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${b}_paired.fq.gz -S | samtools sort -@ 20 -o /home/chyh/rna_seq1/samtools_result/ly${i}.bam /home/cyh/rna_seq1/hisat2_ed1/ly${i}_mached.sam
echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are finish"
done
echo "All complete"
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") Linux编写脚本
在这之前，我举例过几个脚本的例子，UU们可能疑惑不知怎么写，那么接下来，我们看看脚本编写，这里我们只用 bash ，不用perl 举例。对 perl 感兴趣的去看其他大佬的文章。
在运行脚本前，我们得又一个脚本文件（这里以**.sh** 文件举例）。
1、创建脚本文件
- 你可以先创建文件再编写
shell
[cyh@localhost shiyan1]$ touch frist_script.sh #先创建脚本
[cyh@localhost shiyan1]$ ll #查看一下是否创建成功
total 0
-rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Aug 17 23:16 frist_script.sh
drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng
[cyh@localhost shiyan1]$ vim frist_script.sh #编写脚本- 直接使用vim ,如果没有文件会自动创建（推荐）
shell
vim frist_script.sh #创建并编写脚本2、编写脚本与文本编辑操作一样，直接参考前面得，这里不加以描述。
3、编写内容
- 首行内容
如果你编写得是 .sh 的文件，那么就由 bash 执行，如果是 .pl 文件，那么就由 perl 执行。第一行必须是编译方式的描述，并且格式固定
shell
#!/bin/sh或
shell
#!/bin/bash如果是 perl 的
shell
#!/bin/perl 或 #!/usr/bin/perl #perl解释器路径其他内容写你需要的命令。
脚本举例：（for循环后面讲）
shell
#!/bin/bash #如何是bash的第一行必须为这个，或者可以写成 #！/bin/sh
#maker:YongHongChen #创建者名 （非必须，有最好）
#date:2023-04-24 #创建时间（非必须，有最好）
a=1
b=2
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") #This command is uesd to generate the current time
for i in {1,2,3}
do
echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are begin"
hisat2 -p 3 /home/cyh/Desktop/hugene_dir/GRCh38_index -1 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${a}_paired.fq.gz -2 /home/cyh/rna_seq1/trimmomatic_ed1/ly${i}_${b}_paired.fq.gz -S | samtools sort -@ 20 -o /home/chyh/rna_seq1/samtools_result/ly${i}.bam /home/cyh/rna_seq1/hisat2_ed1/ly${i}_mached.sam
echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are finish"
done
echo "All complete"
echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") -
非首行内容
非首行内容写你需要的命令。（注释除外，注释使用**#** 号）
上述脚本中含有变量 a 与 b ，后面再讲，如果学过 C或python ,那就很好理解了
4、执行脚本
shell
bash frist_script.sh #bash 脚本文件
perl frist_script.pl #perl脚本如果弹出没有权限执行，则给予权限
shell
chmod u+x frist_script.sh #设置可执行权限注意：执行脚本本身就可以当作执行一条命令，所以脚本里面套一个脚本是可以的。
脚本进阶
编写脚本内容之前，我们需要了解一些基础知识。
一、变量
变量有环境变量与内部变量，环境变量可以理解为整个系统下的默认的变量，在整个系统下通用的变量，是在命令行定义的变更，举个例子：我在终端写 a=3 那么不在重启前，不改变数值前 a=3 。类似于C语言函数外的变量。
变量的定义注意事项（大多编程语言都是这样）
- 变量名称可以由字母、数字和下划线组成，但不能以数字开头。
- 在 Bash 中，变量的默认类型都是字符串型，如果要进行数值运算，则必须指定变量类型为数值型。
- 变量用等号连接值，等号左右两侧不能有空格。
- 变量的值如果有空格，需要使用单引号或双引号包括。
- 在变量的值中，可以使用"\"转义符。
- 如果需要增加变量的值，那么可以进行变量值的叠加。不过，变量需要用双引号包含" 变 量 名 " 或 用 变量名"或用 变量名"或用{变量名}包含。
- 如果是把命令的结果作为变量值赋予变量，则需要使用反引号或$()包含命令。
- 环境变量名建议大写，便于区分。
| 参数变量 | 作用 |
|---|---|
| $n | N 为数字，$0 代表命令本身，$1- 9 代 表 第 一 到 第 九 个 参 数 ， 十 以 上 的 参 数 需 要 用 大 括 号 包 含 ， 如 9 代表第一到第九个参数，十以上的参数需要用大括号包含，如 9代表第一到第九个参数，十以上的参数需要用大括号包含，如{10}。 |
| $* | 这个变量代表命令行中所有的参数，$* 把所有的参数看成一个整体。 |
| $@ | 这个变量也代表命令行中所有的参数，不过 $@ 把每个参数区分对待。 |
| $# | 这个变量代表命令行中所有参数的个数。 |
当我们定义了变量后，就需要取它的值，我们使用** ∗ ∗ 取 值 ， 例 如 ： ∗ ∗ ** 取值，例如：** ∗∗取值，例如：∗∗a** 取变量a的值
**∗ ∗ 用 法 有 ∗ ∗ ** 用法有** ∗∗用法有∗∗ 、"$"、0、 1 、 1、 1、n、KaTeX parse error: Expected 'EOF', got '#' at position 1: #̲、@、 、 ? 、 ?、 ?、()、、 、 {}、 、{#}、 [ ] 、 []、 []、-、 ! 、 !、 !、$* 等
上面常用的有 , , ,{},$[] ，用于取值。
[ ] ∗ ∗ 中 括 号 里 写 的 是 表 达 式 ， ∗ ∗ []** 中括号里写的是表达式，** []∗∗中括号里写的是表达式，∗∗() 里写的是命令，$? 判断上一个命令是否运行成功。例如：
shell
[cyh@localhost Desktop]$ echo $[5+6]
11
[cyh@localhost Desktop]$ echo $(seq 2 10)
2 3 4 5 6 7 8 9 10
[cyh@localhost Desktop]$ echo $? #判断上一条命令是否执行成功，返回0表示成功
0
[cyh@localhost Desktop]$ lll
bash: lll: command not found...
[cyh@localhost Desktop]$ echo $? #返回非0表示失败，返回值0-255，超出部分%256取余
127
[cyh@localhost Desktop]$内部变量理解为局部变量，脚本中的变量，脚本中的变量不会影响终端中的变量，在C语言中全局变量不会受到局部变量影响。
shell
[cyh@localhost shiyan1]$ a=0 #全局变量，我定义了一个变量a，它的值为0
[cyh@localhost shiyan1]$ echo $a #我们可以使用echo输出值
0
[cyh@localhost shiyan1]$ cat frist_script.sh
#!/bin/bash
a=1 #脚本中的局部变量
a1=2 #定义变量a1
echo "a=$a"
echo "a1=$a1" #输出变量a1的值，注意需要使用$符号取值
echo "a3=$a3" #这个a3是没有定义的,所以预计会输出空值
[cyh@localhost shiyan1]$ bash frist_script.sh #执行脚本
a=1
a1=2
a3=
[cyh@localhost shiyan1]$ echo $a #执行脚本后全局变量值未改变
0
[cyh@localhost shiyan1]$ echo $a1 #找不到脚本局部变量值，没有被定义的变量为空
[cyh@localhost shiyan1]$变量只要是赋予它值就一定会改变变量值吗？
不一定，只读变量就不可以随意改变值，只读变量只能查看，不能更改，那么要改变值，咋办？？只能重启。
shell
[cyh@localhost Desktop]$ readonly a="tai ku la" #设置只读变量
[cyh@localhost Desktop]$ echo $a #输出a值
tai ku la
[cyh@localhost Desktop]$ a="na zheng shi tai ku la" #更改a值，发现报错
-bash: a: readonly variable
[cyh@localhost Desktop]$二、字符串
字符串就是一串字符，一个英文句子就是一个字符串，要输出字符串，我们需要用引号包起来。
shell
[cyh@localhost shiyan1]$ echo "I like Linux"
I like Linux-
字符串截取 expr substr
从某位置截取指定长度的字符
shell[cyh@localhost shiyan1]$ expr substr "I like linux" 2 7 #从第二个位置，截取长度为7的子字符,注意空格也占一个位置 like l -
字符串定位 expr index
在字符串中查找某元素，返回位置。
shell[cyh@localhost shiyan1]$ expr index "I like linux" ik #在字符串中查找ik，返回的位置 4 [cyh@localhost shiyan1]$ expr index "I like linux" o #若没有找到，返回0 0 -
字符串匹配 expr macth
两个字符串，后一个在前一个匹配。默认从起始位置匹配，没有匹配到就返回0值，匹配到就返回能匹配的字符个数
shell[cyh@localhost shiyan1]$ expr match "I like linux" " li" 0 [cyh@localhost shiyan1]$ expr match "I like linux" "I li" 4 [cyh@localhost shiyan1]$ expr match "I like linux" "I lig" #元素得一样，否者不能匹配 0 -
计算字符长度 expr length
返回长度数值，一个字符算一个，空格也算
shell[cyh@localhost shiyan1]$ expr length "I like linux" 12
三、函数
$变量名 表示取值。
分支选择结构
- if 条件语句
说人话就是C语言中得 if 条件语句等
shell 脚本定义格式如下：
写法一：
shell
if [ 条件表达式 ];then
命令1
elif [ 条件表达式 ];then
命令2
else
命令3
fi #fi 是if反过来写写法二：
shell
if [ 条件表达式 ]
then
命令1
elif [ 条件表达式 ]
then
命令2
else
命令3
fi这是多条件分支。也有单个的。如果学过C语言，那就不难了。
shell
if [ 条件表达式 ]
then
命令1
fi注意：if 后面有个空格，中括号里与条件表达式之间前后有空格，不然会报错。
到这里，UU们蠢蠢欲动了，但是有个问题？条件表达式些啥呢？
接下来我们看看条件表达式，很明显，就是一个式子。
-
字符串比较
这一部分，是用来比较字符与字符串的
= 比较两个字符是否相等 != 比较两个字符是否不相等 < 或 > 比较两个字符串长度 -n 判断字符串长度是否大于0 -z 判断字符串长度是否等于0 ... ... 用法举例：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ vim frist_script.sh #编写脚本 [cyh@localhost shiyan1]$ cat frist_script.sh #看一下脚本内容 #!/bin/bash a="I like linux" b="I like linua" c="like" if [ a!=b ] then echo "a=b" elif [ a!=c ] then echo "a!=c" fi if [ a>b ] then echo "a>b" fi if [ -n a ] then echo "a length > 0" fi [cyh@localhost shiyan1]$ bash frist_script.sh #执行脚本 a=b a>b a length > 0 [cyh@localhost shiyan1]$ -
数值比较
这一部分是数值的比较
-eq 比较两个数是否相等 -ge 比较一个数是否大于或等于另一个数 -le 比较一个数是否小于或等于另一个数 -gt 比较一个数是否大于另一个数 -lt 比较一个数是否小于另一个数 -ne 比较两个数是否不相等 ... ... 用法举例：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ vim frist_script_number.sh #编写脚本 [cyh@localhost shiyan1]$ cat frist_script_number.sh #查看脚本内容 #!/bin/bash a=1 b=2 c=1 d=3 if [ $a -eq $b ] #判断等于 then echo "a=b" else echo "a!=b" fi if [ $d -gt $b ] #判断大于 then echo "d>b" else echo "d<b" fi if [ $d -lt $c ] #判断小于 then echo "d<c" else echo "d>c" fi if [ $a -ne $c ] #判断不相等 then echo "a!=c" else echo "a=c" fi [cyh@localhost shiyan1]$ bash frist_script_number.sh #执行脚本 a!=b d>b d>c a=c [cyh@localhost shiyan1]$ -
文件属性判断
该部分用于判断文件属性
-d 确定文件是否为目录 -f 确定文件是否为普通文件 -e 确定文件是否存在 -r 确定是否对文件设置读许可 -w 确定是否对文件设置写许可 -x 确定是否对文件设置执行许可 -s 确定文件名是否具有大于零的长度 ... ... 用法举例：
shell[cyh@localhost shiyan1]$ ll #查看当前目录文件内容 total 8 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Aug 18 04:51 b -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 291 Aug 18 05:03 frist_script_number.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 193 Aug 18 04:51 frist_script.sh drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 21 Jul 29 09:59 shiyan_feikng [cyh@localhost shiyan1]$ vim diff_file.sh #创建编写脚本 [cyh@localhost shiyan1]$ cat diff_file.sh #查看脚本内容 #!bin/bash a="/home/cyh/Desktop/shiyan1/diff_file.sh" b="/home/cyh/Desktop/shiyan1/file.txt" if [ -d $a ] #$a表示取a的值 then echo "$a is not a directory" else echo "$a is a file" fi if [ -e $b ] then echo "file.txt had exist" else echo "file.txt not find" fi if [ -r $a ] then echo "the diff_file.sh is readable" else echo "the diff_file.sh is not readable" fi [cyh@localhost shiyan1]$ bash diff_file.sh #执行脚本，并返回结果 /home/cyh/Desktop/shiyan1/diff_file.sh is a file file.txt not find the diff_file.sh is readable -
逻辑操作符
逻辑操作符常见的主要有 && 、|| 、! ，就是或与非啦！这部分内容与C语言 中的类似。
在这之前，我们接触了单个**&** ，与单个**|** ，在这部分我们可以联系起来。
& 表示任务在后台执行
&& 表示前一条命令执行成功时，才执行后一条命令 。
shell[cyh@localhost Desktop]$ ll #查询目录内容 total 218464 -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 0 Jul 11 12:07 first_file.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 28788565 Jun 13 04:00 gen2go.txt -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 194901303 Jun 13 03:58 gene2go -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 124 Jul 29 10:53 log2.sh -rw-rw-r--. 1 cyh cyh 985 Jul 6 09:38 log2.txt -rw-r--r--. 1 root root 236 Jul 5 23:12 log.txt drwxrwxr-x. 3 cyh cyh 109 Aug 19 05:12 shiyan1 drwxrwxr-x. 2 cyh cyh 246 Jul 13 01:11 shiyan5 [cyh@localhost Desktop]$ cat log2.sh && echo "good" #查看已有的文件后输出good #!/bin/bash echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") for i in {1,2,3} do echo "I like R " done echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") good [cyh@localhost Desktop]$ cat log22.sh && echo "good" #文件不存在，即无法执行echo cat: log22.sh: No such file or directory [cyh@localhost Desktop]$| 表示管道，上一条命令的输出，作为下一条命令参数（输入）
shell[cyh@localhost ~]$ echo "I like linux" | wc -l 1|| 表示上一条命令执行失败后，才执行下一条命令
shell[cyh@localhost Desktop]$ cat log22.sh || echo "good" #执行失败后执行输出good cat: log22.sh: No such file or directory good -
case 语句
该语句类似于C 语言中的switch 语句，case 只能判断一种条件。
格式如下：
shellcase $变量名 in "值1") 如果变量的值等于值1，则执行此程序1 ;; #注意两个分号结尾一个语句 ... ... ... ... *) 如果变量的值都不是以上的值，则执行此程序 ;; esac #倒过来写结束程序举例如下：
shell[cyh@localhost Desktop]$ vim case.sh #编写脚本 [cyh@localhost Desktop]$ cat case.sh #查看脚本 #!/bin/bash read -p "please input number:" -t 30 number #使用read 从键盘输入一个数给变量number case $number in "20") echo "you input number is 20" ;; "30") echo "you input number is 30" ;; *) echo "you input number is other" ;; esac [cyh@localhost Desktop]$ bash case.sh #执行脚本 please input number:30 you input number is 30 [cyh@localhost Desktop]$ bash case.sh #输入数据50 please input number:50 you input number is other分支语句还有许多，但大多不常用。
循环语句
-
for循环
与其他编程语言类似。
写法格式一：
shellfor 变量 in 值1 值2 值3... do 语句 done写法格式二：
shell#for ((变量赋值;测试条件表达式;迭代过程)) for ((i=1;i<=10;i++)) #该写法与C类似，但是注意有两个括号，括号里的数值只是举例，i为变量名 do 语句 doneshellfor ((i=1;i<=10;i++));do 语句;done #如果这样写注意分号写法三：
shellfor 变量名 in {值1,值2,值3...} #使用大括号将取值括起来，并用逗号隔开 do 语句 done举例：（脚本）
shell#!/bin/bash #maker:YongHongChen #date:2023-07-08 #This script used to match sequence by hisat2 #the "GRCh38_index" is index file which contain "*.1.ht2" "*2.ht2" ... "*.8.ht2" #" -p 3 " is thread #" -1 " input one file;" -2 " input second file;their are can use .fa.gz/.fq format,their were all trimed #" -S " is a output option that it will generate .sam format file # Attention: the sam file is so big,if you input 1G .fq file,it will generate about 10G result a=1 b=2 echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S") #打印当前时间 for i in {1,2,3} #取值我使用括号括起，表示从括号里面取值 do echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are begin" hisat2 -p 20 --dta -x /home/chenyh/ly_NT_RNAseq/reference_GRCh38/GRCh38_index -1 /home/chenyh/ly_NT_RNAseq/fastp_result/ly${i}_${a}_trimmed.fq.gz -2 /home/chenyh/ly_NT_RNAseq/fastp_result/ly${i}_${b}_trimmed.fq.gz -S /home/chenyh/ly_NT_RNAseq/hisat2_result/ly${i}_mached.sam echo "ly${i}_${a} and ly${i}_${b} are finish" done echo "All complete" echo $(date "+%Y-%m-%d %H:%M:%S")shell[cyh@localhost Desktop]$ vim for.sh [cyh@localhost Desktop]$ cat for.sh #!/bin/bash sum=0 for ((i=0;i<=50;i++)) do sum=$(( $sum+$i )) done echo "the sum of 1+2+3+...+50=$sum" [cyh@localhost Desktop]$ bash for.sh the sum of 1+2+3+...+50=1275 -
while 循环
用法格式：
shellwhile [ 条件判断式 ] #注意while后面有个空格，条件判断式两端有空格，否则报错 do 语句 done
用法举例：
shell
#!/bin/bash
i=1
sum=0
#如果变量i的值小于等于50，则执行循环
while [ $i -le 100 ]
do
sum=$(( $sum+$i ))
i=$(( $i+2 ))
done
echo "The sum of 1+2+3+...+50 is: $sum"
shell
[cyh@localhost Desktop]$ vim while.sh #编写脚本
[cyh@localhost Desktop]$ cat while.sh #查看内容
#!/bin/bash
i=1
sum=0
#如果变量i的值小于等于50，则执行循环
while [ $i -le 100 ]
do
sum=$(( $sum+$i ))
i=$(( $i+2 ))
done
echo "The sum of 1+2+3+...+50 is: $sum"
[cyh@localhost Desktop]$ bash while.sh #执行脚本
The sum of 1+2+3+...+50 is: 2500
[cyh@localhost Desktop]$循环语句还有多个，比如until 等。这里不一一举例。
循环控制命令
在循环过程中，会有不同的需求，例如，符合条件需要终止循环，以及退出本轮循环。
-
break :终止循环。
-
continue :退出本轮循环，继续下轮循环。
举例如下：
shell[cyh@localhost Desktop]$ vim while.sh #编写脚本 [cyh@localhost Desktop]$ cat while.sh #查看脚本 #!/bin/bash i=1 sum=0 #如果变量i的值小于等于50，则执行循环 while [ $i -le 100 ] do if [ $i -lt 45 ] then sum=$(( $sum+$i )) i=$(( $i+2 )) continue; #退出本轮循环，后续语句不执行 echo "$i < 45" fi echo "$i > 45" break; #结束循环 done echo "The sum of 1+2+3+...+45 is: $sum" [cyh@localhost Desktop]$ bash while.sh #执行脚本 45 > 45 The sum of 1+2+3+...+45 is: 484 [cyh@localhost Desktop]$
用户管理
Linux 有多个用户，主要类型如下：
- 超级用户（root）：它具有一切权限， 只有进行系统维护(例如： 建立用户等)或其他必要情形下才用超级用户登录， 以避免系统出现安全问题。 在root 用户下，在等待输入的命令行前面，最后一行是**#** ，普通用户是**$**
- 系统用户：是Linux系统正常工作所必需的内建的用户， 主要是为了满足相应的系统进程对文件属主的要求而建立的， 系统用户不能用来登录， 例如： bin、daemon、 adm、 lp等用户。注意该用户没有home目录
- 普通用户：是为了让使用者能够使用Linux系统资源而建立的， 我们的大多数用户属于此类。
在这部分有许多关于用户管理的相关命令，如下：
-
useradd 命令
功能：增加用户账号，但是要使用root 用户创建。
用法格式：useradd [选项] 用户名
主要参数：
-e (expire):使用"YYYY-MM-DD"的格式指定用户账号过期日期
-d (directory):该选项后面指定路劲参数，用于指定用户主目录路径
-G ：该选项后面需给出组群ID或组群名称参数，用于指定用户所属的附加组群
-g :该选项后面需给出组群ID或组群名称参数，用于指定用户所属的初始组群
-u :该参数用于指定用户UID，需在后面给出数字参数
-r :创建的用户为系统用户
举例：
shell
useradd -u 1000 cyh #添加普通用户，UID为100
shell
useradd -r cyh #添加系统用户-
passwd 命令
功能：设置用户密码。(需要root账户)
格式：
shellpasswd [选项] [用户]部分选项：
-d (delete):删除用户账户密码，用户登入不需要密码
-l (lock):锁定用户账户
-u (unlock):解锁用户账号
-S (status):查看用户密码状态
用法举例：
shell[root@localhost cyh]# passwd -S cyh #查看用户的密码状态 cyh PS 1969-12-30 0 99999 7 -1 (Password set, SHA512 crypt.) [root@localhost cyh]# passwd cyh #更改用户（cyh）密码 Changing password for user cyh. New password: #输入密码的过程密码密码不会显示，不是你的键盘失灵 Retype new password: passwd: all authentication tokens updated successfully. -
id 命令
功能：查看用户账号UID,GID
格式：
shellid 用户名用法举例：
shell[root@localhost cyh]# id cyh uid=1000(cyh) gid=1000(cyh) groups=1000(cyh),10(wheel) -
userdel 命令
功能：删除用户账户
格式：
shelluserdel [选项] 用户名参数：
-r ：删除用户的主目录和邮件文件内容
Linux安装软件
一、使用yum 安装软件。
我安装软件通常使用两种方式，然而Linux安装软件有多种方式，目前centos 可以使用yum 进行软件的安装与升级。但是，并不是所有软件yum 都含有，可以把yum 理解为手机应用商店。
yum（ Yellow dog Updater, Modified）是一个在 Fedora 和 RedHat 以及 SUSE 中的 Shell 前端软件包管理器。基于 RPM 包管理，能够从指定的服务器自动下载 RPM 包并且安装，可以自动处理依赖性关系，并且一次安装所有依赖的软件包，无须繁琐地一次次下载、安装。
yum 是基于rpm 的软件在线管理器，部分参数如下：
-
install [软件名列表] ：安装列表中的软件。
-
update [软件名列表]：更新列表中的软件包。（不另加任何参数情况下）
-
remove [软件名列表]：移除列表中的软件包。（删除/卸载软件）
-
list [软件名列表]：列出软件包的各种信息。
-
clean [软件名列表]：清除yum 缓存。另加参数all 删除所有缓存。
...
yum常用命令
-
列出所有可更新的软件清单命令：yum check-update
-
更新所有软件命令：yum update
-
仅安装指定的软件命令: yum install <package_name>
-
仅更新指定的软件命令：yum update <package_name>
-
列出所有可安裝的软件清单命令：yum list
-
删除软件包命令：yum remove <package_name>
-
查找软件包命令：**yum search **
-
清除缓存命令:
- yum clean packages: 清除缓存目录下的软件包
- yum clean headers: 清除缓存目录下的 headers
- yum clean oldheaders: 清除缓存目录下旧的 headers
- yum clean, yum clean all (= yum clean packages; yum clean oldheaders) :清除缓存目录下的软件包及旧的 headers
我使用yum 安装软件的步骤。
我们需要的软件包不清楚yum 源中是否有，我可以查询一下，以samtools 软件为例：
下面例子中出现了该包的一些信息，但是没有显示可以安装，可能yum 源中没有。
shell
[cyh@localhost Desktop]$ yum search samtools
Loaded plugins: fastestmirror, langpacks
Determining fastest mirrors
* base: ftp.sjtu.edu.cn
* centos-sclo-rh: ftp.sjtu.edu.cn
* centos-sclo-sclo: ftp.sjtu.edu.cn
* elrepo: dfw.mirror.rackspace.com
* epel: ftp.cse.buffalo.edu
* extras: ftp.sjtu.edu.cn
* updates: ftp.sjtu.edu.cn
ius 209/209
================================= N/S matched: samtools ==================================
samtools.x86_64 : Tools for nucleotide sequence alignments in the SAM format
Name and summary matches only, use "search all" for everything.
[cyh@localhost Desktop]$对于yum 源中有的软件包，只需要使用install 安装。（需要使用管理员账户）
shell
[root@localhost Desktop]# yum install gcc #
Loaded plugins: fastestmirror, langpacks
Loading mirror speeds from cached hostfile
Could not get metalink https://mirrors.fedoraproject.org/metalink?repo=epel-7&arch=x86_64 error was
14: curl#6 - "Could not resolve host: mirrors.fedoraproject.org; Unknown error"
* base: mirrors.bfsu.edu.cn
* centos-sclo-rh: mirrors.bfsu.edu.cn
* centos-sclo-sclo: mirrors.bfsu.edu.cn
* elrepo: mirror-hk.koddos.net
* epel: dfw.mirror.rackspace.com
* extras: mirrors.bfsu.edu.cn
* updates: mirrors.bfsu.edu.cn
http://mirrors.qlu.edu.cn/centos/7.9.2009/os/x86_64/repodata/repomd.xml: [Errno 14] curl#6 - "Could not resolve host: mirrors.qlu.edu.cn; Unknown error"
.
.
.
http://mirrors.bfsu.edu.cn/centos/7.9.2009/updates/x86_64/Packages/kernel-headers-3.10.0-1160.95.1.el7.x86_64.rpm: [Errno 14] curl#6 - "Could not resolve host: mirrors.bfsu.edu.cn; Unknown error"
Trying other mirror.
Error downloading packages:
glibc-headers-2.17-326.el7_9.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
kernel-headers-3.10.0-1160.95.1.el7.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
glibc-devel-2.17-326.el7_9.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
gcc-4.8.5-44.el7.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
cpp-4.8.5-44.el7.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.-
对于使用yum ,可以另外装一些源，源可以理解为不同得应用商店。
这部分自行百度（没有空写了）。我安装得源有Remi 、EPEL 、php 等。
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对于yum 源中没有的软件包，我们可以直接浏览器找到官网复制下载链接。 linux 下使用wget 命令下载（或其他）。后续直接解压（部分需要编译）
一：对于不需要编译的软件,以Hisat2 软件为例：
1、使用 **wget **下载 **Hista2 **安装包（该地址可能会变，仅供参考）
shell[root@localhost Desktop]# wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip2、解压（压缩包为**.zip** 文件，使用unzip 解压）
powershell[root@localhost Desktop]# unzip unzip /home/cyh/biosoft/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip3、配置环境，将信息写入 ~/.bashrc 或者 /etc/profile
powershell[root@localhost Desktop]# vim ~/.bashrc #编辑该该文件 export PATH="/你的全路径/hisat2-2.1.0: $PATH" #在~/.bashrc文件末尾输入这行内容，路径是你自己的 [root@localhost Desktop]# source ~/.bashrc #重启文件，立即生效二、对于需要编译的软件（以samtools 为例）
shell#安装依赖,该软件需要依赖 [root@localhost Desktop]# yum install bzip2-devel ncurses-libs ncurses-devel xz-devel zlib-devel [root@localhost Desktop]# wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2 #download packages [root@localhost Desktop]# tar -jxvf samtools-1.17.tar.bz2 #解压解压后，你会得到一个文件夹，文件名一般是软件名称带版本信息，例如：samtools-1.17
进入该文件，你会看到文件里面含有configure 的文件夹（与之同级的还有许多源代码文件），含有这个文件的一般都是需要编译的。
在于configure 同级目录里输入以下内容：（注意路径是你的路径，不是我的）
shell[root@localhost Desktop]# ./configure --prefix=/home/lh/biosoft/samtools-1.17 #进入samtools-1.17文件，注意路径是你的目录，需要全路径然后依次执行下面语句，不会报错就不要管他，千万不要中断，让他跑，可能会要一点时间，取决你的电脑编译速度于软件大小。（注意：make命令你电脑得先有或者这个命令安装过了）
shell[root@localhost Desktop]# make #编译 [root@localhost Desktop]# make install #编译后安装最后按上述方法配置好环境。
我的建议是，不能死磕yum ,有可能你需要的包没有或很难安装或者有各种各样的依赖。：在安装软件部分，最稳妥，最方便，最不会掉进坑的技巧是直接浏览器搜索某软件如何安装，例如：linux下samtools软件如何安装。有大量教程避免走弯路。
本文结束，如果您能看到这里，那么对于Linux，应该是比较熟悉了。但是，也许你会发现一个问题，本篇博客并不是Linux系统得全部内容，以上便是我总结得，常用得一些命令与知识点，里面有些知识解释得并不全面，如果，你感兴趣，可以自行探索。然后对于以上内容有问题，可以留言。