今天基于结构像和功能像数据试验操作TMStarget 的第二个功能模块Functional Connectivity。参考季老师的文档PPT来学习的,整个处理过程蛮长的,可能配置原因一路上报错也比较多,下面还是逐步记录吧,后面采用连更的方式直到跑通后再详细去理解操作步骤。
感谢季公俊老师提供如此神器TMStarget,我是纯靠研究数据和文档自学,如果有培训过很懂的亲发现理解有误,欢迎前来指导,感谢!
季老师TMStarget软件地址:(https://github.com/jigongjun/Neuroimaging-and-Neuromodulation)
这边也把季老师的基于TMStarget 的功能连接分析的PPT分享出来(github上软件包里面有包含),方便直接查看
https://download.csdn.net/download/learner_jj/89771268
(1)首先还是需要先准备好TMStarget的软件包和依托软件包
(2)这些个安装软件包的路径和安装还蛮重要
->路径下的空格真的有影响吗?
一开始AFQ、vistasoft和SPM12 和TMStarget都放在matlab 的安装路径toolbox下面,奈何我的toolboxl路径是 D:\Program Files\Matlab2020a\toolbox,没看错,D盘 Program Files,路径下面有空格,怎么跑都报错了,中间还报了不识别'D:\Program'。。。
蒙圈以后发现原来这里路径下的空格居然影响了处理,于是乎我把这四个软件AFQ、vistasoft和SPM12和TMStarget 都搬家了,搬到了D盘重新起了一个没有空格字符的路径,真的就可以往下面跑了。
记住:这些工具安装包不能放在包含空格的路径下,至于为什么就是会报错呀,会使得dcm2nii 都进行不下去。
->软件安装还有讲究
1)先说spm12
首先软件的版本一定要和matlab的版本、运行系统匹配,还有按照其官网的安装指导 matlab->设置路径-添加文件夹(选中spm12)->保存->关闭 别的可能行,此处容易报错,所以此处安装spm12需要分两步:
①matlab->设置路径-添加文件夹(选中spm12)->保存
②matlab->设置路径-添加并包含子文件夹(选中spm12)->保存->关闭
2)同样的vistasoft-master和Neuroimaging-and-Neuromodulation-main 我都是按照上面spm12 的安装方式做了包含子文件夹设置了,否则当使用的函数出现在子级的子级那就找不到,会报 XXX 函数不识别的错误。
(3)处理前的数据准备
准备一个试验处理数据文件夹FCtest,包含T1Raw和FUNRaw 文件夹,顾明思义,T1Raw 放置被试的T1结构像,FunRaw放被试的功能像。可以看两种格式的数据路径架构是一致的,切都是dicom数据,是放置在subj001文件夹的同一个被试数据。
(4)T1Raw数据的预处理
DCM2NII :因为我的数据是dicom格式,需要转成nii,所以此处预处理数据格式转换必选,如果本身是nii数据了次选项不选;
Reorient :头歪斜校正,如果头的AC-PC比较水平了或者之前用别的软件做过了校正了,那就这个可以不选,我的数据有明显的歪斜,是需要做的,此处还是需要对AC和PC比较了解的,不然越矫正可能越歪斜。
我这边就矫正的不太好,具体还是需要花时间研究AC和PC还有那个 MIdSag点。
Bet :就是颅脑分割了,看起来还行的样子。
跑下来没有报错算是跑完了吧,整体有点慢,中间报export_fig的错误,窗口提示需要做版本升级那就按照提示点update吧。
下面看看T1Raw预处理后的输出吧
(5)FunRaw 数据预处理
首先检查AFQ-master 在matlab中安装是否包含到子文件夹
功能像的扫查参数TR、扫描序列,一定要提前知晓。
预处理完成后会生成一长串不同名字的文件夹,此处和DPABI的处理风格如出一辙,其实此处功能像的预处理用dpabi进行处理也是可以的。
很遗憾,也有点诡异,按照操作处理过程中没有提示错误,扫描参数都是正确的,但是最后的输出图可以确定功能像没有和T1结构像对齐。至于原因,后面需接着分析直到调正。
后续来了,在各种修改调试TMScoregister.m里面的参数以后,仍然没有找到功能像配准到T1未对齐的原因。后来实在没办法了,就就就又请教季老师支招了。老师真的是太好了,耐心回答我的问题,最最最好的脑科学专家。
换了一个新的被试的数据,然后按照流程重新处理了T1Raw和FunRaw,结果奇迹发生了,这次配准对齐了,撒花呀~