【R语言】R包-探索ggtree进化树美化

文章目录

- R包-探索ggtree进化树美化
- 分析流程
- [1. 关于包的下载](#1. 关于包的下载)
- [2. 绘制一个基本的进化树图](#2. 绘制一个基本的进化树图)
- [3. 添加样本名称](#3. 添加样本名称)
- [3. 添加节点+节点高亮](#3. 添加节点+节点高亮)
- [4. 添加分组](#4. 添加分组)
- 小结

R包-探索ggtree进化树美化

提示：基于nwk文件进行进化树美化，如更换进化树格式，添加分组、节点、遗传距离等

分析流程

1. 关于包的下载

官网ggtree.html

2. 绘制一个基本的进化树图

javascript 复制代码

#下载软件包
BiocManager::install("ggtree")
# 创建模拟数据
library(ggtree)
set.seed(2017-02-16)
tree <- rtree(50)
ggtree(tree)

3. 添加样本名称

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ggtree(tree, branch.length = "none", layout = "circular") +
  geom_tiplab()
#branch.length = "none"，表示标签对齐；
#layout，设置树型；
#geom_tiplab() 显示分支名称样本名称

3. 添加节点+节点高亮

javascript 复制代码

library(ggtree)
set.seed(2017-02-16)
tree <- rtree(50)
ggtree(tree, branch.length = "none", layout = "circular") +
  geom_tiplab2(size = 5, color = "seagreen") +     # 样本名称字体大小、颜色
  geom_text2(aes(label=node), size = 3, color = "red") +   #加节点
  geom_hilight(node = 59, fill = "orange", alpha = 0.5)   #节点高亮

4. 添加分组

javascript 复制代码

#参数
library(ggtree)
set.seed(1234)
tr=rtree(50)
geom_strip = function(...) geom_cladelabel(label="", barsize=5, align=T, offset=.5, ...)
ggtree(tr) + geom_strip(58, color='red') + geom_strip(84, color='green') + geom_strip(52, color='blue')

#测试 
library(ggtree)
set.seed(2017-02-16)
tree <- rtree(50)

ggtree(tree, branch.length = "none", layout = "circular") +
  geom_tiplab2(size = 3, color = "seagreen") +     # 样本名称字体大小、颜色
  geom_text2(aes(label=node), size = 2, color = "red") +   #加节点
  geom_hilight(node = 59, fill = "orange", alpha = 0.5) +  #节点高亮 node = 59 节点名称
  geom_strip(59, color = "steelblue",
             hjust = "center", 
             angle = 30, 
             extend = 0.2)
 # 其中，geom_tiplab2设置分支名称的标签；
 # geom_text2显示节点名称；geom_hilight 节点高亮；
 # geom_strip对分组进行标注。

小结

基于该包，设置好参数，可以批量优化，比在线网站方便的多，但绘制无根树，一直报错，待探索完分享大家

参考来源
1. 详细说明及示例数据参考：4 Phylogenetic Tree Visualization
2. 参考使用Y叔神包ggtree进行基因家族基因进化树构建
 3. 使用R包ggtree进行进化树的绘制与美化