UMLS初探

什么是UMLS

UMLS(Unified Medical Language System,统一医学语言系统),简单来说就是将不同的医学标准统一到一套体系的系统,主要为了医疗系统的统一而构建出的。

UMLS的主要组成部分

  • Metathesaurus:一个包含多个医学术语系统的元数据库,旨在统一和映射不同来源的医学概念。
  • Semantic Network:一个包含语义分类和关系的网络。它可以帮助用户识别概念之间的语义关系。
  • SPECIALIST Lexicon and Lexical Tools:专业词库与词汇工具。

UMLS Metathesaurus元数据库

Metathesaurus 的主要作用是将来自 不同医疗术语系统(如 SNOMED CT、MeSH、ICD-10、LOINC 等)的术语进行标准化和关联,以便实现医学信息的互操作性。

web页面:UMLS Metathesaurus Browser

每个 医学概念 在 Metathesaurus 中都被分配一个 CUI(Concept Unique Identifier)。不同术语系统中的同义术语会被映射到相同的 CUI。此外Metathesaurus里还记录了一些关系类型。

|---------|----------------------------|
| 表名 | 作用 |
| MRCONSO | 术语表,包含所有概念的不同名称和来源 |
| MRSTY | 语义类型表,给出每个 CUI 的语义分类 |
| MRREL | 关系表,表示 CUI 之间的关系(如同义、上下位等) |
| MRDEF | 概念定义表,包含医学概念的定义 |
| MRSAT | 属性表,提供额外的概念属性信息 |

UMLS Semantic Network语义网络

主要记录了不同语义类型及语义关系。web页面:UMLS Metathesaurus Browser

语义类型(semantic type)

用于对 UMLS 概念进行分类。例如:

  • Disease or Syndrome(疾病或综合征)
  • Pharmacologic Substance(药理物质)
  • Body Part, Organ, or Organ Component(身体部位、器官或器官组成部分)
  • Diagnostic Procedure(诊断程序)
  • ...

每个 UMLS 概念(Concept Unique Identifier, CUI)至少属于一个语义类型。

语义关系(Semantic Relations)

  • 语义网络定义了一组有限的 语义关系 ,用于描述语义类型之间的关系。例如:
    • isa(是):表示一种层次关系,如"心脏(Heart) isa 身体部位(Body Part)"。
    • part_of(属于):表示部分-整体关系,如"心脏(Heart) part_of 心血管系统(Cardiovascular System)"。
    • treats(治疗):如"阿司匹林(Aspirin) treats 心脏病(Heart Disease)"。
    • causes(导致):如"病毒(Virus) causes 感染(Infection)"。
    • ...

REFERENCE

Unified Medical Language System (UMLS)

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