###############ATTENTION！###############
非常需要注意软件适配的操作系统！有些仅适用于Linux，可以点进各自软件手册查看详情。
需要自行查看支持的影像模态。
代码库和软件我没有加以区分。
不是专门预处理的博客！！偏向于统计分析和可视化。后续可能会出预处理软件的博客。
目录
[1. 数据分析工具](#1. 数据分析工具)
[1.1. BrainFlow](#1.1. BrainFlow)
[1.2. BrainStorm](#1.2. BrainStorm)
[1.3. Braindecode](#1.3. Braindecode)
[1.4. CANlab](#1.4. CANlab)
[1.5. Mindboggle](#1.5. Mindboggle)
[1.6. BrainX](#1.6. BrainX)
[1.7. Neurite](#1.7. Neurite)
[1.8. BRAINSTools](#1.8. BRAINSTools)
[1.9. BrainStat](#1.9. BrainStat)
[1.10. NeuroLib](#1.10. NeuroLib)
[1.11. BrainSpace](#1.11. BrainSpace)
[1.12. BrainIAK](#1.12. BrainIAK)
[1.13. CBIG](#1.13. CBIG)
[2. 可视化工具](#2. 可视化工具)
[2.1. BrainNet Viewer](#2.1. BrainNet Viewer)
[2.2. BrainBox](#2.2. BrainBox)
[2.3. NeuroMaps](#2.3. NeuroMaps)
[2.4. ggseg](#2.4. ggseg)
[2.5. BrainPainter](#2.5. BrainPainter)
[2.6. BrainGlobe/BrainReg/BrainRender](#2.6. BrainGlobe/BrainReg/BrainRender)
1. 数据分析工具
1.1. BrainFlow
（1）支持影像：EEG, EMG, ECG and other kinds of data from biosensors
（2）获取
①官方网页：BrainFlow
（3）界面展示
1.2. BrainStorm
（1）支持影像：MEG, EEG, fNIRS, ECoG, depth electrodes and multiunit electrophysiology
（2）获取
①官方网页：简介 - 头脑风暴 (usc.edu)
（3）界面展示
1.3. Braindecode
（1）支持影像：EEG, ECoG and MEG
（2）获取
①官方网页：Braindecode --- Braindecode 0.8 文档
②GitHub：GitHub - braindecode/braindecode: Deep learning software to decode EEG, ECG or MEG signals
（3）界面展示
1.4. CANlab
（1）支持影像和功能：对fMRI影像预定义特征，预定义包裹和图集，包含荟萃分析
（2）获取：
①GitHub：GitHub - canlab/Neuroimaging_Pattern_Masks：用于神经影像学数据分析的大脑特征模式、区域图谱和荟萃分析掩码。
②官方网站：CANlab神经影像学分析工具 - CANlab
（3）界面展示：
1.5. Mindboggle
（1）支持影像和功能：输出sMRI（T1 weighted MRI）的标签、特征和形状的体积、表面和表格数据
（2）获取：
①GitHub：GitHub - nipy/mindboggle：自动解剖学大脑标签/形状分析软件（+网站）
②官方网站：令人难以置信 (mindboggle.info)
（3）界面展示
1.6. BrainX
（1）支持影像和功能：MRI？Analysis？
（2）获取
①GitHub：GitHub - nipy/brainx：基于 NetworkX 的大脑成像衍生网络分析工具
1.7. Neurite
（1）支持影像和功能：T1/T2？（其实这个更像一个模型框架）
（2）获取：
①GitHub：GitHub - adalca/neurite：专注于医学图像分析的神经网络工具箱
②论文：Anatomical Priors in Convolutional Networks for Unsupervised Biomedical Segmentation (mit.edu)
（3）界面展示
1.8. BRAINSTools
（1）支持影像和功能：对MRI（不知道其他影像可不可以）的配准，校对，分割，重采样，统计，生成ROI
（2）获取
①GitHub：GitHub - BRAINSia/BRAINSTools：一套专注于大脑分析的医学图像处理工具
②官方网址：大脑 |一套专注于大脑分析的医学图像处理工具 (brainsia.github.io)
1.9. BrainStat
（1）功能：神经影像数据的统计分析和上下文解码
（2）获取
①GitHub：BrainStat - 搜索 (bing.com)
②文档：BrainStat ： 神经影像学数据统计分析工具箱 --- BrainStat 0.4.2 文档
③论文：BrainStat：全脑统计和多模态特征关联的工具箱 - ScienceDirect
1.10. NeuroLib
（1）支持影像和功能：选取模型处理fMRI
（2）获取
①GitHub：GitHub - neurolib-dev/neurolib：为计算神经科学家🧠💻👩🏿 🔬提供简单的全脑建模
②文档：Neurolib (neurolib-dev.github.io)
③官方网址：A gentle introduction to neurolib | Not even odd (caglorithm.github.io)
（3）界面展示
1.11. BrainSpace
（1）支持影像和功能：MRI宏观梯度映射和分析，神经影像学和连接组水平数据
（2）获取
②文档：欢迎来到BrainSpace的文档！--- BrainSpace 0.1.4 文档
③论文：BrainSpace：用于分析神经影像学和连接组学数据集中宏观梯度的工具箱 |通讯生物学 (nature.com)
（3）界面展示
1.12. BrainIAK
（1）支持影像和功能：对fMRI影像进行分类、降维、分类器优化、表征相似性分析、探照灯、基于种子的连通性、全相关矩阵分析、受试者间想关心、马尔可夫等
（2）获取
①GitHub：GitHub - brainiak/brainiak: Brain Imaging Analysis Kit
②文档：脑成像分析试剂盒 --- brainiak 0.11 documentation
③官方网址：脑成像分析试剂盒 (brainiak.org)
（3）界面展示
1.13. CBIG
（1）支持影像和功能：对fMRI进行预处理、划分脑包裹、应用动力学模型、register、表型预测
（2）获取（Linux ONLY）
①GitHub：GitHub - ThomasYeoLab/CBIG
②官方网站：计算脑成像组 (google.com)
2. 可视化工具
2.1. BrainNet Viewer
（1）支持影像：MRI
（2）获取
①下载：NITRC：BrainNet Viewer：工具/资源信息
②论文：BrainNet Viewer：用于人脑连接组学的网络可视化工具 |PLOS 一号
（3）界面展示
2.2. BrainBox
（1）支持影像：MRI
（2）获取：
①官方网页：脑盒 (pasteur.fr)
②GitHub：GitHub - neuroanatomy/BrainBox：BrainBox 是一个 Web 应用程序，可让您实时协作地注释和分割 3D 脑成像数据。
（3）界面展示：
2.3. NeuroMaps
（1）支持影像：MRI
（2）获取
①GitHub：GitHub - netneurolab/neuromaps: A toolbox for comparing brain maps
②论文：神经图谱：脑图谱的结构和功能解释 |自然方法 (nature.com)
（3）界面展示
2.4. ggseg
（1）支持影像：MRI
（2）获取
①GitHub：GitHub - ggseg/ggseg：大脑图谱的绘图工具，在ggplot中
（3）界面展示
2.5. BrainPainter
（1）功能：大脑着色，可视化解剖器官，可视化大脑白质束，可视化大脑蛋白质，提供疾病扩散动画
（2）获取
①GitHub：GitHub - razvanmarinescu/brain-coloring: BrainPainter - Brain Visualisation Software
③.ipynb：BrainPainter.ipynb - Colab (google.com)
（3）界面展示
2.6. BrainGlobe/BrainReg/BrainRender
（1）支持影像和功能：MRI的解剖渲染
（2）获取
①GitHub：脑球 ·GitHub上
②官方网页：BrainGlobe --- BrainGlobe
（3）界面展示
