【Gene Expression Prediction】Part3 Deep Learning in Gene Expression Analysis

文章目录

  • [6 第二个讲座:Deep Learning in Gene Expression Analysis](#6 第二个讲座:Deep Learning in Gene Expression Analysis)
    • [6.1 Introduction](#6.1 Introduction)
    • [6.2 D-GEX](#6.2 D-GEX)
      • [6.2.1 Connectivity map project](#6.2.1 Connectivity map project)
      • [6.2.2 Predicting gene expression from landmark genes](#6.2.2 Predicting gene expression from landmark genes)
    • [6.3 Deep generative models for genomics](#6.3 Deep generative models for genomics)
      • [6.3.1 Manifold hypothesis](#6.3.1 Manifold hypothesis)
      • [6.3.2 Autoencoders](#6.3.2 Autoencoders)
      • [6.3.3 Generative models and variational autoencoders](#6.3.3 Generative models and variational autoencoders)
    • [6.4 SAILER](#6.4 SAILER)
      • [6.4.1 scATAC-seq](#6.4.1 scATAC-seq)
      • [6.4.2 SAILER](#6.4.2 SAILER)
      • [6.4.3 Conditional VAE](#6.4.3 Conditional VAE)
    • [6.5 Multimodal DL for Single Cell Multimodal Omics](#6.5 Multimodal DL for Single Cell Multimodal Omics)

来自Manolis Kellis教授(MIT计算生物学主任)的课

YouTube:(Gene Expression Prediction - Lecture 09 - Deep Learning in Life Sciences (Spring 2021)

Slides: slides

本节课分为四个部分,本篇笔记是第三部分。

主要是Xie Lab的一个讲座,讨论其组里的一些工作。在基因表达分析中应用深度学习。从介绍D-GEX开始,用于从关键基因预测基因表达的模型。接下来,将深度生成模型在基因组学中的应用,包括流形假设、自编码器,以及变分自编码器。此外,还介绍SAILER,这是一种基于单细胞ATAC-seq数据的模型,以及VAE。最后探索了多模态深度学习在单细胞多组学中的应用。

6 第二个讲座:Deep Learning in Gene Expression Analysis

6.1 Introduction

高通量测序技术的发展,越来越多的生物数据

  • 基因组学/表观基因组学:WGS、WES、ChIP-seq、DNase-seq、ATAC-seq
    • 主要分析DNA序列和调控的
  • 转录组
    • RNA-seq、smRNAseq、IncRNA-seq
    • 研究RNA表达与功能
  • 代谢组
  • 蛋白质组

数据来自不同的生物学方面,进行整合和处理输入到模型中

  • 需求与挑战
    • 需求:需要能够可视化、整合和解释数据的方法,以推动生物学发现。
    • 挑战:
      • 维度的诅咒(Curse of dimension):数据特征数量远多于样本数量,可能导致分析模型过拟合。
      • 噪声(Noise):数据收集过程中的随机误差或变异。
      • 稀疏/缺失值(Sparse/missing values) :不完整的数据可以导致分析困难。
        • single cell genomics容易出现
      • 偏见,实验工件(Bias, experimental artifacts):数据可能包含非生物学信号的偏差,如实验操作不当产生的工件。

开发基于多模态的,整合多个技术,来进行潜在生物学分析的方法论非常关键

  • 多模态单细胞组学
    • 基因表达:scRNA-seq(单细胞RNA测序)
    • 染色质可及性:通过测序技术如ATAC-seq来测量。
    • DNA甲基化:通过单细胞甲基化测序(scM&T-seq)来测量。
    • 染色体构象:通过Hi-C技术来测量。
    • 核小体占据:通过单细胞ChIP测序等技术来测量。

这些技术在单细胞水平上为我们提供了一个全面的生物学图景,使我们能够理解在单个细胞内基因是如何被调控的

  • 多模态深度生成模型(四种)
    • 潜在因子分解
    • 联合生成
    • 交叉生成
    • 协同
  • 简单介绍了一下他们实验室的模型
    • DANQ:identify非编码区的DNA序列功能
    • D-GEX:预测基因表达
    • FactorNet:预测转录因子在全基因组中的结合
      • 通过大量ChIP-seq analysis的数据,训练,来预测特定细胞类型方式中的转录因子集合类型
    • scFAN
      • 单细胞上的转录因子结合
      • 感兴趣的是单个细胞上单个转录因子的结合方式
    • uFold
      • RNA二级结构预测
    • SAILER
      • 生成模型,ATAC-seq数据,表达和染色质数据都是高维数据,包含成千上万个基因/基因组位置的测量值。
      • 这里使用生成模型来学习数据的压缩表示,来揭示基因表达模式背后的隐藏因素(在染色质分析中,它可能有助于理解基因调控元件之间的关系,如增强子和沉默子如何影响基因的表达。)
  1. 先介绍一下D-GEX
  2. 概述一下VAE如何应用在基因组学的研究
  3. 使用生成模型对ATAC-seq分析进行扩展,思考如何从数据集中消除试验性的混杂因素,学习反应生物表征,而不是实验制品。涉及一些新方法
  4. 多模态

6.2 D-GEX

6.2.1 Connectivity map project

时间不够了,很快的进行展示

2006年就发起的项目,C-Map,包含了不同小分子药物对培养的人类细胞处理后的基因表达数据

疾病、基因、药物之间的关系。研究人员可以查询某种药物引起的特定基因表达模式 ,看它是否与某种疾病状态的基因表达模式相匹配,进而发现可能的药物再利用(drug repurposing)机会或新的药物靶点。

后来人们想要将这种方法扩展到大型化学库、不同的基因型、多个细胞系。但是面临基因表达分析十分昂贵的问题

于是提出了**"The 1000-Gene Solution"**,只测量1000个基因(有代表性的)的表达,这可以以高通量和低成本进行,而不是整个基因组中的20000个基因都测。剩余基因的表达模式是推断出来的。

主要思想是,很多基因表达高度相关,所以可以通过小部分,来推测出全基因组的表达模式。

我们通过PCA进行降维,发现少量的主成分,可以解释绝大部分的方差。这样子的方式激发了他们去进行**"The 1000-Gene Solution"**方法的开发

6.2.2 Predicting gene expression from landmark genes

基于cmap

后续他们就开发了深度学习方法,通过已经测量的978个基因,来预测剩余的21000个基因的表达水平

6.3 Deep generative models for genomics

6.3.1 Manifold hypothesis

处理高维数据的技术------流形假设

  • 虽然数据(如生物数据)可能存在于多维空间中,但"真实"的可变性可以在更少的维度中捕获。

    • 发现数据的低维表示,这些表示被称为平滑流形 。这通过在更少的维度空间中表示数据 ,同时仍保留原始数据集的内在属性,来简化数据的复杂结构。
  • 流形学习------发现高维数据中低维结构的无监督学习

    • 理解大型生物医学数据集更有帮助
  • NDR(非线性降维)/流形学习的转换

    • 其中高维聚类中的数据点被投影到保留某些结构(标记为A和B的簇)的低维空间中。

6.3.2 Autoencoders

生成模型(自编码器、VAE、GAN)

6.3.3 Generative models and variational autoencoders

主要是介绍了VAE,我就不记录了,李宏毅那自己学

一些相关模型,主要功能是填补缺失值、去噪(如测序错误),学习潜在的细胞表达水平的概率分布等等

  • scRNA-seq往往是离散的数据集,不是连续的,而且有很多0值,所以人们使用**零膨胀负二项分布(ZINB)**来对其进行建模

  • 跟自编码器的区别就是不是基于高斯分布的,是基于这个ZINB的

  • 除了去噪外,还有处理dropout事件(比如基因有表达但是没测到)

    • 处理dropout:通过ZINB分布来建模数据,自编码器不仅能够捕获基因表达的平均水平和变异性,还能专门对dropout事件进行建模。

还有一项类似的工作,不详细介绍

6.4 SAILER

6.4.1 scATAC-seq

scATAC-seq(单细胞ATAC测序)是一种技术,它可以在单个细胞的水平上评估染色体DNA上区域的可及性。

该技术生成的数据是高维的,并且通常难以解释。

数据分析的第一步通常包括降维和聚类,其目标是学习a representation informative on biological variations,同时对混杂因素保持不变。

6.4.2 SAILER

  • SAILER方法旨在

    • 从多个批次的scATAC-seq数据中提取一个潜在表示(latent representation)
    • 同时处理混杂因素
      • 批次效应(Batch information):不同批次的数据展现出不一致的模式
      • 测序深度(read depth):不同细胞的测序深度
  • 混杂因素与细胞数据concat,并一同输入到decoder中。

  • 目标是学习一个在混杂因素变化时保持不变的潜在表示 ,并在训练过程中尽量减少潜在变量和混杂因素之间的互信息

6.4.3 Conditional VAE

这块CVAE具体的数学原理我自己还需要学习,还有如何贴合SAILER这个模型解决的问题(去噪)

VAE的潜在空间的某个维度与已知生物标志物的关联,我们可以验证与特定通路之间的关系。

  • 条件变分自编码器(CVAE)

通过学习输入数据的潜在表示来重构输入数据,同时能够编码与混杂因素(如实验批次或测序深度)无关的信息

  • 该编码器被训练为忽略与混杂因素相关的信息,只编码与生物学变异有关的信息
  • condition那个部分,一般是指某个特定的实验条件
  • 目标函数:在保留与混杂因素无关的数据表示的同时,最大化条件对数似然(即数据的概率,给定潜在表示和混杂因素)。这通常涉及最小化潜在变量和混杂因素之间的互信息。

变分损失(Variational loss):

  • 描述了CVAE的训练过程中需要最小化的损失函数,包括重构误差和潜在空间的正则化项(例如KL散度)。这有助于模型学习如何生成数据的潜在因素,同时忽略不相关的噪声或混杂因素。
  1. 展示了SAILER方法如何用于学习在各种混杂因素存在时的稳健的潜在细胞表征。

    • 细胞类型的数量和批次效应。
    • 使用降维方法,展示了不同方法(LSI, SCALE, SAILER)对潜在空间的可视化,尝试展示在控制混杂因素如批次效应和测序深度的同时,如何聚集相同类型的细胞。
    • 一个表格展示了不同方法之间潜在表征和混杂因素之间的互信息(Mutual Information),互信息越低表示方法越能有效地分离生物变异和混杂因素。
  2. 进一步讨论了SAILER如何处理真实的鼠标图谱数据以及如何合并两个不同的鼠脑数据集。

    • 在这里,SAILER的性能与其他方法(例如SCALE和SnapATAC)进行了比较。
    • 还有可视化图表,显示了在不同数据处理方法下细胞如何分布,以及如何用SAILER来减轻混杂因素的影响。

6.5 Multimodal DL for Single Cell Multimodal Omics

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