aPEAR包绘制功能富集网络图

本期教程

前言

今天学习aPEAR包，绘制KEGG和GO功能富集网络图，用起来还是比较方便的，直接将clusterProfiler富集结果进行绘制，对人类、动物等分析结果非常方便。对于模式植物，使用自己制作的GO或KEGG背景文件进行富集分析，理论上也是可行的，今天尝试一下，没成功，后面继续进行尝试。

教程原文网址aPEAR包绘制功能富集网络图(点击链接)

学习网址

1. Github (点击即可进入)

   https://github.com/kerseviciute/aPEAR

2. https://cloud.r-project.org/(点击即可进入)
   

基础教程

根据的官方教程，使用aPEAR包绘制富集网络图是很方便的，尤其是人类、动物等。

1. 安装aPEAR包

   ##'@安装aPEAR包
   library(devtools)
   install_github('ievaKer/aPEAR')

2. 加载所需的包

   library(aPEAR)
   library(clusterProfiler)
   library(org.Hs.eg.db)
   library(DOSE)
   library(ggplot2)

3. 加载数据

   ##'@加载测试数据
   data(geneList)
   ##'@查看数据
   head(geneList)

4. 功能富集

   ##'@进行功能富集
   enrich <- gseGO(geneList, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = 'CC')
   ##'@查看富集结果

5. 绘图

   enrichmentNetwork(enrich@result, drawEllipses = TRUE, fontSize = 2.5)

6. 根据p值修改颜色

   enrichmentNetwork(enrich@result,
   colorBy = 'pvalue',
   colorType = 'pval',
   pCutoff = -5)

7. 根据ggplot修改颜色

   enrichmentNetwork(enrich@result,
   colorBy = 'pvalue',
   colorType = 'pval')+
   scale_color_gradientn(colours = c("#B83D3D",'white','#1A5592'),
   name = "pvalue")

8. Visualize pathway clusters with plotPathClusters()

   set.seed(238923)
   plotPathClusters(
   enrichment = enrich@result,
   sim = clusterssimilarity, clusters = clustersclusters,
   fontSize = 4,
   outerCutoff = 0.01, # Decrease cutoff between clusters and show some connections
   drawEllipses = TRUE
   )

参考：

1. https://github.com/kerseviciute/aPEAR
2. https://cloud.r-project.org/web/packages/aPEAR/vignettes/aPEAR-vignette.html
3. https://mp.weixin.qq.com/s/GVOyfghR0ELLRZLZmTrzew
4. https://mp.weixin.qq.com/s/wnNhYP5QJ7afs_X28j7nnA

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