比如我们编写好一个c文件，然后用对应的gcc编译链接成一个可执行程序a.out，这个a.out此时就处于Linux根文件系统的某个目录下面，如果我们想要执行该应用程序，直接在对应目录下./a.out即可。
注意，这个过程我们只编译了这个应用程序，并没有编译Linux内核，也就是说，该可执行程序a.out是独立于Linux内核的。linux中有大量的可执行程序，比如/bin目录下面的所有程序，这些程序一般都是我们手动去执行的，如果想要自启动，也就是linux内核启动之后就跟着启动，可以在rcs脚本中写上执行语句，这就是程序的自启动方法。类比windows下的程序，总是提醒你要不要加入开机自启动，就是这个意思。
环境变量 PATH
在Linux中，有一个与执行程序相关的环境变量PATH，非常重要。
比如，在Linux系统中，直接输入命令如
ls而没有指定命令的绝对路径/usr/bin/ls，系统也能正确的执行，这是因为 环境变量 PATH 的作用，它指定系统在执行命令时搜索可执行文件的路径。当用户在终端输入一个命令时，系统会在 PATH 指定的路径中查找该命令的可执行文件。如果找到了，就会执行该命令；如果没有找到，则会提示"命令不存在"的错误信息。
查看环境变量 PATH
# 输入命令 echo $PATH # 可能返回以下内容 /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin例如 PATH 的值是
/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin，那么 系统会首先在/usr/local/sbin目录下查找命令，如果没找到，再到/usr/local/bin目录下查找，以此类推。注意事项
不同身份的用户默认环境变量 PATH 不同
环境变量 PATH 是可以被修改的
在不确定的情况下，使用绝对路径来指定某个命令更为准确
在添加自定义目录前，先检查该目录下是否存在与系统命令同名的可执行文件，以免发生冲突，导致系统命令被覆盖或无法正常工作。
谨慎添加不受信任的目录到环境变量 PATH 中，特别是具有系统级权限的目录，这可能会导致恶意软件被执行或系统安全受到威胁。
试想下我们在ubuntu等linux的PC系统上开发应用程序时，都是把应用程序或者驱动程序放到根文件系统下，没有去动uboot或者kernel内核。通常，我们不要随便去操作内核，容易出问题。相对而言，根文件系统更方便操作。
再考虑嵌入式环境下，我们也可以把程序和驱动都放在根文件系统下，然后把根文件系统烧录到开发板，这种情况我们就不用动内核了。同理，如果需要自启动，就在启动脚本里写上对应的执行命令。
自启动具体方法参考：
linux驱动模块开机自动加载，以及应用程序开机自启动 - 小羊实验室 - 博客园 (cnblogs.com)
在Linux系统中，程序被放在根文件系统下的原因主要有以下几点：
启动引导的必要：根文件系统是内核启动时所挂载的第一个文件系统，它包含了系统启动所必需的目录和关键性文件。例如，init进程的应用程序、shell命令程序（如ls、cd等）以及内核代码映像文件都保存在根文件系统中。这些文件对于系统的正常启动和运行至关重要。
配置和管理的核心：根文件系统提供了根目录"/"，这是整个文件系统的起始点。此外，系统的应用层配置（如etc目录下的配置文件）、可执行程序（如/bin、/sbin目录下的命令）以及库文件（如/lib目录下的库）等也位于根文件系统中。这些文件和目录共同构成了Linux发行版的核心部分，与内核一起协同工作，使Linux系统能够正常运行。
挂载其他文件系统的基础：根文件系统不仅是自身必需的，它还是加载其他文件系统的基础。如果没有根文件系统，其他的文件系统将无法被加载。因此，根文件系统在整个文件系统结构中扮演着至关重要的角色。
综上所述，程序被放在根文件系统下是因为根文件系统是Linux系统启动和运行的基础，它包含了系统启动和运行所必需的关键文件和目录，并且是挂载其他文件系统的前提。
注意，一个可执行程序通常就是一个进程。
更多后续细节可参考：
在Linux系统中程序是如何执行的？_linux可执行程序-CSDN博客
上层的应用程序没有编译到内核还是编译成独立模块这么个说法，应用程序都是独立的模块，不过我们可以设置自启动还是手动执行启动。应用程序理论上可以编译到内核里去，但这种做法并不常见，且存在一些限制和考虑。
应用程序通常运行在用户空间，而内核是操作系统的核心部分，负责管理硬件资源、提供系统服务等。将应用程序编译到内核中，意味着该程序将成为内核的一部分，具有更高的权限和访问能力。然而，这也带来了一些潜在的风险和问题：
安全性：内核是系统的关键部分，任何在内核中的漏洞或错误都可能导致整个系统的崩溃或安全漏洞。因此，将应用程序编译到内核中需要非常小心，确保代码的质量和安全性。
稳定性：内核需要保持高度的稳定性，因为它是整个系统的基础。如果内核频繁崩溃或出现不稳定情况，将严重影响系统的性能和用户体验。
性能：虽然将应用程序编译到内核中可能提高某些操作的性能（如减少用户态和内核态之间的切换开销），但这也可能导致内核变得庞大和复杂，从而影响整体性能。
可维护性：内核代码通常比用户空间代码更难调试和维护。将应用程序编译到内核中可能会增加开发和维护的难度。
灵活性：用户空间应用程序可以根据需要进行更新和替换，而不需要重启系统或重新编译内核。将应用程序编译到内核中将失去这种灵活性。
综上所述，尽管技术上可以将应用程序编译到内核中去，但这种做法并不推荐，除非有特殊的需求和充分的理由。在大多数情况下，应用程序应该作为独立的用户空间进程运行，通过系统调用与内核进行交互。