aPEAR包绘制功能富集网络图

本期教程

前言

今天学习aPEAR包,绘制KEGG和GO功能富集网络图,用起来还是比较方便的,直接将clusterProfiler富集结果进行绘制,对人类、动物等分析结果非常方便。对于模式植物,使用自己制作的GO或KEGG背景文件进行富集分析,理论上也是可行的,今天尝试一下,没成功,后面继续进行尝试。

教程原文网址aPEAR包绘制功能富集网络图(点击链接)

学习网址

  1. Github (点击即可进入)

    https://github.com/kerseviciute/aPEAR

  1. https://cloud.r-project.org/(点击即可进入)

基础教程

根据的官方教程,使用aPEAR包绘制富集网络图是很方便的,尤其是人类、动物等。

  1. 安装aPEAR包

    ##'@安装aPEAR包
    library(devtools)
    install_github('ievaKer/aPEAR')

  2. 加载所需的包

    library(aPEAR)
    library(clusterProfiler)
    library(org.Hs.eg.db)
    library(DOSE)
    library(ggplot2)

  3. 加载数据

    ##'@加载测试数据
    data(geneList)
    ##'@查看数据
    head(geneList)

  4. 功能富集

    ##'@进行功能富集
    enrich <- gseGO(geneList, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = 'CC')
    ##'@查看富集结果

  5. 绘图

    enrichmentNetwork(enrich@result, drawEllipses = TRUE, fontSize = 2.5)

  1. 根据p值修改颜色

    enrichmentNetwork(enrich@result,
    colorBy = 'pvalue',
    colorType = 'pval',
    pCutoff = -5)

  1. 根据ggplot修改颜色

    enrichmentNetwork(enrich@result,
    colorBy = 'pvalue',
    colorType = 'pval')+
    scale_color_gradientn(colours = c("#B83D3D",'white','#1A5592'),
    name = "pvalue")

  1. Visualize pathway clusters with plotPathClusters()

    set.seed(238923)
    plotPathClusters(
    enrichment = enrich@result,
    sim = clusterssimilarity, clusters = clustersclusters,
    fontSize = 4,
    outerCutoff = 0.01, # Decrease cutoff between clusters and show some connections
    drawEllipses = TRUE
    )

参考:

  1. https://github.com/kerseviciute/aPEAR
  2. https://cloud.r-project.org/web/packages/aPEAR/vignettes/aPEAR-vignette.html
  3. https://mp.weixin.qq.com/s/GVOyfghR0ELLRZLZmTrzew
  4. https://mp.weixin.qq.com/s/wnNhYP5QJ7afs_X28j7nnA

往期文章:

1. 复现SCI文章系列专栏

2. 《生信知识库订阅须知》,同步更新,易于搜索与管理。

3. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)


4. 精美图形绘制教程

5. 转录组分析教程

转录组上游分析教程[零基础]

小杜的生信筆記 ,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!

相关推荐
BOB-wangbaohai1 小时前
Flowable7.x学习笔记(十三)查看部署流程图
笔记·学习·流程图
施嘉伟2 小时前
Oracle 11g RAC ASM磁盘组剔盘、加盘实施过程
数据库·oracle
橘猫云计算机设计3 小时前
springboot基于hadoop的酷狗音乐爬虫大数据分析可视化系统(源码+lw+部署文档+讲解),源码可白嫖!
数据库·hadoop·spring boot·爬虫·python·数据分析·毕业设计
卓怡学长4 小时前
w304基于HTML5的民谣网站的设计与实现
java·前端·数据库·spring boot·spring·html5
电子云与长程纠缠4 小时前
Unreal Niagara制作SubUV贴图翻页动画
学习·ue5·编辑器·贴图·niagara
冰^4 小时前
MySQL VS SQL Server:优缺点全解析
数据库·数据仓库·redis·sql·mysql·json·数据库开发
电商数据girl4 小时前
产品经理对于电商接口的梳理||电商接口文档梳理与接入
大数据·数据库·python·自动化·产品经理
xing_x_xx5 小时前
Linux系统学习----概述与目录结构
学习
Spring小子5 小时前
黑马点评商户查询缓存--缓存更新策略
java·数据库·redis·后端
DKPT5 小时前
常见正则表达式整理与Java使用正则表达式的例子
java·笔记·学习·面试·正则表达式